内容包括：①有色金属新材料产业化创新基地建设。围绕铜、锡、锌、铝等有色金属产业链延伸及稀贵金属新材料产业化，建设完善铜、锡、锌、铝等有色金属深加工及稀贵金属新材料产业化示范基地，有效促进产业结构调整，把有色金属大省变为有色金属强省。②磷化工、煤化工产业化创新基地建设。围绕磷矿、煤炭优势资源的高效利用，以磷化工、煤化工精细产品开发与产业化为重点建设。③装备制造业产业化创新基地建设。以数控机床、电力装备、铁路养护设备、自动化物流设备、光电子、汽车及柴油发动机、重化工业成套设备、农业及生物资源开发加工机械等8个行业为重点建设。④生物质能源产业化创新基地建设。以生物柴油和非粮原料的燃料乙醇为生物质能源产业发展重点建设。⑤花卉产业创新基地建设。为把云南省建成全国花卉新品种种类最多、成果最多的省份，进行全国最大的花卉新品种研发基地和亚洲最大的鲜切花生产基地建设。⑥中药现代化科技产业（云南）基地建设。重点实施“中药、民族药科技支撑平台建设”“中药、民族药基础研究”“中药、民族药新产品研发”“中药、民族药现代化生产”“中药、民族药创新型企业（工业园区）培育”“中药、民族药创新型人才队伍建设”等。依托重大项目的组织实施和高新技术产业化创新基地的建设，着力增强云南省企业技术创新能力，强化科技成果的转化，全面提升云南省重点特色产业的科技创新能力。
2008～2012年，创新工程共组织实施重大科技项目282项，突破核心关键技术301项，开发具有自主知识产权的重大新产品297项，保持了云南省有色冶金、磷化工和煤化工、先进制造、生物资源开发等特色产业的技术优势，全面提高了相关重点产业和重点领域核心竞争力和综合实力，有力地支撑了云南省重点产业和支柱产业的发展。共建成国家级高新技术产业化基地7个、省级高新技术产业化基地10个。这些建成的基地成为新技术成果转化、推动行业技术进步的重要平台，对增强企业自主创新能力，整合科技资源，强化科技创新体系建设，推动科技成果转化和产业化，引导、辐射和带动云南重点产业向特色化、规模化和聚集化发展起到了积极的推动作用。
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