真菌比细菌大几倍至几十倍，其细胞壁缺少构成细菌细胞壁的肽聚糖，取代的是壳多糖和β葡聚糖。真菌有典型的核结构（DNA RNA 染色体 核仁 核膜）和较多的细胞器，是真核细胞型微生物，但不含有叶绿素，因而不属于植物。
真菌可分为单细胞真菌和多细胞真菌两大类。
单细胞真菌细呈圆形或椭圆形，称酵母菌。多细胞真菌可生成菌丝和孢子，交织成团，称丝状菌或曲霉。但有一些酵母菌可以产生假菌丝（菌丝不和母体脱离称为假菌丝），称为类酵母菌。有一些真菌在不同环境下可以切换单细胞和多细胞形态，称为二相型真菌。
孢子指的是有繁殖作用的真菌结构。在适宜环境下，多细胞真菌的孢子长出芽管，芽管延长成丝状，称为菌丝。有的菌丝是一个多核的单细胞，有的菌丝是一连串的细胞。
真菌培养有两种菌落，一种为酵母型菌落，一种为丝状菌落。
酵母型菌落形态与一般细菌菌落相似，显微镜检查可见圆形或卵圆形单细胞。有的单细胞真菌可形成不与母体脱离的假菌丝，假菌丝侵入培养基，称为类酵母型菌落。
丝状菌落是多细胞真菌的菌落形式，形态各异，镜下可见疏松的菌丝体。
致病性主要有：病原性真菌感染、机会真菌感染、真菌超敏反应性疾病、真菌性中毒和肿瘤。
病原性真菌感染：外源性真菌感染，可引起皮肤、皮下、全身性真菌感染。
机会真菌感染：白假丝酵母菌、隐球菌、曲霉和毛酶本身就存在于人体，在宿主抵抗力低的时候致病。
真菌超敏反应性疾病：临床超敏反应有一些是由真菌引起，引起荨麻疹、哮喘、鼻炎等。
真菌性中毒：食用后可引起急性或慢性中毒。
肿瘤：黄曲霉产生的黄曲霉毒素可引起肝癌、肾癌、肺癌。
白假丝酵母菌：曾称念珠菌，归于假丝酵母菌属，常存在于正常人的口腔、上呼吸道、肠道、阴道，当人体免疫力下降的时候可致病。其菌体呈圆形或椭圆形，革兰染色阳性，可形成假菌丝，能够引起：1.皮肤黏膜感染如新生儿鹅口疮、口角炎、阴道炎；2.内脏感染如肺炎、菌血症；3.中枢神经系统感染：多由原发病灶转移而来，引起脑膜炎、脑膜脑炎脑脓肿。
新生隐球菌：在土壤中广泛存在，鸽子粪中数量最多，也存在于正常人的体表、口腔和粪便中。其菌体有肥厚的荚膜，培养过程中不形成假菌丝。新生隐球菌感染多是外源性感染，经呼吸道吸入，在肺部引起轻度炎症，当机体抵抗力下降的时候，可从肺部播撒至其他部位如骨骼、心脏、皮肤等，最容易侵犯的是中枢神经系统，引起慢性脑膜炎，病程进展缓慢，预后欠佳。
曲霉：广泛存在于自然界，种类多，对人致病的主要是烟曲霉、黄曲霉、曲霉生长快、培养基形成丝状菌落。曲霉引起的疾病称为曲霉病，最多见的是肺部曲霉病，在肺部形成肉芽肿样的真菌体，主要表现为慢性气喘。肺曲霉病死者多侵犯脑血管，形成血栓或脓肿。肺超敏反应性曲霉病是曲霉病的另外一种形式，主要是I型超敏反应，主要见于持续从事接触发霉干草、饲料的工人，表现是气急、干咳、甚至是哮喘。
毛霉：毛霉广泛存在于自然界，生长迅速，培养呈丝状菌落，主要侵袭机体抵抗力下降的患者，如糖尿病、大面积烧伤、白血病等，病菌常从鼻孔侵入至肺部，引起肺毛霉病，也可以侵入脑部，引起脑膜炎。
卡氏肺孢子菌：长期以来将卡氏肺孢子菌归于原虫，但近来将其归属于真菌。其菌体呈圆形或椭圆形，可被亚甲蓝或吉姆萨染色，广泛存在于自然界，在猫、狗、老鼠等动物肺部均有卡氏肺孢子菌存在。正常人中隐形感染者为1%-10%，但发病率低。在白血病、恶性肿瘤、器官移植、长期使用免疫抑制剂者中容易感染，引起间质性肺炎，可因呼吸衰竭死亡。AIDS患者中，如果CD4 细胞低于200 /mm3，感染率高达80%。其诊断主要是收集支气管灌洗液、肺活检组织、深部痰液，用吉姆萨或亚甲蓝染色，可以用单克隆抗体直接荧光染色。
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