土地增值税计算时，开发成本扣除的税收规定主要由《土地增值税暂行条例》及其《实施细则》、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）和《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号，以下简称《清算规程》）规定。
如果将这些规定的逻辑关系理顺，可以列为：开发成本扣除的原则；开发成本的扣除内容，开发成本中有关内容扣除的规定；开发成本分配的方法；清算报送资料不符合要求或不实核定四项成本的规定。
一、开发成本扣除的原则及其问题
《清算规程》针对全部的扣除项目规定了扣除的6个原则,如果转化为开发成本扣除原则，可以概括为6项原则：
1、实际发生原则。开发成本中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。
2、合法凭据原则。实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。
3、按成本和费用项目分别归原则。开发成本应当准确地在成本项目中分别归集，不得混淆。
4、合理分配原则。纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。
5、一致性原则。对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。
6、税务规定优先原则。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
二、开发成本扣除内容
综合《土地增值税暂行条例》及其《实施细则》及有关的文件，土地增值税计处时，开发成本的扣除内容有以下规定：
1、开发成本项目及其解释。《土地增值税暂行条例实施细则》明确了开发成本的6个项目：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用，并逐一对各成本项目进行了解释。
2、公共设施成本扣除规定。有关文件列举了公共设施的内容，规定其成本扣除按以下办法处理：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
3、装修费用扣除规定。房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
4、预提费用的扣除规定。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
三、开发成本的分配办法
开发成本的分配方法是由《土地增值税暂行条例实施细则》明确的，它将土地成本和开发成本的分配方法一并进行了规定，其内容如下：
纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
有关的文件也对成本的分配方法略作补充，但有瑕疵，这儿不再提及。
四、有关开发成本核定的办法
可扣除开发成本房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
具体核定方法由省税务机关确定。
上面是所有土地增值税计算时开发成本扣除的规定，看到这儿，你是不是十分惊讶：这么少，这么简洁！
土地增值税计算中，在一般人看来，开发成本扣除是最复杂的部分，土地增值税也因此被认为是十分复杂的税种。
从税制中最重要的部分——开发成本扣除的规定看，土地增值税税制本身并不复杂。但土地增值税计算被认为复杂，是不是另有原因？
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