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这一时期道教医学体现了鲜明的道教特征，即把医术成为道教不可或缺的内在要素之一，特别是士人入道进一步提升道教医学的理论层次。
如果说在汉代道教始创时期，道教与医学的紧密联系多是出于宣传教义、广纳教徒以扩大教势，明显地表现出一种以医传教的外在功利性目的的话，那么，随着魏晋时期葛洪神仙道教体系的建立，上清派、灵宝派的形成以及南北朝时期道教本身的进一步改造、完善，这种联系就成为道教自身发展所必不可缺少的内在要求了。
首先，在东晋时期葛洪神仙道教理论的建立，他使得道教基本教义从早期“去乱世、致太平”的救世学说发展成为专注于企求“长生久视”和“度世延年”，这在道教理论发展史上意义重大这一转变的完成，使长生不死、羽化登仙就成为道教的基本信仰和修炼追求的最终目的。为了达到修道长生的这一度世目的，首先要祛病延年，《真诰》指出：
夫学生之道 ，当先治病，不使体有虚邪及血少脑减，津液秽滞也。不先治病虽服食行炁无益于身。
由于医药的作用正是在于治病防病，延长人的寿命，故掌握一定的医药知识和技能是道徒进行“自救”并进而“济人”的基础和前提。因此，修“仙道”必须通“医道”。
其次，道教本着“内修金丹、外修道德”的宗教伦理实践要求，认为行医施药是一种济世利人的“上功”与“大德”，也是长生的一种先决条件，即所谓“欲求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本。若德行不修，而但务方术，也不得长生也”。葛洪从道教义理的角度和层次上，深刻阐明了医药在长生成仙、济世救人的修道实践活动中的重要意义，明确提出为道之人必须兼修医术的主张，得到道门中人的普遍认同。因此，随着魏晋南北朝时期道教的进一步发展，特别是上清派和灵宝派的相继出现，道教与医学的关系更加密切。上清派、灵宝派的修持理论（尤其是上清派），是结合传统医学理论进行构建的。这一时期道教逐渐将医学这一手段运用的重心从“以医传教”转向“借医弘道”，这就从更深的层次上促进了道教与医学的交融。
上清派是魏晋时期产生并兴盛起来的一个道派，该道派因奉持《上清经》，故名上清派的出现及其兴盛在道教与医学关系发展史上有着特殊的意义，它开启了后世道教借医理弘扬道法之先河。上清派之所以重视医学，能自觉地将医理与道教修炼方术结合起来，这决非偶然。其中原因之一是魏晋时期，道教逐步向上层社会发展，许多高级士族纷纷入道，一改以往道教信徒多出身下层贫民的状况。
上清派以《黄庭经》和《上清大洞真经》为主要经典，其包含修炼思想反映了“借医弘道”的特征。上清派在修持理法上强调存思存神为修炼大道，这是上清派区别于魏晋时期道教其他道派的最大特色。上清派的修持理论上承《老子道德经河上公章句》即《太平经》关于身神的学说，建立了以身神为核心的修炼体系，即认为天地之间、人体内外存在着何种各样的神灵，尤其是人体脏腑、五官、脉络和关窍之中有形形色色的神灵镇守，所谓“泥丸百节皆有神”、“凡人身中亦有三官六府，一百二十关节，三万六千神”。
《黄庭经》以传统医学脏象理论为框架，将《太平经》中的五脏神概念进一步发挥，“散化五行变万神”；从天人相应思想出发，对五脏六腑五官诸神作出命名，又推及全身，形成“三部八景神二十四真”的身神说系统。即将人体系统分为上、中、下三部，每部各有八景神镇守。上部八景神在人体上元宫中，中部八景神镇在人体中元宫中，下部八景神镇在人体下元宫中。
这些神灵在道书中被称之为身神，他不仅具有司掌所镇守的脏腑关窍生理功能的职能而且还司察，人间善恶，“人身行恶，身神亦奏之三宫；人身行善，则庆其仙品”，足见其法力巨大。修道者若能明了这些神灵各自的名号、服色、形象、职司等，虔诚地存思真神，与朱真交通，配合诵经、祝咒礼仪，外加叩齿、咽津、行炁等术，便能敢降外神，入镇体内，保固体内神灵真神，开生门，塞死户，调畅气机，安和五脏六腑，“咏之遍变升三天。千灾以消百病痊”。存思存神之术高深这，甚至可以招致仙官前来接引，飞升上清，消除死籍，列位仙班。
