生物制品生产最基本的一条就是要有免疫原性良好的菌(毒)种。菌(毒)种必须符合条件。再者，任何病原强毒都存在有毒、有害物质和毒性物质。它们除了引起接种动物免疫负反应外，还会对机体产生毒作用。在生物制品制造中，为了保证疫苗的安全，都要对原始菌(毒)株进行标化或采用人工方法对其进行致弱。“自家苗”生产是直接用自然发病病例分离到的病原或病变组织扩大培养制苗，没有法定标准和规范工艺，特别是自家组织灭活苗的抗原成分复杂，各种免疫负反应原大量存在，生物安全方面的因素和潜在风险大，多少带有盲目性。因此，使用“自家苗”存在一定的风险。
(1)因为生产“自家苗”的种子毒力无标准免疫剂量，又未经测定，因此，如接种剂量过小，抗原的刺激不足以调动机体的免疫反应，反而会诱发机体对病原的易感性;如剂量过大，超过机体的反应能力，引起机体对抗原刺激的不应答，出现“免疫麻痹”，抗体的产生减少，甚至出现毒性作用。
(2)承认病原微生物在不同猪群中的差异性，故而才有”自家苗”的产生;然而，采一头猪或数头猪的病原施之全群，又否定了群内个体的差异性，特别是猪群中存在多种血清型或变异株时。据此推理，对每头猪免疫“自家苗”自然是荒谬的，是否认差异性的思维。所以，现在临床上使用的所有“自家苗”实际上都不能称之为“自家苗”，只能算是“自场苗”。
(3)使用自家组织苗，抗原微生物不可能单一，多种抗原微生物联合在一起，是干扰还是协同很难说清，加上非特异性抗原物质的大量存在，不安全因素和风险更大。
(4)灭活不彻底，存在散毒的高风险。自然发病的猪在抵抗力下降后，很容易继发或并发其他疾病。所以，自然发病猪的病变组织中，大都含有多种病原。这些病原对灭活条件的要求，存在很大的差异。所以制作不同的疫苗，对灭活剂的浓度和灭活剂的种类要求是不一样的。种类选择不合理，无法达到灭活的效果;浓度太低，灭活不彻底;浓度太高，破坏抗原的免疫原性，使免疫效果变差，同时会产生刺激或损害作用。由于“自家苗”在制备过程中不能对病毒进行彻底的灭活，在使用过程中很容易导致病原体的进一步传播，使传染源扩大。“自家苗”中未灭活的细菌或病毒达到一定数量，就可能造成这些病原体在猪群中的流行，而且这种流行属于人工感染后的流行，病原体的致病力比自然感染时更强，也更难以控制，由此形成恶性循环。
(5)“自家苗”灭活不全的另一个最大害处就是导致猪群产生免疫耐受。低剂量的病毒感染是免疫耐受的重要诱因。如果用于制作“自家苗”的病料中含有少量猪瘟等能够引起猪群免疫耐受的病原体，这些病毒含量低至不足以引起疾病的流行，但却可能诱导猪群产生免疫耐受，使病毒在猪群中持续存在，呈非典型流行或散发流行。
(6)由于制备“自家苗”的来源是猪体产生病变的组织，用“自家苗”免疫的猪群，病理解剖最显著的特征是淋巴系统增生、淋巴结显著肿大。由于“自家苗”含有大量的、不同的抗原，免疫将使机体在一段时间内处于强免疫应激状态，导致免疫机体对其它病原体的抵抗力下降，免疫后的猪群容易发生皮肤病、猪副嗜血杆菌病、猪链球菌病等副作用。
(7)一种疫苗，要使其对特定传染病产生免疫作用，必须具备2个条件：①疫苗中必须含有相应的具有免疫原性的抗原;②抗原必须达到一定量。抗原量太少，不能产生有效抗体,而且还可能诱导免疫耐受。自家组织苗通常都是通过采集病猪的病料来制作，而自然发病的猪，每头病猪的病变组织中病原的含量存在很大的变异，即使是同一头发病猪，由于感染病原体的类型不同，各种病原对组织的嗜好不一样;不同的器官，其病原体的含量也有很大的差异。如蓝耳病病毒嗜好肺部，所以在肺部含量较多;猪瘟病毒嗜好内皮细胞，所以在肾脏和免疫器官中含量较多。如果把病猪所有内脏一起捣碎制苗，那么各种抗原都将被稀释，很难达到多种病各自对有效免疫的抗原剂量的要求。
(8)由于”自家苗”制作者受自身技术、知识、设备等条件所限，难以准确地定量分析病料组织中抗原的含量，“自家苗”的质量不能得到很好的保证。不确切的抗原含量，既可能导致无法诱使机体产生充足有效的抗体，还可能诱导免疫耐受的发生。从而造成一方面无法判断这种疫苗对免疫猪群能否产生了足够有效保护;另一方面，可能这批疫苗能产生有效保护，但下批疫苗却无法产生有效保护，疫苗的批次之间的质量也不能得到很好的保证。所以，用自然发病猪病变组织制作的“自家苗”，其免疫效果存在很大的不确定性，这也人为地给病毒变异创造了环境和条件，促其毒力增强。
(9)由于自家组织苗中含有多种抗原，其免疫程序难以确定;由于“自家苗”中含有的抗原与其他疫苗中的抗原可能相同，必然影响其他疫苗的免疫程序和免疫效果。
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