雍正皇帝即位之初，政治地位面临着巨大隐忧。无可奈何而又不甘认输的其余诸皇子，对于这位新君，或明或暗地都带有一丝敌意。其中，敌意态度表现得最为明显的莫过于皇九子允禟和皇十四子允禵，而最具权势、深深隐藏敌意，并一直蓄势待发的，则是皇八子允禩。允禩不仅能力过人，而且心机很深。在康熙朝，当允礽被废除皇太子之后，允禩一直在悄悄积蓄力量，发展势力。朝臣曾一致推选其为皇太子候选人，可知其党羽之众。因为这个缘故，雍正帝即位之后，仍然不得不给他几分面子，让他充当总理事务大臣之类的要职，并封他为亲王。
▲雍正帝画像
至于允禟等人，则是允禩和允禵的重要助手。受到他们的指使，允禟会冲锋在前，充当急先锋。面对允禟他们充满敌意的行为，雍正帝不能不采取一些相应的打压行动。允禟很快被关押在保定的高墙之内，并且被封闭了所有门窗，不得与外界有丝毫联系，身体每况愈下，成为弱不禁风的废人。不久之后，直隶总督李绂禀奏雍正：允禟已经病死。当然，也有一种说法是，允禟被关押在保定之后，忽然不明不白地上吐下泻，更像是被雍正帝用毒药害死的。
眼见时机成熟，雍正帝立即着手对允禩展开了最后的清剿行动。这年四月，雍正帝借口工部所制兵器粗劣，严厉谴责负责工部的廉亲王允禩。雍正帝宣称，自己一直对允禩怀有君臣之谊和兄弟之情，但允禩一直阳奉阴违、造谣生事，因此只能选择与其彻底决裂。随后，他下令让三旗侍卫每天派出四人跟随允禩左右，实则就是将允禩就此实施监禁，不得再有自由行动的机会。朝臣见风使舵，一拥而上，纷纷奏称允禩罪大恶极，一定要对其严加治罪。雍正帝随即在全国宣布允禩的罪状，下令革去其爵位，并由宗人府除名，改其名为“阿其那”（据说这是满族人侮辱对手的手法，意思是贬斥其为猪狗不如的动物）。允禩被囚禁之后，很快也患上了与允禟相似的症状，一直呕吐不止，不久之后便魂归西天。允禟和允禩，都是莫名其妙地病死，而且时间相差仅仅月余。
▲允禟画像
长期以来，雍正帝似乎对自己的亲兄弟有着一种莫名的恐惧和仇恨。在有条件和他争夺储君之位的兄弟之中，能够保持善终的，少之又少。非正常死亡和长期被幽禁的阿哥们则有很多。只有个别人因为才能突出而且忠心不二，得到了雍正帝的器重，比如十三弟允祥。但与受到惩处和囚禁的阿哥相比，终究属于少数。雍正帝对于手足之情的漠视，对于亲兄弟的无情打击，一直为后人所诟病，也让他留下了残忍和刻薄的骂名。
雍正帝有一个非常突出的性格特征，那就是猜忌之心过重。由于长期目睹太子党之间蔚为凶残的党争，雍正帝对于亲兄弟已经毫无信任可言，对于朝臣，则更是如此。虽说防人之心不可无，但如果猜忌之心过重，就势必会对个人的行为和处事方式造成极大的影响，会情不自禁地让自己陷入四面为敌的假想境地而难以自拔。如果是普通百姓，这样的性格，也会让自己越来越孤立，和朋友逐渐疏远。如果是一国之君，则势必会对政治盟友缺少应有的信任，导致左右亲信越来越少。管理一个疆域广阔的国家，不可能事必躬亲。倘若抱着“鞠躬尽瘁，死而后已”的信念，每事都亲力亲为，除了过度劳累之外，也会背上专制的恶名。
猜忌之心过重的雍正皇帝不得不下定决心，每事都尽可能地亲力亲为，并借助于康熙帝的经验，精心设计了军机处，为自己推行集权统治服务。可以说，在雍正帝手中产生军机处，一方面与他即位前后所处的政治环境非常复杂有着很大的联系，另一方面则和他过重的疑忌之心有着直接的联系。
