对于我们的祖先来说，有两件事情是至关重要的。一是，民以食为天，农业生产对于祖先而言是生活中的头等大事（成语“江山社稷”就是证明），农业和什么关系最密切，显然就是自然气候，所以他们需要从观察到的自然现象中总结出一些规律，形成一套理论体系来指导农牧业生产。二是，养生和疾病的治疗。我们知道健康和疾病以及农牧业生产涉及到许多方面的知识，而首要的却是气候知识。地球气候的变化和什么最密切相关，当然是地球绕太阳公转的位置，这显然就涉及天文历法，然后就是地球的气候变化规律、还有就是万物的生长规律、人体的工作原理等等。这些规律都需要祖先去解释，祖先需要了解这些规律以便服务于农牧业和疾病的预防治疗。要回答这些问题，祖先必然要先回答这样一串问题：自然由什么构成，生命的规律是什么，地面气候的变化规律怎样，解释为什么会出现一年四（五）季的气候的规律变化；为什么会刮风、会下雨、气候为什么有时候会干燥、有时候却潮湿、有时候天气炎热、有时候却天寒地冻；植物为什么会开花结果、草木为什么会春生、夏长、秋收、冬藏等等。这些问题有些我们现代科学知识也不能够回答清楚，但是我们祖先的圣贤们还是用他们的理论体系，用他们的语言体系来解释这些现象。他们最早通过“立竿见影”的方法来“以正农时”，发现了太极图，这就是我们的祖先创立“阴阳”、“五行”、“五运六气”这些概念的由来，所以从根本上来说“阴阳五行”都是科学名词，是祖先描述自然规律，解释自然现象的名词。古代的“圣人”要向普通百姓解释自然现象，描述自然规律，就像我们现在普及科学知识一样。“阴阳”
通过对自然万物的观察、分析、归类、推理，《黄帝内经》的作者认识到自然万物并不是神创造的。既然不是神创造的万物，那么自然由什么构成呢？万物是怎么来的呢？所以，他们必定会依照他们当时的科技水平，用当时人们可以理解的方式来解释这些问题。前面我们在叙述“阴阳”的现代解读的时候，说过我们的祖先通过对日月等事物的观察、分析出万物、自然是由阴阳两者构成，即我们现代语言的物质和能量。那么物质和能量又从哪里来呢？我们的祖先认为阴阳来自于虚无，虚无再产生一个阴阳合一的东西。即无极而生太极、太极生两仪…，两仪即阴阳。无独有偶，现代科学也认为：我们现在的宇宙是起源于一个极高温度和极高密度的奇点，这个奇点后来发生了一次爆炸，随后温度逐步降低，物质的密度也逐步减少，最后形成了我们现在的宇宙（注意，现在流行的“宇宙大爆炸”理论是根据一些已有的现象而创立的一个分析推理的结果，是一个假设，是无法用我们现代所谓的实证科学来重复验证的，是不符合“科学斗士”所谓可以重复才是科学的定义的）。
自然是由阴阳两者构成回答了自然是怎么构成的。地球是如何形成的呢？生命是如何诞生的呢？万物是如何形成的呢？我们有盘古开天地、女娲造人的神化传说，认为是盘古创造了自然万物，女娲创造了人类。但是并不是所有的我们祖先都这么认为，至少《黄帝内经》的作者他们不是这么认为的。他们认为是物质和能量（阴阳）的相互作用、是四（五）季的寒暑变化创造了万物，创造生命，他们认为“人以天地之气生，以四时之法成”。所以，《黄帝内经》说：“拘于鬼神者，不可与言至德”。因为，迷信鬼神者是不会相信自然创造人，是不会相信治病要按照人体的规律办事的，也就不会相信医术了，他们认为生病是鬼神在作怪。
所以从本质上讲，“阴阳”、“五运六气”是祖先为了解释气候规律以及生命现象而建立起来的一套理论模型，用它基本上可以解释和预测六十年内中原大地的气候变化，也可以解释万物的生长变化的差异，以及不同气候条件下人们疾病的特点。再加上“气血”、“精、液”、“五脏六腑”等概念，祖先就用它们来解释人体的工作原理、人体疾病产生的原因。
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