许多鳄鱼都可以生活在咸水环境中，但有两种鳄鱼在海洋环境中最为适应——盐水鳄和美洲鳄。鳄鱼具有特殊的舌盐腺能够将氯化钠排出体外，而且口腔内层有不透水的衬里，因此它们天生比较适应海水环境，体型较大的鳄鱼都可以在不喝淡水的情况下在海洋存活很长时间。
咸水鳄，又名河口鳄或印度太平洋鳄，是世界上现存最大的爬行动物。雄性咸水鳄平均体长5米，体重约500公斤，而雌性则要小得多，平均体长略低于3米，体重不足100公斤，有史以来最大的咸水鳄大约有6.3米长。咸水鳄分布非常广泛，但许多地区的咸水鳄已经消失如我国南海，在印度目前只在东海岸发现咸水鳄，澳大利亚北部众多，东南亚除了少数几个与世隔绝地区外大部分咸水鳄已经消失。
咸水鳄能够生活在沿海的栖息地，但在淡水河流中也很舒服，因此被认为是部分海洋生物，通常的栖息地包括红树林、海滩、河流、河口，甚至是开阔的海洋。在大多数情况下，咸水鳄在淡水环境中度过雨季，在旱季迁移到盐水中。咸水鳄的活动范围很广，它们可以在海上呆上几天甚至几周，漂流和游泳数百公里，还会在途中捕猎。
2004年，一条鳄鱼在马绍尔群岛被杀死，当时它距离已知的最近的咸水鳄种群大约1900公里。最近，经常有流浪的咸水鳄出现在马尔代夫，2015年，在不到两个月的时间里，就有十多起鳄鱼目击事件。2010年，在安达曼群岛外开阔的沿海水域，一名潜水者在珊瑚礁上被咸水鳄咬死。
美洲鳄同样拥有广泛的沿海领地，从南佛罗里达到南美的北太平洋和大西洋海岸，经常在河流、泻湖、红树林沼泽、近海的珊瑚礁和环礁上游弋。一项研究显示，南佛罗里达州的鳄鱼的食物中65%的海洋生物，说明美洲鳄主要生活在海水中。和咸水鳄一样，美洲鳄有时也会在既定范围之外的海洋游荡。
美洲鳄常常周期性地沿着科尔特斯沙漠海岸的海洋向北流浪，最远可以到达蒂伯龙岛。近年来，一些来自古巴的美洲鳄漂流到了开曼群岛。
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当在海洋中冲浪时，鳄鱼经常碰上鲨鱼，两个顶级捕食者相遇时，后果可以通俗的概括为大鳄鱼吃小鲨鱼，大鲨鱼吃小鳄鱼。成年的海洋鳄鱼只可能受到最大鲨鱼的威胁，鳄鱼对抗鲨鱼处于不利地位，因为它们的游泳效率和精力远远不如鲨鱼。在南非海岸捕获的一条14英尺长的虎鲨的食道中含有尼罗河鳄鱼的头和前肢；虎鲨和大白鲨可对任何鳄鱼构成威胁，有记录表明，加勒比海地区的大白鲨捕食成年美洲鳄。
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