perl 目录操作

目录操作
Glob
在shell中会将命令行的文件名模式扩展成所有匹配的文件名,这就称为globbing(文件名模式匹配).
在Perl中通过glob操作符来实现.
my @all_file=glob "*";   #数组变量将保存该目录下所有文件名,除了以点号开头的隐藏文件.
等同于
my @all_file=<*>;
注意:角括号内项目如果是标识符就表示从文件句柄读取文件内容,否则就表示glob.
my @file=<FILE>;   #表示读取文件内容
my @file=<FILE/*>; #表示glob.
目录句柄
若想从目录里取得文件列表,也可以用目录句柄.
opendir closedir readdir
#perl
my $dir="/etc";
opendir DH,$dir or die "Can't open $dir : $! \n";
foreach  $file (readdir DH) {
print "one file in $dir is $file \n";
}
closedir DH;
注意:readdir返回的文件名不包含路径,glob将返回路径加文件名.
操作目录与文件
chdir 改变当前目录
unlink 移除文件,参数为列表  unlink glob "*"  #移除当前目录下文件(不包括隐藏的)
rename "old","new" 重命名文件
link "file","filelnk"  硬链接文件 (类似C语言中的引用)
symlink "file","filelnk"  软链接文件 (类似C语言中的指针)
mkdir "dir",0775   建立文件,第二参数为权限
rmdir 移除目录,只能移除空目录.
chmod 0775,"file"  修改权限
chown $user,$group,"file"  修改隶属关系.用户标识符和组标识符必须用数字.
                           getpwnam和getgrnam分别将用户名和组名转换为数字.
注意:以上用到权限的地方都为数字.用字符串有时为引起歧义.如"0775"将会被认为是十进制775而不是八进制775.函数oct可强制把字符串认为是八进制,如oct("0775")正确.

sub dir_seq{

  my ($file,$file_rew)=@_;

  open (OUT,">$file_rew");

  opendir(DIR,"./$file");

  my @dir=readdir(DIR);

  for my $dir(@dir){

     next if($dir=~/^\./);

     open (INP,"./$file/$dir");

  my @inp=<INP>;

 print OUT "@inp\n";

     close (INP);

  }

  close (OUT);

}

\

my @file = glob("tarbase/*.txt");

foreach my $file (@file) {

$file =~/(hsa-\S+)\.txt/;

my $mi = $1;

open F, $file;

while(my $line = <F>) {

next if($line =~/^\s+$/);

my @tmp = split "\t", $line;

$tmp[3] =~s/\s\(homo sapiens\)//i;

print OUT "$mi\t$tmp[3]\n";

}

}