熟悉欧洲史的人大概会发现这样一个巧合：中世纪那段历史刚好开始和结束于欧洲历史上仅有的两次鼠疫大流行。不管是被称作“查士丁尼鼠疫”的第一次鼠疫大流行还是被称作“黑死病”的第二次鼠疫大流行，都“消灭”了很大比例的欧洲人口，深刻地改变了欧洲的社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。
我国医史学家范行准就在《中国预防医学思想史》中提醒人们注意传染病在改变历史进程中所起的重要作用。他说：‘历史告诉我们，传染病足可亡国，罗马亡于疟疾，埃及亡于血吸虫病，中国也有金、明两个朝代亡于鼠疫。为什么这样说？且看明末的鼠疫肆虐。
鼠疫是一种烈性传染病，我国传染病法规定了两种甲类传染病，鼠疫便：是其中之一，2003年夺取很多人生命的“非典”也只：被定为乙类传染病。施行：甲类管理，这就足可见鼠·疫的厉害。鼠疫是典型的：自然疫源性疾病，在人间流行前，一般先在鼠间流行。动物和人间鼠疫的传：播主要以鼠蚤为媒介。此种“鼠一蚤一人”的传播方式是鼠疫向人间传播的方式。
鼠疫主要分为三型。这三型患者均可成为传染源，其中，肺型鼠疫可通过：飞沫传播，故人间鼠疫传播以肺型鼠疫为主。
这样我们就能了解历史的种种疑团了。崇祯十六年即1643年，一种奇怪的“疫病”比李自成的大顺军早一步到达北京城。得了这种病的人先是腋下或颈部起一个核，然后头颈肿大，最后溃烂，没几天便病死。据历史资料记载，这种疾病当时被称为“疙瘩瘟”，致死速度极快。还有一个故事作为佐证：有两个同伴骑着马赶路，后面的人先说话，前面的人答了话，后面的人再说话，前面的人已经死在马鞍上，手里的马鞭还在高高扬起。用现在的观点来分析，“疙瘩瘟”属于鼠疫中的腺鼠疫，肿起的疙瘩就是人体被感染的淋巴结。
虽然以上的历史资料记载有些夸张，但鼠疫确实给北京带来了巨大的打击。回想一下非典时期全城尽戴白口罩。在大明时期，人们对鼠疫知之甚少，只能任“疫”宰割。1644年，李自成率大军杀到北京城下李自成还不知北京城已经是一座“鬼城”，双方开战时都忽略了一个强大的第三方敌人——鼠疫。纵然北京城的城墙很坚固，可是由于鼠疫肆虐，兵力严重不足，很快，大明王朝在鼠疫、大顺军、“顺应天意”的王公大臣及太监们：的共同努力下被推翻了。
李自成顺利进入了北京城，还没等龙椅坐暖和，鼠疫已经开始在他的大顺军中蔓延。 这时，吴三桂登场，他引清兵入关，让他们剿杀李自成。大顺军已经患上鼠疫，溃不成军。吴三桂审度势，倒向了满清政权。清入关，双方短兵相接清军也感染了鼠疫但因为清政权实行的是满汉分治，这个制度无意中把清军这个易感人群感染源分离开了，而且清军进京后，天气开始变暖，呼吸道疾病传染能力速降低。第二年，顺冶二即1645年，旱灾退去大规模流行的鼠疫没了清军终于在关内站稳了脚跟。
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