首先，并不是只剩下两个人，后代就必然出现「基因」上的亲近繁殖。
其次，即便出现「基因」上的近亲繁殖，也并不一定会出现遗传病。
如果这两个人是天选之子，没有携带任何的遗传病基因，且没有任何生存和交配忧虑，那么他们很快就能创造一大群“天龙人”。
这群天龙人，的确基因纯合度太高了，很容易出现弱残个体，但没有关系，在人丁足够兴旺的时候，以开疆扩土的名义，流放到环境恶劣甚至被辐射过的地方。
在一代代基因突变，以及经过环境的不断淘汰之后，剩下的后代，自然就拥有了丰富的基因型。
只剩下两个人，就只需要考虑两种情况：
一：科技已经足够发达，这两个人只需要繁衍生殖就可以了，其它各个方面，自然有人工智能体系提供所有的服务。那么，这种情况下，科技已经无比发达了。你想要怎么生殖都可以，大批量克隆，突变诱导，基因改造甚至是设计，你想怎么来就怎么来。
不说还剩下两个人，哪怕仅仅剩下一个活体的具有分裂能力的人类细胞。那也可能通过技术手段，来繁衍出整个人类来。
二：就像伏羲和女娲，亚当和夏娃。没有啥发达的科技，但还算衣食无忧。这种情况下，你虽然无法避免道德伦理上的近亲繁殖，但其实只要你的后代足够的多，你就可以在基因上避免近亲繁殖。
人类有23对染色体，一个人可以产生2^23种配子，也就是8388608种，但其实这些配子也并不是完全一模一样，因为还会存在基因突变，以及联会时互相交换等位基因。
也就是说，每一次产生的配子都可能完全不同。
当然，这些小变化，在短期与是否近亲没有任何的关系，主要还是在染色体的配对上。
假如：
对于完全没有亲缘关系的父母来说。
父亲减数分裂出了A1和A2两种次级精母细胞。
母亲减数分裂出了B2和B2两种次级卵母细胞。
如果A1和B2配对生下儿子A1B2，A2和B1配对生下女儿A2B1。
那么，A1B2和A2B1结合，就不会存在任何纯合现象。也即，他们虽然从人伦的角度上来说，是近亲繁殖，但是，从「基因」的角度来说，他们的后代并不近亲。
这些配子产生的后代中，不会发生纯合现象的组合还有：A1B1和A2B2。
总共有两种方案，为啥不是四种？因为女女和男男无法产生后代（当然，出现性反转且具有生育能力的可以有，但十分罕见。极低概率对人类短期繁衍生息影响不大，也不用考虑）。
除此之外，也并不是发生纯合现象，就一定会出现遗传病，主要看等位基因自身的情况如何。而且出现1个染色体纯合和出现23条染色体纯合，得遗传病的概率是完全不同的。
人体基因突变的概率很低，碱基出现错误的概率低至1/10^6~1/10^9。
但人类身上存在2~3万个基因，31.6亿个DNA碱基对，这就造成上一代传到下一代的基因突变个数，可以达到100~200个新的突变[1]，当然，每一个突变产生遗传病的概率其实是很小。例如血友病大约是1/5000的概率。
另外染色体的突变率较高，大约有0.47～0.84%，不过染色体突变绝大多数都会通过流产自然淘汰掉。所以，能够活下来的，大多数也都健康。
如果父亲产生一个常染色体的隐性致病基因，那么子女有1/2携带隐性致病基因，孙辈致病的概率就是1/4。
亲缘代系越远，致病性也会更低。
从这个表中我们可以看出，如果你一代的生育能力足够强，那么代系传得足够多，正常的子女就越来越多。
女性一生10胎，在古代大家族其实并不少见。
例如，在食物充足，恰好生理情况十分理想的情况下，保证每个代系平均能养大成人5胎，同时排除1胎不能生育的。
五六代之后，就能繁衍出100多个健康的后代。
如果还是不存在环境和食物忧虑，基本上就能自然传代了。
但如果同时含有5个隐性致病基因，那么孙辈至少存在一个遗传病的概率高达76.3%。如果这些遗传病全部影响生殖，哪怕生个十胎，也大概率绝后。
当其实绝大多数的遗传病，并不会影响生育。
如果绝后的概率是1/10，也基本不影响繁衍，只不过后代质量堪忧，环境出现恶劣变化，就会存在灭绝之忧虑。
现实中的普通人，每一种遗传病的发生概率从几千到上万分之一不等。
人类遗传病的总数多几千种，每个人总会暗藏那么几个隐性致病基因。
所以近亲结婚，都会存在很高的遗传病概率。
当然，严重到影响继续繁衍生息的比率，还是更低一些。虽然不同的社会学家，从现实的角度预估的人类最低繁衍数从51（一般来说女性最少保证50人）~5000不等。
但从十分理想的角度来说，如果衣食无忧，且至少前十代完全没有人伦忧虑。
两个人是完全能够保证繁衍生息的。
当然，且至少前十代完全没有人伦忧虑。
总的来说，无论未来、现代还是原始社会，只有给予的生存条件足够的优渥，两个人是的确可以让人类繁衍生息的。当然，在自然生育状态，要绝对保证繁衍生息，往往还是需要数百的人口。
但其实，你人类都快灭绝，只能选出最后两个人，自然会近最大的努力，通过基因筛选，留下两个天选之子来。
或许，他们就像伏羲和女娲一样，没有任何的遗传病隐性基因。
种豆得豆，种瓜得瓜，一代代传下一个种花家。
那也不是完全不可以的。
首先，他们产生的尽可能多的后代中，这些后代几乎都不会存在遗传病，最后因为基因突变，存在少量的隐性携带。
由于只有一代的基因突变，其实隐性致病基因的携带率，比起你我都会低很多。
第二代足够多之后，就可以仅仅考虑规避第二代的近亲繁殖了。
可以把后代进行分组，保证组内不交配，仅仅组间交配，这样几乎可以几乎规避因为基因突变导致的产生的新遗传病威胁。
这样经过一代代的繁衍，群婚制的氏族也就诞生了。
然后部落联盟诞生。
国家诞生。
……
几千之后的某个后代，在知乎上提问道：
如果地球只剩下两个人类（一公一母），那么他们该如何避免近亲繁殖？
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