灵宝派是以信奉和传承洞玄灵宝部经而形成的一个道派，其产生时期与上清派大约同时。灵宝派所奉持的经典，比较早问世的《灵宝五符序》（即古之《灵宝经》）、《灵宝赤书五篇真文》以及《灵宝无量度人上品妙经》（简称《废人经》，此即今之《灵宝经》）最为重要。这一道派重视符箓科教、斋醮仪轨，但也重视摄生，提出“仙道贵生、无量度人”的主张。他们倡导通过宣传诵经的医疗养生效果来达到劝善度人之目的，这也是灵宝派借医弘道的一种方式。灵宝经典中有不少医药方面的内容，其中《太上灵宝芝草品》一卷就是专论灵芝草药的道教医学著作。
全书共收入127种灵芝草药。谓食之可以升仙。每种芝草附图一幅，并注明该药产地、形状、药性、功能等。他们对服食养生之术也颇感兴趣，今《道藏》所收《太上灵宝五符序》共有上、中、下三卷，内有一卷即卷中通篇记载的是各种服食养生、祛疾治病方，多达数十种，有不少还冠以“灵宝”之名。主要有“灵宝服食五芝之精”、“灵宝三天方”、“延年益寿神方”等。《灵宝五符序》和《灵宝赤书五篇真文》以传统医学的脏象系统为参照系，并以五方之帝灵匹配五色、五气、五星、无季，作为其理论的基本构架，阐明了古之灵宝派存思服气之术，诸如“仙人挹服五方诸天气经”、“太清五始法”、“食日月精之道”等等。
综上所述，道教上清派、灵宝派在其修炼理法的构建中都重视和发挥传统医学理论的作用，树立了道门借医弘扬道法的典范，对后世道教与医学关系的发展产生了深远的影响。其中上清派茅山宗的开创者陶弘景就继承了上清派借医弘道的传统，医道兼通，在道教和医学两个领域都卓有建树，成为南北朝时期集高道和名医医于一身的代表人物。
随着道教与传统医学关系的进一步密切。魏晋以来历代修道而兼通医术者层出不穷。同时在道教史和中国医学史这两个领域中都享有盛誉的道教医家也不乏其人，可谓代代有之。道教医学作为中国传统医学的一个流派正悄然崛起。魏晋南北朝时期较著名并且入列《古今图书集成·医部·医术名流列传》的道医有封君达、董奉、负局先生、葛仙公、鄞邵、蔡谟、殷仲堪、葛洪、许逊、徐熙、徐秋夫、羊欣、刘涓子、徐嗣伯、顾欢、徐骞、张远游等。此外，葛洪之妻鲍菇、上清派、茅山宗宗师陶弘景也精于针灸、医药和养生术；中国医学史上第一部制药专书——《雷公炮炙论》的作者雷斆也是一位道教医家。这些著名道教医家在传统医学史上占有一定的历史地位，下面我们结合这一时期部分著名的道教医家医学思想和医学成就分析这一时期道教医学发展的特色。
魏晋时期的著名医学家首推葛洪。葛洪，字稚川，自号抱朴子，丹阳句容人，，少年好神仙术。葛洪的从祖葛玄，自孝先，好神仙修炼之术，是东吴有名的道士，号葛仙公。曾师事左元放（左慈），受《太清》、《九鼎》、《金液》等丹经，又于天台、括苍、南岳、罗浮、阁皂诸名山修道，授炼丹秘术于弟子郑隐。由于葛洪“尤好神仙导养之法”，于是“洪就隐学，悉得其法焉”。后来葛洪在羁留广州期间，又曾“师事南海太守上党鲍玄”，“玄亦内学，逆占将来。见洪，深重之，以女（即鲍姑）妻洪。洪传玄业，兼宗练医术”。到了晚年，葛洪便隐居罗浮山，积极从事采药炼丹活动并著书不辍。
