【基因视野】基因测序揭示中国禽流感侵袭路线图

一队来自中国、美国和澳大利亚的科学家试图通过基因组测序的方法揭示人感染禽流感病毒H7N9在中国侵袭的路线。Nature杂志在线发表了这个调查报告，研究者们对采自2013年10月到2014年7月活禽市场检测出数百种病毒以及从深圳医院禽流感病人身上分离出19个H7N9毒株进行了全基因组测序分析。

根据流感病毒之间的系统发育关系,科研小组得出结论认为,所谓的“第二波”H7N9相关病毒与之前经由禽类多次侵袭中国东部和南部地区的第一波病毒有密切关联。而新整合的病毒也因地点不同有所差异。

2013年春天中国报道了第一批人感染H7N9病例, 主要集中在中国的东部地区。当时《科学》杂志发表了一篇来自中国农业科学院和甘肃农业大学研究人员的研究报告,他们通过基因组测序的手段探讨了H7N9病毒从野生鸟类到家禽市场传播的可遗传性。虽然第一轮爆发在几个月之后止住了，但2013年10月开始新一轮的爆发造成超过100人死亡和至少318个人感染——其中许多病人来自在第一轮禽流感侵袭时躲过一劫的中国南部地区。

研究人员随后通过对中国5省10多个城市的活禽市场看似正常的几类家禽进行流感检测，发现鸭子的病毒测试均呈阴性,H7N9病毒也很少出现在鸡的泄殖腔。但在有人感染禽流感病例出现的城市，可以在活禽市场中鸡和其他鸟类口腔分泌物中检测大量H7N9病毒。

通过罗氏454 GS基因组测序平台对来自家禽的438株H7N9分离株与263株其他流感病毒株以及来自深圳医院19名感染者身上获取的19株分离株进行了150X的深度全基因组测序以及与GenBank和GISAID数据库中已有的流感病毒基因组序列进行比较 ，研究人员发现第二波侵袭而来的H7N9禽流感病毒竟然是第一波H7N9病毒的后代。但新出现的病毒在H7血凝素基因序列上体现出了差异性,根据地点不同产生了三个分支,这同时可以帮助我们追溯H7N9的传播轨迹——首次爆发于浙江或长江三角洲地区，在传播到中国其他地方的过程中进行了一系列基因重组。