远古时期的类人猿就像其他动物一样，全球分布着很多的种类，但是真正进化成现代人的只有那一种——非洲智人，而不是白人、黑人和黄种人各自一种祖先进化而来。
据古人类学的研究，３００万年前的东非猿人是人类的直系祖先。人类发展的历史可分为南方古猿(东非人，420万年-100万年前)、能人(200万年-150万年前)、直立人(200万年-20万年前)和智人(20万年-1万年前)四个阶段。自1924年在非洲找到首个幼年南猿头骨以来的70余年，在非洲发现了一系列的人类化石，这一系列的化石构成了一个相当完整的体系。相比之下，亚洲出土的化石很难与之相提并论。在基因科学帮助下，大部分古人类学家都认为人类起源于非洲的可能性较大。
追溯到1000万年前的地球，各种哺乳动物迅速繁衍，大陆板块开始像今天的格局变化。非洲大陆在巨大的力量压迫下断裂开来，东非大裂谷正在形成，而东面则是高原和大海，大裂谷绵延数千公里，成为了不可逾越的阻碍，峡谷两边的生命将向两个迥然不同的方向发展，幸存下来的灵长类被分成了两派，丛林派和热带草原派。由于气候环境的变化，大峡谷一边的丛林逐渐消失，野兽遍地的大草原绵延数千里，灵长类面临着要么下树，要么饿死的命运，但生存本能战胜了恐惧，生活的苦难促成了这次重大的进化。
在非洲草原上，四肢着地让灵长类无法辨别方向，因此必须用后腿站立起来以便能看得更远，就这样，两足动物诞生了，由此他已经不再属于灵长类，他的名字从“能人”逐渐进化为“直立人”。非洲之所以最早诞生直立行走的古人类，也得益于其独特的地理环境和气候——非洲大草原和热带草原气候。直立人沿着尼罗河开始迁徙，最终遍布欧亚非大陆。
近些年基因科学的发展，特别是人类基因的破译，直立人（包括丹尼索瓦人、尼安德特人、中国出土的元谋人和北京人）并非现代人类的直系祖先，他们被后来崛起的智人（现代人直系祖先）走出非洲后灭绝了，也可以理解为被杀戮与杂交融合。中国出土的各类原始人化石均为直立人，而直立人的起源，大多古人类学者认为也是起源于非洲，从非洲迁徙至欧亚大陆。
丹尼索瓦人、尼安德特人、智人三者虽然同源于非洲，但三者又存在着一定差异（包括面貌、生活方式、群体组织形式）。他们曾经的某个时期，同时生活在地球上，但是最终智人在物竞天择下淘汰了其他人种。丹尼索瓦人灭亡的原因和表亲尼安德特人一样，是在与智人的竞争中衰败所致，而最终走向灭绝。尼安德特人和丹尼索瓦人都是与现代人亲缘关系最近的已经灭绝的远古人类，现代的基因技术已经能够帮助科学家确定丹尼索瓦人、尼安德特人和现代人之间的关系。德国马普研究所的斯文特·帕玻博士说：“利用基因技术，能够发现对现代人类文化和科技发展至关重要的遗传变化。这些变化促使现代人（智人）从大约10万年前开始离开非洲，迅速分散到世界各地。
基因测序证据还表明现代人类直系祖先（非洲智人）与尼安德特人曾进行过杂交，除非洲以外的所有人类的DNA有1.5%-2.1%的本源是尼安德特人。同样，科学家也发现了让他们震撼的事实，那就是亚洲大陆、美洲印第安人的DNA有0.2%的本源来自丹尼索瓦人。
靠这0.2%的DNA能否证明人类曾与丹尼索瓦人交配呢？研究人员在美拉尼西亚人身上也发现了丹尼索瓦人的痕迹。美拉尼西亚岛群位于澳大利亚北部和东部，其中包括新几内亚岛。科学家进一步发现生活在大洋洲的巴布亚新几内亚和澳大利亚土著，约有4%的DNA来自于丹尼索瓦人。这说明丹尼索瓦人曾与美拉尼西亚人的祖先通婚。
人类进化史上最迷人的奥秘之一，莫过于在欧洲繁衍数万年的尼安德特人的命运了。尼安德特人是人类进化史上一个极其重要的阶段，他们已经极为接近现代人，广泛分布在欧亚的大部分地区。然而最终却未能进化成现代人，而是突然消失，成为人类学至今还在破解的谜团。尼安德特人是现代欧洲人祖先的近亲，从12万年前开始，他们统治着整个欧洲、亚洲西部以及非洲北部。但是，4万年以前，现代人类（非洲智人）从发源地东非开始迁徙，横扫了欧洲大陆。考古学家发现，在现代人类占据了欧洲以后，尼安德特人开始全面撤退，进入南欧的“避难所”，例如西班牙和葡萄牙，然后在那里走向灭绝。