对于亲兄弟，雍正帝采用的是两手策略，打击了一批，拉拢了一批。其中，受到打击的占了多数。拉拢的人当中，值得他信任的，则少之又少。数来数去，似乎只有允祥一人而已。所以，雍正帝不仅将治国的重任让允祥分担，而且成立了空前强调保密和办公效率的军机处，并就此将执掌大权完全托付于他。军机处首批所设军机大臣共有三人，但排序非常严格：以允祥排第一，张廷玉和蒋廷锡只能分处第二、三位。
雍正帝之所以如此器重和信任允祥，是因为曾和他朝夕相处，形影不离，对其知根知底。由于太了解这个弟弟的为人和品性，雍正帝相信，即便是允祥权势盖天，也一定会恪尽职守，忠诚不二。允祥因此成为经常为雍正帝传旨之人。而通过允祥，雍正帝多少可以部分实现他事必躬亲的想法。在处理政务时，尤其是最高密级政务时，允祥就此在雍正帝和朝臣之间形成了一种非常微妙的联系：允祥经常代表皇帝听取官员的汇报，也可代表雍正帝发布命令。正是这种处理朝政的形式，构成了日后军机处的雏形。
雍正前期，允祥是整顿财政的首功之臣。雍正帝设立会考府以清查全国财务情况，便令允祥担任主持人。他对允祥说：你如果不能进行清查，最后朕便不得不亲自进行清查。可以说，这句话既表示了他对允祥的信任，也给了允祥相当的权力和责任。允祥很好地领会了雍正帝的意图，并采取了许多灵活务实的做法，在最大限度追查欠款、充实国库的同时，没有引发深重的社会矛盾，由此深得雍正帝的赞赏。诸如“摊丁入亩”等新政的顺利推行，允祥也起到了积极的作用。因为这个缘故，雍正帝曾经赞誉允祥：“公而忘私，视国事如家事，处处妥帖。”
▲允礼画像
允祥身居重位，却一直为人谦和，从不嫉贤妒能。每遇到贤能之人，他都能且不避亲疏地积极向雍正帝推荐。康熙帝第十七子允礼一直被雍正帝认为是允禩党人，并就此惩罚允礼到遵化守陵。但允祥更了解允礼的秉性和能力，于是找到一个合适的时机向雍正帝予以举荐。雍正帝很快就采纳了允祥的意见，册封允礼为果郡王，管理理藩院事务，不久之后，又晋封他为果亲王。雍正帝通过此举，在培植了亲信的同时，也对改变他和皇子们的关系，尤其是对纠正其嗜杀亲兄弟的不利形象，多少会有一些帮助。
雍正帝对于允祥的信任，完全超乎常人想象，甚至多少也与雍正帝猜忌之心过重的形象不太符合。有一次，直隶总督李绂曾向雍正帝请示，是否将允祥督导营办水利之事立档，雍正帝批示说，怡亲王所办之事，哪里犯得着你这样的府衙来立档备查。你们这些大臣，朕只管放心任用，但成百上千地加在一起也不如朕对怡亲王一人的信赖。在雍正帝眼中，允祥就是一个“能代朕劳，不烦朕心”的最为贴心之人。
一方面，阿哥们不合作的态度，逼迫雍正帝必须要另外组建班子，在推行政令时选择性地避开他们；另一方面，出于对允祥的信任，雍正帝已经在无形之中围绕允祥搭建了自己的秘书班子，可以就此而将其他朝臣抛开在外。雍正帝权力构建的一些理想，也因为允祥的忠贞和支持，得以逐步展开。当战争开始之后，雍正帝对允祥的重视便被带到了军机处。
事实上，也可以说，雍正帝也正是在与阿哥们的这种争夺中，想出了设置机构摆脱内阁等既有体制束缚的主意。但要想将相关设想变成现实，则只能等待恰当的时机出现，而平定准噶尔叛乱恰好给了他这个机会。