葛洪的医著甚多，除了专述养生服食方者外，其医学价值最高的首推《今匮玉函方》一百卷、《肘后备急方》三卷，现仅存《肘后备急方》一书。书中提出了一个重要的医学思想：即医生处方用药要以“价廉、简便、灵验”为原则，选择和实施医疗措施要力求“救急、方便、实用”的临床治疗学思想。这一颇有创意的治疗学思想，是以葛洪为代表的道教医家在继承《黄帝内经》、《伤寒杂病论》所尊定的一些治疗学原则，诸如辩证论治、调整阴阳、扶正祛邪、因势利导原则基础之上，在长期的济世行医实践活动中形成的。并且以其独创性极大的丰富了传统医学的治疗学思想。基于这中医学思想，葛洪在《肘后备急方》一书中所选载的方药多为民间常用的单方、验方，药味简单，便于采用。诸如常山治疟，麻黄治喘，良菪子治癫狂，海藻治瘿病（甲状腺病）、雄黄、朱砂治皮肤病等。像这样一类药物大都是乡野之间、沟旁篱下就能采集到的，不必病家花钱。即使有需要购买的，其价钱也是非常低廉而且容易购得，可为一般寻常百姓人家经济能力所承受。葛洪还在书中介绍了许多简单易行的外治法，如针法、灸法、角法（拔罐）、推拿、眩口、xiu鼻、热熨、蜡疗等。其文字通俗，叙述简练，所列针法、灸法不记穴位名称，只谈具体部位和分寸，使得一般文化水平不高的人也易掌握，有极强的实用性和可操作性。
葛洪作为一名道医，其对传统医学的融摄与创获不仅体现在他的医学思想方面，而且还体现在其具体的医学成就上。尤其是在对疾病的认识方面，葛洪取得了许多堪称世界一流的成果。在《肘后备急方》中，葛洪对伤寒、痢疾、时行、时气（流行性传染病）、瘟疫、疫疠（急性传染病），以及狂犬咬人（狂犬病）、骨蒸尸注（结核病）、丹毒病、沙虱病、马鼻疽、食物中毒等疾病都有相当深刻的认识和医学创见。例如，葛洪对天花的流行及发病症状的认识，是世界医学史亡公认的对天花这种急性传染病的症状及治疗方法的最早记载，它比阿拉伯医生雷撤斯对天花的描述早了五百年，在医学史上弥足珍贵。关于结核性传染病肺结核，葛洪已认识到这类病有极强的传染性，并称为“尸注”或“鬼注”。他明确指出患肺痨病的人“死后复传之旁人，乃至灭门”，因此告诫人们一旦患上此疾，应当及时隔离治疗。后世道教医家普遍重视对这类“尸注”、“鬼注”病的治疗，由此也创造了不少疗治尸注鬼注方。葛洪关于沙虱病（此病也叫“盖虫病”，是远东地区特有的一种地方性传染病）的认识也比日本的同类记载早了一千多年，在世界医学史上处于遥遥领先的地位。1930年，日本学者经过深入研究证实，正是葛洪所描述的这种沙虱的幼虫——红志蝴将寄生虫体内的病原体——东方立克次氏注入人体，从而引起了这种急性传染病。
值得一提的是，上个世纪70年代我国集中了以中医为主的研究人员意图攻克疾疟，这是一项有战略意义并且造福全人类的科研项目。他们从古代医学文献中筛选了大量治疟方，也包括葛洪《肘后备急方》所传的“青蒿”治疟方；但是，研究人员按常规加热法提取药物成分，发现临床疗效均不理想。后来，研究人员从葛洪著述中得到启发，《肘后备急方》卷三“治寒热诸疟方”所载：“又方：青蒿一握，以水一升渍，绞取汁，尽服之。”他们从“绞取汁”一句话中发现了，古人用仙药治病的玄机；因而，采用了提取药物成分的新方法，即运用低温方法而提取青蒿素成功，终于研制出比传统治疟良药奎宁更为有效的抗疟药物青蒿素。
葛洪作为一名道教史上金丹理论的集大成者，他在医药学领域内的创获还突出地表现在制药学领域。大家知道，道教金丹术（外丹）以金矿物为主要原料，用水火相继的方法人工炼制仙丹，虽然其目标是虚幻的，但它扩大了药物的来源和品种，提供了化学制药的技术和设备，客观上促进了化学制药的创始与发展，成为近代化学制药的先声。葛洪在长期的金丹实验和济世行医活动中，十分重视五金八石等矿物性药物和以此为主要原料炼制的丹药。他在《抱朴子内篇》卷11《仙药》中对一些矿物药物的药效还做了专门研究。不仅如此，葛洪在传统医学史上还率先将金石类无机药物和用化学方法合成的各种丹药应用于临床治疗中。例如以盐水用于霍乱、腹痛、伤寒、中风、胸膈上痰的引吐、疮疡伤口的清洗；水煮磐石渍足治猝死；炼矾石末贮囊置腋下治狐臭；以芒硝、大黄、生地黄汁合剂治“服食药过剂”者；以水银、胡粉、猪脂合药治疮疱。葛洪还在《抱朴子内篇》卷一七《登涉》中指出雄黄随身佩戴可以防蛇咬，并且“蛇若中人，以少许雄黄末内疮中，亦登时愈也”。
