美国强化驻日美军基地地位
尽管驻日美军基地在美日关系方面引发了诸多矛盾，但美军绝不可能撤出驻日基地，即使是改建或缩减也只能控制在“可容忍”的范围内。驻日美军基地不仅是美国在二战后对日实施军事占领的延续，更是当前国家全球战略的重要基石。对于美国而言，军事存在和部署无疑是政治、经济、外交和文化等控制手段之后的“终极手段”，也是其他各种手段赖以实施的根本保障。正所谓“真理只存在于大炮射程之内”，几万名配备了高科技武器装备的美军部队，无疑是最有效的威慑力量。
事实上，在9·11 恐怖袭击事件发生后，布什政府对全球战略进行了调整，以有效应付美国国家利益在世界各地可能面临的安全威胁。在海外驻军方面，美国在减少驻欧洲基地兵力的同时，增强了在东亚地区的军事部署。特别是在2006 年5 月，美日双方就驻日美军的整编问题最终达成协议，内容包括推动实现驻日美军和日本自卫队的军事指挥一体化，将日本改造成为美国在东亚地区的战略据点。
为此，美国将位于华盛顿州的美军第1 军司令部迁至日本座间基地，并在该基地新建日本陆上自卫队中央快反部队司令部，组建“美日统合作战司令部”；日本航空自卫队航空总队司令部转移至美军横田基地，并新建“日美联合运用协调中心”。加上横须贺基地的美日海上作战一体化指挥职能，日本自卫队已被完全纳入美军的指挥体系。这意味着日本将不可避免被卷入美军在亚太地区的军事行动，驻日美军基地的地位将不断得到强化。
日本无奈接受美国军事控制的现实
几十年来，日本在外交上基本是“惟美国马首是瞻”，缺乏正常国家应有的独立性。尽管驻日美军基地问题在日本国内多次引起轩然大波，但包括执政党和最大在野党在内的大多数日本政治势力还是采取了容忍甚至支持驻日美军基地存在的立场。很多日本政界人士承认，日美同盟和驻日美军基地维护了日本的安全和繁荣。这些人将日美同盟的稳定视为国家安全的基石，认为触动驻日美军基地问题将动摇日美关系的根基。他们甚至认为，如果没有驻日美军基地的存在，日本将无法独立维持在亚太地区的战略优势，因此日本只能在基地问题上做出让步。
实践中，日本政府通过为美军基地所在的地方政府和居民提供财政补助以及支付基地使用费等措施，努力将美军基地与日本地方经济和民众生活联成一体。目前，驻日美军基地已成为日本一些地区经济发展的重要依靠。以美军基地数量最多的日本冲绳县为例，如果美军全部撤走，冲绳将会陷入严重的经济危机。这是因为冲绳县政府预算中有一半来自于日本政府支付的建立美军基地补偿费，并且由此创造了8800 个基地后勤等就业岗位。
在冲绳县的经济总产值中，美军基地产生的经济效益所占比例达到38.5%。在驻冲绳美军基地的商业街上，有很多正宗的美国货在出售，有些甚至是基地的军用物资。这些物品很受日本本国和外国游客的欢迎，也刺激了当地的贸易和旅游业的发展。因此，有学者将冲绳的经济模式称为“基地经济”，即日本民众被迫接受政府的妥协，面对美军基地存在的现实，当地人自然而然地对基地产生了一定程度的依赖性。
驻日美军基地未来战略态势根据美军“空海一体战”理论，驻日美军基地在战时将被赋予两项重要职能：一是抗打，即承受住对手的“第一波打击”，并且尽可能多地保存有生力量；二是反击，即作为实施大规模空海一体反攻行动的前沿阵地。为此，美国将对驻日美军基地进行进一步调整。
驻日美军最引人注目的外迁计划，莫过于驻冲绳的海军陆战队部分兵力转移至关岛。作为美军扩展战略的重要内容，为实现美军在亚太地区战略部署的分散性、作战运用的抗毁性以及政治上的可持续性，根据日美达成的协议，美国海军陆战队第3 远征部队的8000 名官兵将有4700 人从冲绳转移到关岛，其余3300 人将暂时调至夏威夷、菲律宾和澳大利亚进行轮流驻扎。日本共同社评论称，这是因为美国认为冲绳靠近中国，在突发情况下有可能遭到中国导弹和海空军力量的毁灭性打击。
驻日美军的空中作战能力将得到进一步加强。根据日本防卫白皮书的信息，美军已计划将F-35A 战机部署在驻日美军基地，F-22A 战机也正以轮换的方式定期部署到日本。如果亚太地区其他国家的第四代战机不能及时装备部队，美军新型战机入驻日本，将会打破该地区空中力量的平衡。与此同时，驻日美军基地的导弹防御能力也将得到强化。根据美日导弹防御计划，将在日本建立双重防御体系：一是向日本海调遣装备有反导系统的“宙斯盾”级护卫舰；二是在日本本土部署PAC-3“爱国者”反导导弹。由此可见，日本在接受美国军事保护的同时，也将更深地陷入美国的军事控制之中。
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