在雍正皇帝的授权之下，允祥和张廷玉等人一手置办起军机处，开始在临时搭建的小屋子里办公。西北鏖兵富有很大的戏剧性，正当清军溃不成军的时候，喀尔喀人的奋力一击，让这场危机得到暂时的缓解。在战争中，负责处置军情并遥控指挥的军机处堪称败绩累累，甚至毫无是处，但仍然在战争结束之后得以继续保存。乍看起来，颇令人费解，但如果深究起来，则也不难理解。因为就在西北鏖兵期间，雍正帝发现，自从有了这个军机处之后，他可以更方便地通过允祥、张廷玉等人顺利地把旨意颁行下去，而且成功地避开了诸位阿哥的牵制。既然如此，为何不将它带入政治领域，用它来帮助自己施政？也就是说，军机处又有什么理由裁撤呢？
显然，只要宫室内部的争权夺利没有结束，军机处便有继续存在的必要，只是其职能定位需要作出一些调整罢了。从此之后，军机处不再只是定位于“军事”，而是更多让位于“政治”。在西北鏖兵期间，军机处是负责军事情报的传输机构和决策机构，在战事结束之后，它转而更多地关注政情和社情。
雍正帝用兵，无足称道，至少与他父亲康熙帝相比，差距甚远。但就强调军情保密和快速传递、秘密处置这一点而言，雍正帝其实也是用心深远之人。军机处后来几经废立，最终成为影响清朝政坛的重要机构，对维护清朝集权统治有着非凡的影响，其中有雍正帝的创举之功。曾经自诩为“天下第一闲人”的他，通过军机处的设立和运作，成功地将自己塑造成为一代政治强人。通过军机处，雍正帝更可以找到每事都亲力亲为的感觉，从而帝国的掌控权牢牢地把握在自己的手中。
虽说是军机处专为西北战争而设，而且起初似乎特为军需一事，渐渐地才扩展为军情传递和处理，但其中玄机起初并没有多少人知晓。举凡机密事宜，均由雍正帝吩咐怡亲王允祥，大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理。这种秘而不宣的策略，隐秘性极高，完全绕过了当时的王公大臣。这期间，军机大臣，包括整个军机处，所扮演的角色就是贴身“秘书”。他们的主要职责就是辅助皇帝批复奏折，草拟诏旨。
军机处的特点首先是临时性，或者也可以说是随机性。在雍正帝的设计中，军机处根本算不上是一级正式机构，编制无定，人员无定，都是雍正皇帝根据需要随时调来。被选入军机处的官员，也都属于兼职。成为军机大臣之后，一切依照他们原有的品级和地位，排定先后次序，品级高、资历深者则为“首席”、“首揆”或“首枢”，但军机大臣之间则互不统属，也就是说，互相之间没有隶属关系，只需各自直接对皇帝负责。而且，军机大臣和军机章京虽说身处权力的核心地带，却没有任何的决策权，一切只能听命于皇帝，只要认真完成皇帝交办的各项事务即可。
首批军机大臣只有怡亲王允祥和大学士张廷玉、蒋廷锡三人。即便是加上军机处章京，也很少超过十人。在首批军机大臣中，允祥和蒋廷锡都不假天年，因此，一段时间之内，张廷玉完全成为雍正皇帝的随身“秘书”。据史书记载，凡有紧急事务，雍正帝则命廷玉立刻入宫，自己口授大意，张廷玉则于御前伏地书写，或是隔着猛帘在案几书写，文稿书写完毕即呈雍正帝御览，随后立即颁行。如果事情既急又频，张廷玉甚至被每日召见不下十数次。
军机大臣因为与皇帝最为接近，地位之崇高为人所共知，但成为军机大臣之后，他们却没有了六部官员那样的实权。前面说过，军机大臣实际就是充当了皇帝的侍从和秘书。从日常职责来看，完全也是类似秘书职守。军机大臣的日常工作，概括起来就是上传下达。受到皇帝召见时，需要将“未奉御批”的各处奏折恭敬地进呈，等候皇帝钦批。“承旨”完毕，即可退出。遇有皇帝“明旨”，则由军机大臣拟写完毕，下发到内阁执行。至于不宜公开的“密谕”，则经由军机大臣“封交”，视缓急情况，经由“马上飞递”传送各地。