道教炼丹有一整套药物炼制、炮制方法，如飞、升、抽、伏、制、煅、点、灸、浇、研、封、养、淋、渍等等。这些方法对传统本草学的炮炙技术有深刻影响。刘宋时期道医雷斅系统总结了5世纪以前药物采集修治、加工炮制的经验知识，汲取了道教炼丹术的药物加工技法，撰写了中药史上第一部制药专书——《雷公炮炙论》，大大推进了传统制药学的发展。
如果说葛洪对传统医学的贡献主要是在治疗学领域的话，那么魏晋南北朝时期另一位著名道医陶弘景则主要是在药物学即本草学以及养生学领域著称于医史。陶弘景字通明，自号花样隐居。《梁书·陶弘景传》称陶弘景“性好著术”、“尤阴阳五行······医术本草”。陶弘景一生著术甚丰，著有《本草经集注》、《效验方》、《药总诀》、《补阙肘后百一方》、《养性延命录》、《养牛经》、《古今刀剑录》等多种著作，借多已散失。但其医学创获仍然可以从其所著的《本草经集注》残存本中窥见一二（本世纪初在敦煌石窟中发现《神农本草经集注》残卷，为研究陶弘景医学思想提供了珍贵资料）。《本草经集注》是陶弘景医药著作的代表作，是他在长期采药。用药实践基础上完成的。
自序云：“隐居先生在乎茅山岩领之上，以吐纳余暇颇游意方技，览本草药性以为尽圣人之心，故撰而论之。”大家知道，汉代《神农本草经》是我国药学史上第一次对药物进行较全面、系统的分类著录的本草学著作。自《神农本草经》问世之后，又陆续有《蔡邕本草》、《吴普本草》、《李当之药录》等新的本草著作面试。这些著作在《神农本草经》的基础之上，增加了魏晋以来所发现的新药，但其体例都不够系统，内容也比较简单，并且有许多失误。如同陶弘景所认为的：“或三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫兽无辨。且所主治，互有得失，医家不能备见。”因此，陶弘景下决心勘订整理本草著作。陶弘景经过艰苦努力，在认真整理和校订《神农本草经》365味药的基础上，又选了《明医别录》所载的365味药，共计730味药“精粗皆取，无复遗落，分别科条，匹畛物类，兼注铭时用土地所出，及仙经道术所须，并此序录，合为七卷。”《本草经集注》所收录的药物品种比《神农本草经》多了一倍，其内容包括药物炮炙和配制方法、诸病通用药、中毒解救法、服药后的毅忌、药物不宜入汤酒、药物畏恶等等七情和四季药物相使等，是对五世纪以前药物学的一次全面综合和总结。
《养性延命录》是陶弘景系统收集归纳前人养生理论和方法而撰集的一部分重要道教养生著作。陶弘景采集“上自农黄以来，下及魏晋之际”诸家养生精华，经过“删充繁芜，类聚篇题”而成《养性延命录》上下两卷。全书共六篇，分别冠以“教诫篇第一”、“食诫篇第二”、“杂诫忌禳祈害篇第三”、“服气疗病篇第四”、“导引按摩篇第五”、“欲女损益篇第六”等篇名。《养性延命录》在系统归纳总结前人养生经验的基础上，提出了一整套养生理论和方法，堪称魏晋之际道教医学养生学集大成著作。其中所收集、征引的魏晋以前的养生著作多达三十多种，内容十分丰富。特别是辑录了一些早已散佚的早期养生学著作，如晋代著名养生家张湛的《养生要集》，使其精华部分得以留存至今，泽被后世，弥足珍贵。
《养性延命录》不但具有版本学、文献学方面的价值，其所总结阐发的道教医学养生思想在道教医学养生发展史上具有承上启下的积极作用。主要有以下几个方面：
首先，认为养生既是修道。他从贵人重生的道教生命哲学观出发，反复论述了养生在修道德意义和必要性，强调养生与修道是统一的；指出“养生者慎勿失道，为道者慎勿失生。”必须做到“道与生相守，生与道相保。”这种将养生与修道视为一体的思想对道教影响甚深，为道教确立“生道合一”的基本教理奠定了基础。
