R语言用hclust进行聚类分析 | 生信菜鸟团

聚类的基础就是算出所有元素两两间的距离，我们首先做一些示例数据，如下：

x=runif(10)

y=runif(10)

S=cbind(x,y)                                 #得到2维的数组

rownames(S)=paste(“Name”,1:10,””)             #赋予名称，便于识别分类

out.dist=dist(S,method=”euclidean”)           #数值变距离

这个代码运行得到的S是一个矩阵，如下

> S

x         y

Name 1   0.41517985 0.4697017

Name 2   0.35653781 0.1132367

Name 3   0.52253349 0.3680286

Name 4   0.80558684 0.9834687

Name 5   0.04564145 0.8560690

Name 6   0.11044397 0.2988598

Name 7   0.34984447 0.8515141

Name 8   0.28097709 0.1260050

Name 9   0.81771888 0.5976135

Name 10 0.40700158 0.5236567

可以看出里面共有10个点，它们的X,Y坐标均已知，我们有6总方法可以求矩阵

注释：在聚类中求两点的距离有：

1，绝对距离：manhattan

2，欧氏距离：euclidean 默认

3，闵科夫斯基距离：minkowski

4，切比雪夫距离：chebyshev

5，马氏距离：mahalanobis

6，蓝氏距离：canberra

用默认的算法求出距离如下

算出距离后就可以进行聚类啦！

out.hclust=hclust(out.dist,method=”complete”) #根据距离聚类

注释：聚类也有多种方法：

1，类平均法：average

2，重心法：centroid

3，中间距离法:median

4，最长距离法：complete 默认

5，最短距离法：single

6，离差平方和法：ward

7，密度估计法：density

接下来把聚类的结果图画出来

plclust(out.hclust)                           #对结果画图

rect.hclust(out.hclust,k=3)                   #用矩形画出分为3类的区域

out.id=cutree(out.hclust,k=3)                 #得到分为3类的数值

这里的out.id就是把每个点都分类了的分类数组，1,2,3.

 

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