清末，新疆吏治之腐败甲于全国，官员无不横征暴敛，至1912年杨增新就任新疆都督兼布政使时，治理新疆的思想已经形成，面对外敌侵略、内忧频仍的局势，认为吏治腐败是政局不稳的主要祸根，且新疆不同于内陆诸省，须无为而治与民休养生息，因而维持祖国边境完整与地方安定为第一要务。其施政举措大致如下：
杨增新与僚属
（一）整肃官场，奖廉惩贪
辛亥革命后，杨增新主政新疆仍就任用前清旧官吏，且有北洋政府派遣的许多候补官等待补缺，杨增新多次呈请停止派遣官吏或候补官，部分候补官发放路费回原籍，部分劝令弃政经商自谋生计，这样全省官员任免皆由杨增新决断。
清代新疆官员
杨增新对官吏高薪优遇但不纵容，使官吏有足够钱财养家糊口，同时鼓励民众揭发控告贪污失职不法行径，严惩肆意克剥百姓亏空公款，如喀什道12个县知事中因亏空公款惩办11人，又鼓励官吏廉洁奉公，如库车县知事桂芬、鄯善县知事张衔耀都受到杨增新的嘉奖，且于1916年7月成立政治研究所，招收部分卸任或候补知事集中学习，设外交、财政、警察、实业、法律、算学六门课，至1919年7月底毕业合格者先后委任官职；为加强对地方官吏的监督考察，杨增新于1916年底通令各县知事逐年汇报政绩，令各道尹对辖下各县知事考评划分等级，进行奖励或惩处。
新疆民众
此外清代官衙常设跑腿通报的门丁，类似官衙雇佣看门的“保安”，百姓或僚属见长官必先以红包赠门丁，否则就敷衍塞责拒不通报，这也成为某些官员串通门丁捞取好处的诀窍，而且门丁多与官衙书吏、基层乡约勾结，欺骗长官压榨凌辱百姓。有鉴于此，杨增新于1915年通令各州官道尹衙门不准任用门丁，各县衙门也慎用或不用门丁。
清代衙门
杨增新不仅要求汉官革除旧习外，还时常规劝蒙古、维吾尔等王公贵族、头人减轻属民之负担，取得了很多实际效果，较之于清代统治时期进步甚多，使新疆百姓得以休养生息，对社会安定起到一定的作用。
（二）革除地方买卖乡约、阿訇
当时地方官受贿贩售乡约、阿訇凭证较为频繁，许多基层乡约借官府之名作恶多端，阿訇以官府验放凭证屡屡制造宗教纠纷，地方官收受贿赂不能秉公执法，成为南疆百姓屡受欺压掠夺的通病。
南疆掠影
杨增新取消南疆伯克制改为乡约，集体公有土地仍由乡约管理，当时北洋政府命令取消乡约占用土地，杨增新奏请予以保留作为自给自足的耕地，以免乡约因支用不足骚扰百姓，又于1915年通令由县知事任命乡约，规定任命乡约任期为二年，任命程序只收纸笔费6两，除此一律不准另行收费，任内公正勤廉者可连选连任，但任期至多不得超过6年，违法者经省长核实即革职且永不录用。
新疆民众
1919年，杨增新指出验放阿訇较卖放乡约流弊更甚，知事不仅收受贿赂且介入教民争端，小则造成官府与百姓的矛盾，大则造成地方上的动乱，故而下令严禁官府插手阿訇的任免事宜。
（三）废除盘剥、苛捐、重复税务
当时新疆各县官府设有社仓，以备灾荒年借粮给百姓以资接济，虽有官吏借机从中盘剥，百姓春季借粮时只发放应借量的80%，秋季还粮时则需还应借量的120%，其中凭空多出40%的盘剥。杨增新接到百姓告状，通令各官府严惩不贷，并革除征收粮赋时诸多舞弊，鼓励民间告发任意摊派和征收粮食、柴草、煤炭、车马等事，一经查实即从严惩办。
旧照掠影
地方官常借赈济贫民、补助公款等事，任意向民间勒索捐款，这些捐款经过官府、士绅之手轮转，被一层层的克扣以致所剩无几，实际领到赈济的贫民少之又少。杨增新认为这种捐款“全无益于贫民，徒饱官绅之私囊”，于1914年2月7日明令禁止。
地方集市
库车县斗行负责征收粮税，凡有百姓向集市运送粮食则记簿收税，但是许多人的粮食未必能一次就卖完，等到下次到集市贩粮时，上次剩余的粮食便要重复收税，因此引起民众的不满。杨增新知悉后以为“民以食为天”，此等重复收税扰乱粮食市场的行为，对于地方来说“扰民极大”，遂于1915年底命令库车县知事桂芬取消斗行收税权。
（四）禁止地方官投机买卖
南疆各地自古以来养蚕之风甚盛，民间不懂收养蚕子的技术，每年需向别处购买蚕子，很多地方官就购买外国蚕子转售，购入时每匣不到一两，转卖给民众时每匣高达五六两。杨增新痛斥这些官吏是“假兴利之名，而为罔利之实”，遂于1915年5月明令禁止政府投机转售，任由民间自行购买，停办各官府以管理桑业而设的各种投机机构，蚕丝税收的旧弊也同时革除。
新疆旧貌
另外，尉黎县知事强迫民间低价交售羊毛，高价转售从中牟利，且收购羊毛时额外加征“鞋脚钱”，遭到杨增新严厉斥责，于1914年指令禁止此类行为，由民间自行买卖，同时对新疆各地方借修渠、垦荒、开矿等名义勒索百姓之事，也都遭到严厉禁止。
新疆旧貌
从实施效果来看，各地官吏的贪鄙十分顽固，经常以其他形式盘剥压榨百姓，始终无法禁绝弊端，但是杨增新的各项通令、禁令也产生了一定的效果，对新疆的秩序安定具有重要作用，十数年来，民众免受战乱之苦，得以在相对稳定的环境中休养生息。
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