燧石中可见圆形或椭圆形的清晰区代表放射虫,显示这些生物体的骨针或罕见的内部格栅状特征。在针状燧石中,硅质海绵骨针很丰富。在高倍镜下,燧石的单个颗粒通常显示一种与相邻颗粒有区别的的纤维状波状消光。较老的燧石全部都是前寒武纪的,由细粒的镶嵌状的石英组成。一些不太致密的含有大量似气泡状的孔,有些孔隙多到使燧石像炉渣一样,这些孔隙可能是被水所充填的。有些燧石则不是很纯,在显微镜下显示,在整个燧石体上分散着碳酸盐,这些含有碳酸盐包裹物的燧石从含有少量分散状的方解石或白云石菱面体的燧石一直过渡到含有大量碳酸盐菱面体互相接触的岩石,形成一个似海绵状的网,它的孔隙充填了蛋白石或蛋白质和玉髓。碳酸盐可能均匀分布在整个燧石内。
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