miRNA通过作用于多个靶基因在很多信号通路，如发育、分化、增殖、细胞凋亡中发挥重要作用。同时，其自身表达还受到转录因子的调控，致使在人类正常组织和肿瘤细胞系中均存在组织特异性的表达模式，这样便组成miRNA上下游复杂的调控网络，为研究miRNAs在疾病中的关键作用及药物靶点或诊断提供了新思路。
1. miRNA差异表达分析
对于由miRNA芯片或small RNA-seq获得的表达数据，根据研究目的或实验设计，可对多组样本两两之间进行miRNAs差异表达分析，具体方法包括差异倍数分析、t检验等，获取差异miRNA列表。
2. miRNA靶基因预测
锐博生物运用四个最权威的预测软件对客户提供的miRNA进行靶基因预测。
图1. 多种工具对miRNA的靶点进行综合预测，选择交叠靶点作分析以保证可靠性
3. miRNA-mRNA调控关系
锐博生物对四个软件的预测结果进行进一步筛选整理，并以三个(以上所述的四个中的任三个)软件共同预测结果作为miRNA的候选靶基因，对靶基因进行KEGG/GO功能分析，并构建miRNA-mRNA调控关系。
图2. 靶基因的KEGG功能分析。粉色表示预测靶点基因，绿色表示存在于该通路中的基因，靶基因主要发挥apoptosis功能。
4. 整合多个蛋白质互作数据库
综合下图所列的各种蛋白互作数据库，对靶基因总集建立起蛋白互作关系。
图4. 多种蛋白质数据库
5. 构建miRNA-mRNA网络
合并miRNAs与靶基因总集的蛋白质互作关系，从而建立miRNA-mRNA的调控网络。
图5. miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA，圆形表示mRNA，红色线条表示miRNA对mRNA的调控关系，蓝色线条为mRNA之间的蛋白质互作关系
6. 预测调控miRNA的转录因子(Transcript Factor)
1)基于调控因子结合位点数据库，利用相应算法进行调控因子及结合位点预测。
2)用多种软件对ENCODE的ChIP-seq数据库进行miRNA上游区域的Peak检测。
图6. miRNA预测转录因子。绿色圆形表示TF，菱形表示miRNA
7. 合并TF-miRNA调控关系及miRNA-mRNA作用关系来构建miRNA调控网络。
图7. TF-miRNA-mRNA调控网络。菱形表示miRNA，绿色圆形表示TF，蓝色圆形表示mRNA，箭头表示调控关系，线条表示蛋白质互作。
参考文献
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