常用Gene ID Conversion Tools

已有 1841 次阅读 2012-10-18 16:42 |系统分类:科研笔记|关键词:ID Conversion

在自己的研究工作中，经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库，每个数据库都有自己定义的ID命名规则，转换起来实在是一个很大的工作。举个例子，之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个，其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中，耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools。

下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举：

1. DAVID: The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discoverhttp://david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp.

挺强大的一个工具，不过可能就是速度有点慢...还有一个缺点就是数据不能及时更新。

2. Biomart: http://www.biomart.org/biomart/martview/65c2ea6c079d1b85820fa5bbf5af62b5

这是一个绝对不错的东东，定期发布新版本，而且可以将数据下载到本地进行操作，推荐一下...

3. BioDBnet: http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

4. Hyperlink Management System (HMS): http://biodb.jp/

5. BridgeDB: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/5

2. http://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html

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