农民工的合法权益最根本的就是公民的基本权利，即公民权。在我国，公民权主要包括：经济性权益有报酬权、收益权、同工同酬权、就业机会均等权、社会保障权、社会福利权等；社会性权益有自由择业权、劳动安全保护权、子女平等受教育权、职业技能培训权、劳动争议处理权、休息权、休假权等；政治性权益有人格权、人身自由权、参与社会管理权等。
从这个方面来看，农民工权益保障存在着诸多的问题需要解决。
;问题之一是劳动权益屡遭侵害。劳动权益遭侵害第一表现就是就业受限制。长期以来的城乡二元体制使城市劳动力市场被人为地分割为正式市场和非正式市场。绝大多数进城务工的农民只能在非正式市场寻找就业机会，从事的是城市人不愿干的“脏、累、粗、险”的工作。随着近年来城市下岗工人的增多，城市就业压力加大，对原来不愿意做的一些工作，现在城市人也开始加入竞争的行列中来，一些城市又从保护本地人就业的角度出台了禁止和限制外来人口。
第二表现在于取得合理劳动报酬的权利遭到侵害。农民工的劳动报酬权屡屡受到用人单位的侵害，主要表现在：一是同工不同酬，农民工虽然从事的与城市人同样的工作，却拿着不一样的报酬；二是加班不给加班费或少给加班费；三是拖欠甚至拒付工资。近年来，随着各级政府的重视，农民工工资被拖欠现象已经有所好转，但仍然任重道远。
第三是社会保险和福利待遇没有保障。在现实生活中，农民工的社会保险和福利待遇普遍没有保障。一些用人单位要么不给农民工买社会保险，要么只给少部分农民工投保，要么避重就轻只买一种保险。这些不公平的遭遇都源于城乡二元体制下社保政策不够完善。
第四是工作生活环境恶劣，缺乏劳动保护。有的用人单位为了降低生产成本，不注意改善工作环境，不给农民工配发必要的劳动保护用品，导致农民工工作的安全隐患多，职业病发病率较高。因此产生的工伤、职业病都是农民工权利遭侵害的频发环节，也是维护农民工权益的难点。
问题之二是政治权益难以实现。第一是基本政治权利不能实现。由于长年在外，有的地方村委会选举有60%以上的农民工没有回乡参加过选举。近年来，一些地方的政府已经开始吸收农民工作为人大代表、工会代表，这可以说是农民工政治权益得到维护的起步。第二是人格及人身自由受到侵害。每当遇到劳务纠纷时，农民工成为被侮辱的对象，辱骂、搜身、挨打的现象时有发生。有的用工单位为了防止农民工中途辞职、偷拿东西，随意扣押身份证及工资，限制其离开厂区及经营场所。
问题之三是社会权益得不到尊重。一是农民工子女得不到良好的教育。由于城市里公办学校需要缴纳高额的借读费，农民工很难承担。二来休息休假的权利往往得不到保证。农民工普遍反映劳动超时现象严重。不少个体、私营及涉外企业经常让员工加班加点，即使国家法定节假日也不放过，法律规定的加班时限及报酬对这些企业来说形同虚设。靳山民
