在实际的工程应用中，Ludzack和 Noran的研究表明，当氯化物的含量高于5－8 g/L的时候，将对传统的好氧废水处理工艺产生影响。尽管盐的含量对生物活性存在着致命性的影响，但活性污泥对高含盐环境的适应并非不可实现。工程上通常采用从低含盐量逐渐增加的方式来培养微生物，以使之适应高含量的环境，使废水得到净化。Doudoroff研究表明，埃希氏菌群在生长的停滞期对NaCl的适应能力最强。研究表明，盐浓度频繁改变比起逐渐改变对微生物能产生更加不利的影响，且盐浓度的大幅度改变将会导致细胞质的释放，从而使可溶COD上升。虽然可以证明通过驯化活性污泥可适应高盐环境，但是一个主要的瓶颈是此类适盐系统的正常运行通常需要在5%含盐量以下。 Kargi和Dincer于1997年开始使用逆流床反应器研究盐浓度对好氧生物处理的影响。反应器中采用活性污泥接种，人工合成废水由溶解蜜糖、尿素、磷酸二氢钾和氯化钠组成，浓度为50 g/L，COD∶N∶P的比例为100∶10∶1。研究发现，当盐度从零上升到5%的时候，出水COD去除率从85%降至59%。此后，又进行了包括好氧生物转盘在内的一系列创造性的实验，得出嗜盐菌是改善好氧处理工艺的最佳途径。
早于1965年，Kugelman和McCarty就得出结论，Na 浓度超过10 g/L的时候，将强烈抑制甲烷的产生。然而，Omil等于1995年的研究表明，活性产甲烷菌群对废水盐度的适应是可能的，其效率取决于让菌群适应高含盐量所采取的方法。此外，Feijoo于1995年得出，污泥中Na 的毒性取决于多种因素，其中尤为重要的一点是，污泥的特征和对高含盐水的逐渐适应性。 近年来，利用嗜盐微生物厌氧消化对废水中的有机物进行生物降解的研究和应用越来越广泛。不过相比好氧生物的相关研究，研究成果还相对较少，其中大多数探索的盐浓度在10－71 g/L之间，远比好氧研究的范围要小。 Aspé等于2001年模拟了金属元素钼对厌氧消化的抑制作用，认为产甲烷阶段是最受抑制的阶段。后来，人们采用厌氧过滤器；上流式厌氧污泥床反应器；厌氧接触反应器[34]等工艺；处理海产品加工废水，上述方式进行废水处理时，COD去除率在70%到90%之间，其有机负荷率为1－15 kg COD m3/d。Lefebvre等[35]使用UASB技术研究皮革厂浸泡废水的厌氧消化处理，适宜的工况限制在较低有机负荷下。限制了此类工艺的应用。
由于单独的好氧和厌氧工艺在处理工业废水中COD去除率无法达到预期的效果，因此为了更好的处理废水中的有机物，两种方法的结合成了研究人员的又一选择。Panswad和Anan于1999年采用了好氧/缺氧/厌氧工艺对含有3%盐分的合成废水进行处理，COD去除率达到71%的。2006年，Lefebvre等处理皮革废水实验，UASB技术与活性污泥后处理的结合改善了废水处理工艺总体效果，COD去除率可达96%。采用厌氧/好氧处理工艺，物化手段的使用主要体现在废水的预处理上，其目的主要在于降低废水中的有机物和盐度，为微生物处理创造良好的环境。采取的整体工艺流程：废水首先经过调节池，然后经过物化的预处理(通常采用调节pH值、混凝、沉淀、电解、微电解等方法)，而后加入预先培养好的嗜盐菌进行生物处理。
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