尼安德特人有的住在洞穴，有的扎营而居，大多居住在靠近动物迁徙的 路线附近，以保证充足的肉食供应。此外他们还捕鸟、捕鱼。他们已懂得如何取火、制作兽衣，而且他们已有了审美观。他们知道照顾病人和弱者，知道埋葬死人。因此，他们可能有某种形式的宗教信仰。
2010年，尼安德特人基因组草图发布，也基于尼安德特人基因组草图，研究结发现，除非洲人之外的欧亚大陆现代人均有1%～4%的尼安德特人基因成分贡献。2015年，在《自然》杂志上发表的文章称：古DNA研究揭示，一名欧洲早期现代人的曾曾曾祖与尼安德特人“混血”。这个约4万年前的欧洲现代人基因中含有6%～9%左右的尼安德特人基因”，这大大超出了人们原有的认识。
2017年，3月3日美国《科学》杂志3日发表题为《中国许昌出土晚更新世古人类头骨研究》论文称，人类演化研究取得突破性进展：10多万年前生活在河南省许昌市灵井遗址的“许昌人”，可能是中国境内古老人类和欧洲尼安德特人的后代。
在2010年时在南西伯利亚阿尔泰山中的丹尼索瓦洞穴中挖掘出的某根指骨中的碎块和2颗磨牙。随后科学家破译出丹尼索瓦人基因组的完整序列，从而为这些古老的人类——他们与年的特人密切相关——与现代人之间的关系提供了线索。
丹尼索瓦人曾四处游荡，不仅曾与尼安德特人和生活在亚洲地区的现代人类祖先杂交，基因组数据表明，他们还曾与另一种在3万多年前生活在亚洲地区的神秘人种发生过杂交。
研究人员将该丹尼索瓦人基因组与全世界各地的几种现代人的基因组进行了比较。例如，丹尼索瓦人与巴布亚新几内亚人有着比任何其他研究过的现有人群更多的相同基因。此外，在亚洲和南美洲所发现的丹尼索瓦人的等位基因要多于在欧洲人群中发现的等位基因，但这可能反映了现代人与丹尼索瓦人之间的杂处繁殖。丹尼索瓦人不仅存在了和现代人类拥有的黝黑皮肤、棕色头发和棕色眼睛有关的基因，牛津大学与普利茅斯大学研究人员还发现，和尼安德特人一样，丹尼索瓦人体内的病毒也遗传给了现代人类D。这些古代病毒是内源性逆转录病毒（ERVs），属于HML2病毒一系。
综合考古化石证据，我们可以明白丹尼索瓦人的演化史：30万年前，丹尼索瓦人与原始尼安德特相分化，28万年前，他们到达东亚——辽宁金牛山地区。经过8万年的生存斗争，他们淘汰了本土的北京直立人，成为了东北亚地区唯一的人类居民。之后他们在中华大地上反复迁徙，最终在2-3万年前非洲智人到达东亚后，他们最终消失在西伯利亚平原。
2013年，科学家通过分析一块在西班牙发掘出来的40万年前人类祖先的大腿骨，发现这个人类祖先的线粒体DNA与丹尼索瓦人的DNA关系更密切，而这个人类骨骼化石就是海德堡人。这说明丹尼索瓦人与尼安德特人和现代人类拥有共同的祖先。
到55万至76.5万年前，人类开始与这个人种（尼安德特人和丹尼索瓦人共同祖先）相分离。直到大约38.1万年至47.3万年前，尼安德特人和丹尼索瓦人才开始分离。科学家还发现，尼安德特人、丹尼索瓦人和现代人，在不同时期都曾经居住过丹尼索瓦洞。这说明，这三个人种很有可能有过密切接触。也就是说，这两三个人类祖先曾发生过异血缘交配，科学家发现丹尼索瓦人有0.5%的基因来自于尼安德特人，尽管，在尼安德特人身上目前尚未检测到任何丹尼索瓦人的基因。
可以得知，三万年前，非洲智人替代了欧亚原始人的位置，一万年前，现代人类已经到达澳洲、美洲大陆，当中经过千多英里惊险的船上旅程。人类的祖先最早开始沿着尼罗河一路向北到达埃及地区，一部分选择留下繁衍生息，一部分则通过西奈半岛继续北上至中东地区和欧洲东南部。后来又从中东地区东进至中亚，然后顺着黄河流域持续向东迁徙至黄河中下游………
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