本教程环境为Ubuntu16.04 x64

最好有管理员权限，没权限找管理员帮忙。用Docker运行所有流程的成功率高，几乎是万能的，简单高效，不存在环境变量污染和版本冲突的问题，是复杂分析项目非常好的解决方案。

Docker 基本使用

安装Docker

# 安装Dockersudo apt-get install docker.io# 启动Docker服务service docker start # select 1, using passwd yyf......# 关闭Docker服务service docker stop# 配置权限，添加用户至docker组即可user=test # 设置用户名为yongxingroupadd dockersudo usermod -aG docker ${USER}# 查看docker运行信息docker info

下载镜像

# 搜索镜像：镜像的名字通常由用户名/镜像名构成,无用户名的为官方认证镜像docker search ubuntu# 获取镜像docker pull ubuntu # ubuntu latest 16.04# 查看本机Docker中存在的镜像 docker images# 查看镜像的历史编辑信息docker history ubuntu

运行镜像

# 可以查看这个命令的参数docker run --help# 创建容器，命名容器名ubuntu，互动标准输入i和分配新命令行t。i: --interactive Keep STDIN open even if not attached; t: --tty Allocate a pseudo-TTYdocker run --name=ubuntu -it ubuntuapt-get updateapt-get install lessapt-get install htopbash --version # 4.3.48perl -v # 5.22.1apt-get install r-base # depended on pythonR --version # 3.2.3 (2015-12-10)python --version # 2.7.12# 内部退出容器exit # 或Ctrl+D# 查看容器列表docker ps -a|less -S # 查看所有container# 启动退出容器(ID/Names)docker start ubuntu# 进入运行容器docker attach ubuntuexit # 退出终端和容器# 保存容器至镜像## a作者,m描述(am可不添)，容器，镜像(用户/镜像:版本)docker commit -a liuyongxin -m 'Add r-base' ubuntu liuyongxin/ubuntu16:0.01# 导出容器至文件docker export ubuntu -o ubuntu.tar# 导入容器文件为镜像docker import ubuntu.tar liuyongxin/ubuntu16:latest# 删除退出容器及挂载目录链接docker rm -v ubuntu# 后台运行imagesdocker run --name=ubuntu -itd liuyongxin/ubuntu16 /bin/bash  # 外部退出容器docker stop ubuntu# 批量退出容器docker stop $(docker ps -a -q)# 批量删除退出的容器docker rm -v $(docker ps -a -q -f status=exited)# 移除镜像docker rmi liuyongxin/ubuntu16# 移除全部镜像docker rmi $(docker images -q)# 只对某目录数据处理：打开镜像并挂载目录工作，退出自动删除容器# rm退出删除容器,v挂载yongxing至home，容器名，打开命令行docker run --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=ubuntu -it liuyongxin/ubuntu16:0.01

上传镜像

我们需要现在Docker hub注册账号
Username:liuyongxin
Email: liuyongxin@163.com
Password：xxx……

docker login # 按提示输入用户名、密码。登录成功会返回Login Succeededdocker push liuyongxin/ubuntu16docker rmi liuyongxin/ubuntu16 # 如果本地不再使用且想清理空间，可移除镜像

使用别人配置的QIIME docker

# 在docker库中检索docker search qiime# 下载需要的dockerdocker pull yoshikiv/basespace-qiime-191-dev# 查看本地的qiime dockerdocker images|grep 'qiime'# 运行docker，加载工作目录，退出自动移除docker run  --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=qiime -it yoshikiv/basespace-qiime-191-dev

增强docker qiime的高级绘图功能，选用

# install ggplot2 ggtree for RRsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(c("ggtree","ggplot2","colorspace"))

实例：使用docker中的QIIME绘制alpha rarefraction曲线

docker run --rm -v `pwd`:/home --name=qiime yoshikiv/basespace-qiime-191-dev make_rarefaction_plots.py -i home/${result}/a_collated/ -m home/doc/design_rare.txt -o home/result

Reference

http://mp.weixin.qq.com/s/HLHiWMLaWtB7SOJe_jP3mA

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