《无问西东》通过四个清华学生在大约100年间的遭遇，想要描绘复杂的人性，可是却漏洞百出。
故事从现代讲起，一个叫张果果的清华毕业生表面上迫于顶头上司的压力，不惜出卖公司利益，让其（广告）公司丢掉了一个大单，而这个清华毕业的精英却罔顾竞业禁止的行规，离职后进入了对头的广告公司担任了高管。
张果果的故事铺开后，镜头转到了第二个清华学生。这段故事发生在1962年，清华物理系高材生陈鹏暗恋中学同学王敏佳(这一段其实有很大的漏洞，第一，来自云南乡下的陈鹏没有理由与身在北京的王敏佳成为中学同学)，王敏佳此时在一家医院的药房工作，他们二人的另一个中学同学李想是这一所医院很出色的年轻医生。三人结伴去探望他们最敬重的中学教师，恰好看到老师被妻子在光天化日之下扇耳光……
王敏佳十分不忿，就联合同院的李想用信纸蒙在处方单“拓”出了一封信。但这封“一逗到底”的信却被精明的师母识破，师母闹到医院，因为王敏佳还虚构了一个小学时代与主席的合影而被批判，进而被愤怒的师母煽动开批斗会的人给“打死”了。
接着第三个清华学生上场了，这个人叫沈光耀，出身广东富商家庭，还是一个独生子，品学兼优、颜值一流、心地善良还会武术。这样一个人最后投笔从戎，当上了一名战斗机飞行员。
接着是第四位清华学生上场，这段故事发生在1923年，主人公叫吴岭澜。吴岭澜的国文和英文都是满分，数学零分，但他偏偏想要读对数学成绩要求很高的工科，心结在于他并没有想好今后的路应该怎么走，只是本能的认为学生就应该学到最好，什么不懂就一定要学好。后来听了一次泰戈尔的讲演，他决定读哲学，后来成为了清华的哲学教授。
连接这四个故事线索是这样的——吴岭澜是沈光耀西南联大的哲学老师，陈鹏是沈光耀空投食物救助的孤儿，张果果的父母是被李想在边疆支边时救活的，没有李想就没有后来的张果果。
前面的人物关系交代完后，镜头回到1962年。原本暗恋王敏佳的陈鹏以“有人需要照顾”为由，拒绝了校方将其安排在地处大西北的原子弹研究所，选择留在北京工作。但碰巧看到王敏佳为了给李想练习针灸，伸出裸露的胳膊让李想抓着的景象。陈鹏误会王敏佳与李想的关系，失魂落魄的回到学校，和校长说已经没有人需要照顾了，要求去条件艰苦的大西北工作。
人还没离开北京，突然心灵感应，请了假一路飞奔到了批斗王敏佳的现场，结果参与批斗的人以为王敏佳被失手打死，况且原本晴朗的天空突降暴雨（此处有剽窃《窦娥冤》之嫌）已经一哄而散。陈鹏背着“尸体”来到一处荒郊野外，挖好坑准备将王敏佳埋葬时，王敏佳却意外的醒了过来。陈鹏不远好几千公里将王敏佳带回了自己在云南大山里的家。这里虽然很贫困，但却像是一个世外桃源，村民大多是当年被沈光耀从战斗机座舱里空投下来的馒头救活的孤儿（这一段很扯淡，战斗机的座舱能放得下那么多食品？）。很难解释这个村子的情况，成年人都是怎么死亡或者失踪的。在沈光耀故事发生的时段（1938年），云南算是大后方，日本鬼子很少对云南进行轰炸。村里唯一的一个成年人是一名传教士，一个高尚的人、纯粹的人、脱离了低级趣味的人。这名传教士每天饿着肚子教会了孩子们唱弥撒曲和多声部的合唱，几十年后，村民们仍然可以唱出那天籁般的声音……
根据本片的逻辑，传教士显然还担起教导孩子们文化的责任，而考进清华大学的陈鹏就是其中的佼佼者。
安顿好了王敏佳，陈鹏就奔赴了大西北。而那位善良正义的沈光耀同学在击落一个一场空战连续击落八架国军战斗机的日军超级王牌的飞行员后，毅然驾机撞沉了长江上的日舰。国军空军的确不乏勇士，驾机撞机和撞舰殉国的都有。这一段的bug在于整个人类空战史，迄今还没有一个飞行员能够在一场空战中击落八架飞机的记录。因为战斗机的作战半径有限，航程有限，留空时间有限。历史上一场空战击落最多飞机的记录是巴基斯坦人用米格21击落四驾印军的美式佩刀战机。但那是一个巧合，印军的一个中队在米格21的射程内转圈，而米21的航炮刚好从最大射程开火，直到打完全部炮弹，正好将这一个中队全部击落。巴基斯坦的这位飞行员后来好像还当上巴空军的司令员。
当代的张果果或者是出于良心发现，救助一家四胞胎，这里面也有bug，没听说过县城、省城的医院不能接生四胞胎要到北京住院的。
1964年，原子弹爆炸成功了。饱受核辐射的陈鹏（火车上的陈鹏戴了一顶帽子，帽子摘下来的时候，头发一把一把的掉）回到云南老家，可这个时候村子里贴满了二年后才有的标语和大字&报，村里的人又统统失踪了，当然王敏佳也不知所终……
这部电影不但历史事实上的漏洞很多，逻辑上更是无法自圆其说。
如果说，编导想要通过王敏佳的“死”揭示人性的恶，那么导致王敏佳“死亡”的师母又为什么一回到家就投井自杀了呢？想要通过张果果对四胞胎家庭的救助来展现人性的善，为什么张果果又始终对四胞胎家庭显出那么厌恶呢？
或者，编导其实就是想通过各种扭曲的人性的描写，来展现人性的复杂？殊不知这正是中国现今编导圈里假情怀的真实表现。
片中泰戈尔在清华的演讲中有一句话：我至诚恳求你们，不要走错路，不要徨惑，不要忘记你们的真心和真性。这句话显然是编导作为整个影片中的点睛之笔使用的。可是九哥在这部影片中既没有看到真心，也没有看到真性，缺乏了真实的历史事实还会有真心和真性吗？
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