其次，突出强调了“我命在我不在天”的积极预防养生思想。陶弘景认为人之天寿、性命长短操之在我。修道之人如果平时能加强身心修养，注重生活禁忌，善于运用各种手段、方法进行调理，就能使身心处于良好状态，防止疾患萌生。并探讨了具体的预防疾病措施，即对疾病的预防要从身心两个方面入手，综合的运用存神、服气、导引按摩、服饵、食疗、房中等手段。陶弘景所提炼出的一整套养生理论和方法，既是对以往道教养生经验和思想的概括和总结，也是为道教最终形成修性与修命病种（养神炼形，形神兼养）、动静结合、众术合修的医学养生模式打下了理论基石。唐代著名道医孙思邈就将上述养生大要刊载于他的医著之中，成为道门和社会奉行的养生的养生原则。
第三，讲求饮食卫生、起居宜禁的养生思想。陶弘景云：“百病横夭，多由饮食，饮食之患过于声色。声色可绝之逾年，饮食不可废之一日。为益亦多，为患亦切。”即认为合理调配饮食有益身心健康，而暴饮暴食则损人年命。“食诫”篇还阐述饮食卫生之道，诸如“食不欲饱”、“食毕当行”、“饱食勿大语”，谨和酸、咸、甘、苦、辛五味等等。陶弘景继承道门重养生禁忌的思想，认为之所以会伤生，主要是不知宜禁，过用而伤生。故在《杂诫忌禳害祈善篇》中对日常生活起居养生禁忌作了比较全面阐述，云：“久视伤血，久卧伤气，久立伤骨，久行伤筋，久坐伤肉。凡远思强健伤人，优忿悲哀伤人，喜乐过差伤人，忿怒不解伤人，汲汲所愿伤人，戚戚所患伤人，寒热失节伤人，阴阳不交伤人。”这些观点为唐孙思邈所继承，并得到后世养生家所重视。
此外，《养性延命录》中还有丰富的“服气疗病”治疗学思想以及“御女损益”性医学思想。
魏晋南北朝时期，传统医学不仅在治疗学、药物学方面，而且在针灸、外科学领域也取得了长足进步。在这方面，道教医家也做出了积极贡献。其中在针灸学领域，出现了我国历史上第一位女针灸学家——鲍姑。鲍姑，名潜光，葛洪之妻。《鲍姑传》云：“鲍姑者，南海太守鲍靓之女，晋散骑常侍葛洪之妻。”鲍姑擅长灸法，行医济世足迹遍及南海、番禺、博罗、广州、惠州等地，其事迹当地方志多有记载。鲍姑善用越秀出产的红脚艾治疗赘瘤与赘淀，“效如桴鼓”。
在外科领域，晋末出现了我国现存的第一部外科专著——《刘涓子鬼遗方》，又称《刘涓子治痈疽神仙遗论》。该书为南北朝时齐龚庆宣传集是一部专论因服石而产生痈疽的诊断治疗方书。众所周知，魏晋时期道教长生成仙思想在社会各阶层产生了广泛的影响，魏晋时期社会上掀起了一股服石之风。所谓服石，是服用食药制成的药剂，当时士大夫阶层中最流行的是五行散，即将“石钟乳、硫磺、白石英、紫石英、赤石脂等五种矿物药研成粉末作散剂服用。因服后身体烦热，必须”寒衣、寒饮、寒食、寒卧、极寒益善”，所以又称“寒石散”。服石过量不仅会引起身体“喜寒”的异常反应，而且会诱发各种“石发”、“散发”之类的毒性石证，在临床上表现为发烧，生大痈疽、全身溃烂、神志癫狂等证候。晋代医家皇甫谧也曾热衷于服食术。
魏晋南北朝时期，随着道教与医学关系的日趋紧密，道教医家已经成为推动传统医学向前发展的一支重要力量。关于这一点，我们还可以从道医对当时徐氏医学世家的影响上清楚的看出来。据《南史》卷三十二《张邵传》及《北史》卷九十《徐骞传》等史书记载，在南北朝时期，浙江一带出现了我国医学史上一个著名的医学世家。在这个家族中，自徐熙以下至徐之才，供出了六、七十代十多位载誉史册的名医。徐氏医学世家的道教医学色彩相当浓厚。第四代传人徐骞身上也表现出得十分明显，据《北史》卷九十《徐骞传》记载，徐骞，自成伯，与兄文伯皆善医药，能为人隔幕把脉诊疾，受到魏高祖器重。成伯擅长道教法术，常自制道符吞服疗疾，“年垂八十而鬓发不白”。成伯还“欲为孝文合金丹，致延年法，乃人居嵩高······历岁无所成，遂罢”。这些都毋庸置疑的表明了道教医学对徐氏医学世家的深刻影响。
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