军机大臣之外，也设军机章京，由皇帝挑选满汉官员承担，主要负责缮写谕旨、记载档案、查改奏议等，同样是文墨秘书性质。满人负责抄写满文，汉人负责抄写汉字，分工明确。
军机处还有一个显著特点，就是非常强调秘密性。这个特点，其实从军机处成立之初就已决定，因为它特为处理军机而设。所谓军机，就是需要格外强调保密。西北战事结束之后，军机处仍然不从属于任何衙署，其工作职权和范围也完全超出其他衙署。雍正帝要求，军机处办理事务，“不必露行迹，稍有不密，更不若明而行之”。在军机大臣的主导之下，上传奏折和处理朝政，都可以完全避开内阁等各级衙门，只对皇帝一人负责，只和皇帝保持单线的直接联系，因此它格外需要做好保密。
军机大臣必须始终处在距离皇帝最近的地方，遇到需要处理的事务，可以随时、快速地应召人宫。这样便可以最大限度减少中间环节，避免因为假于众手而造成泄密，同时也可因为秘密行事而发挥最高效率。皇帝如果出行，则军机大臣在行宫附近设置临时办公场所，听候皇帝的随时调遣。某种程度上，雍正帝已经把军机处当成—件随身携带的物品，走到哪里都需要带在身边。无论是军机大臣，还是军机章京，都不能有任何借口逃开，只能随时跟随。
军机处除了没有正式衙署之外，更无印信。之所以如此设置，据说也是为了保密。这种局面维持多年，一直到雍正十年（1732年）春，雍正帝才下令由大学士等议定铸造印信之事。经雍正帝特批，军机处大印交由礼部铸造成形，但之后一直交由内奏处加锁保管，至于钥匙则由领班军机大臣随身携带。需要使用印信之时，由值班章京凭“军机处”金牌到内奏处领取。开锁过程中，需要有数人监督。印信使用完毕之后，则立即交给领班章京，印匙要重新归还领班军机大臣，印信则要重新归内奏处加锁保管。对于一枚印信的管理，有着严格而繁琐的规章制度。由此可知，雍正帝在保密安全上真是煞费苦心，做足了文章。
包括皇宫在内，军机处办公场所并不奢华，甚至可以说非常简陋，但一直有着严格的保密规定，挂设“枢密重地，非有特许，不许擅入”字样，禁止无关人员靠近。正是因为军机处行事极为机密，以致实行了“二年有余”之后，各省仍然对其一无所知。
如果说西北用兵期间，军机处尚且处于试运行阶段，而且仅仅局限于“军机”，那么在战争结束之后，雍正帝已经尝试将其范围逐步扩展，而且也找到了军机处的运作办法。这其中，为军机处特地铸造印信是一个标志，说明雍正帝已经充分意识到军机处在处理军机事务过程中的特殊作用，并且也开始有意加强对军机处的管理，使军机处逐步走向正规，成为国家机器的一部分。统计显示，雍正十年（1732年）之前，雍正帝发布谕旨，多题“谕内阁”或“谕议政王大臣等”，而雍正十年（1732年）之后，雍正帝发布谕旨已经常题“谕办理军机大臣等”，而且次数处于上升势头。由此可见，此时的军机处，已经逐步成为清廷决策的一个重要环节，而且抢夺内阁及议政王大臣的势头越来越明显。
通过一段时间的实践，雍正帝越来越意识到，直接组织一个临时班子来帮助自己处理政务，阻力可以变得更小，政令推行起来更加得心应手，运转也更加畅通快速。于是，军机处办理政务的内容就此不断得到扩展，相关军机处的筹划和设计也越来越周密，雍正帝认为自己就此找到了治理这个错综复杂的庞大帝国的一把密钥。通过一系列的运作之后，雍正帝终于渐渐实现了对帝国的主宰，真正有了君临天下的感觉。
