对于新三板企业而言，挂牌之前多为民营企业，个人用非货币资产出资行为较为普遍, 那么个人用非货币性资产出资是否应征收个人所得税，在之前很长的一段时间里，我国的税收政策都没有作出的明确规定。
我国最早出台的有关个人用非货币性资产投资的相关税收文件，是在2005年出台的《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》国税函[2005]319号规定：对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税，但该文件被国家税务总局2011年2号公告废止。之后，2011年国家税务总局专门针对“南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后，参与苏宁环球股份有限公司定向增发股的行为”进行书面文件回复，认为其行为属于股权转让行为，其取得所得，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税，但该文件属于未公开文件，只发江苏，未转发全国。
由于没有明确公开的税收文件规定个人用非货币性资产投资应征收个人所得税,新三板企业的很多个人股东用非货币资产投资并没有缴纳个人所得税，为了堵住税收漏洞,加强个人所得税的征管, 2015年3月，财政部、国家税务总局联合发布《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》财税〔2015〕41号（以下简称“41号文”），明确了个人用非货币资产投资应该征收个人所得税。41号文规定个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生,应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入,按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税，同时规定纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。
个人以非货币性资产投资可以分期缴纳个人所得税，在一定程度上解决纳税人缴税现金流的问题，但同时也增加了基层税务机关征管的难度。为了解决这一问题，国家税务总局出台《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》2015年第20号公告（以下简称“20公告”）， 20号公告明确了个人用非货币资产投资分期缴纳个人所得税征收管理的相关问题，如规定：非货币性资产投资个人所得税由纳税人向主管税务机关自行申报缴纳，并应于取得被投资企业股权之日的次月15日内，自行制定缴税计划并向主管税务机关报送《非货币性资产投资分期缴纳个人所得税备案表》（见附件）、纳税人身份证明、投资协议、非货币性资产评估价格证明材料、能够证明非货币性资产原值及合理税费的相关资料等。
纳税人自行纳税申报，其主管税务机关是和纳税人用于投资的非货币资产密切相关的，根据20号公告规定：如果纳税人以不动产投资的，以不动产所在地地税机关为主管税务机关；纳税人以其持有的企业股权对外投资的，以该企业所在地地税机关为主管税务机关；纳税人以其他非货币资产投资的，以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。
41号文和20号公告的出台，不仅解决了一直以来个人用非货币性资产投资需不需要征收个人所得税的争议，同时也明确了个人如何纳税申报，主管税务机关如何征管的问题。无论是对纳税人在实际业务的涉税处理以及基层税务机关在征管方面都具有重要的意义。
案例分析
背景：
2013年5月1日，深圳的张某以其持有的上海B公司的70%的股份，增加对北京C公司的投资，取得C公司40%的股权以及100万的现金补偿，张某持有的B公司的70%股权投资成本200万， B公司的70%的股份评估价560万，股权投资协议签订生效时间2013年5月1日，股权登记变更时间2013年10月1日。那么张某用股权投资的行为是否属于用非货币性资产投资的行为呢？张某应该怎样计算个人所得税，怎样进行纳税申报呢？
分析：
在本案例中，张某以其持有上海B公司的70%的股权投资，根据41号文的规定：非货币性资产包括股权、不动产、技术发明成果等，因此，张某用股权投资的行为属于个人用非货币性资产投资的行为，应该缴纳个人所得税。
股权的转让收入为评估后的价格即560万，股权转让成本为初始投资成本200万，张某的股权转让所得为360万（560-200）万。张某收到100万的现金收入，根据41号文的规定应优先用于缴税；现金不足以缴纳的部分，才可分期缴纳，因此张某仅能以不包括现金收入的股权转让所得260万申请延期纳税，延期时间自股权发生变更之日即2013年10月1日至2017年12月31日。
另外，张某需要自行制定缴税计划到B公司所在地的主管税务机关备案并实施动态管理，即如果发生变化，应重新制定分期缴税计划并向主管税务机关备案。
结论
随着我国新三板业务的发展，税收风险逐渐成为监控的重点，且在我国简政放权的大环境下，税收由事前审批逐渐转为事后或事中监管，处罚力度逐渐加大，企业涉税风险加大。
对于个人持股较多的新三板企业或拟挂牌新三板的企业，如果存在个人用非货币性资产投资入股行为且尚未缴纳个人所得税的，根据41号文规定:对2015年4月1日之前发生的个人非货币性资产投资，尚未进行税收处理且自发生上述应税行为之日起期限未超过5年的，可在剩余的期限内分期缴纳其应纳税款。
因此，新三板企业的个人股东如以前年度发生过用非货币资产投资的行为尚未进行税收处理的，应及时梳理企业股权架构、股权投资成本等，按照41号文和20号公告或咨询相关专业机构进行个人所得税的涉税处理。
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