向您介绍下LncRNA文章的套路 |【文献精读与解析】专题

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LncRNA的文章有什么套路？是否可以不做实验也能发？

废话少说，进入今天的庖丁解牛。

我们来看一篇2017年5月刚发表的研究胃癌肿瘤发生中基因转录组分析的文章，了解下非编码RNA的套路。

此文发表于《Cancer Gene Therapy》，IF 2.532

Title：Transcriptome analysis of miRNA–lncRNA–mRNA interactions in the malignant transformation process of gastric cancer initiation

先介绍下背景：胃癌

胃癌，作为一种异质性肿瘤，仍旧是许多国家癌症死亡的主要原因。胃癌发生过程中，可能与多种因素有关，比如细菌/环境因素/基因敏感性等等。而近年来，随着非编码RNAs研究深入，发现许多非编码RNAs可以调节细胞增殖/分化/凋亡以及侵袭能力，可能参与多种肿瘤发生。

1. 作者首先通过收集20例临床标本，包括正常胃粘膜组织、萎缩胃粘膜、胃癌、癌旁组织进行了lncRNA mRNA Human Gene Expression Microarray V4.0 a以及AffymetrixGeneChip miRNA 4.0基因芯片分析。

2. 通过芯片分析，作者发现了与正常胃黏膜样品相比，胃黏膜萎缩标本中有 47 lncRNAs, 62 miRNAs 以及103mRNAs 表达上调; 129 lncRNAs, 24 miRNAs以及112mRNAs 表达下调。并且在胃癌标本中 894 lncRNAs, 196 miRNAs 以及1447mRNAs 表达上调，534 lncRNAs, 7 miRNAs以及 1588 mRNAs 表达下调。

3.同时作者列出了基因芯片数据重要的前10个上调或下调的lncRNAs或miRNAs，以及它们可能参与的作用机制。

4. 作者通过venn图分析各个标本间交叉的 miRNAs 和 lncRNAs 发现了在正常胃粘膜组织向胃癌肿瘤恶化过程中的 10miRNAs 和 11 lncRNAs.同时以热图形式，详细展现了在不同组织标本中，这21个 miRNAs 和 lncRNAs 的表达变化。

5.然后呢，作者进一步构建了这21个发生变化的miRNAs和lncRNAs的miRNA–lncRNA–mRNA共表达网络图。在共表达分析中发现FBP1/IGF2 与H19共表达，更重要的是发现p4300, p33715, has-miR-18b-5p，has-miR-181d-5p在共表达网络中起关键作用。

6．最后，作者通过基因富集分析，构建miRNA–lncRNA–mRNA生物学功能与通路网络图。分析发现21个miRNAs and lncRNAs 可能参与重要功能，比如细胞周期基因CDKN2受p4300, H19,has-miR-4532, has-miR-1281 以及has-miR-204-3p的调控。GO分析还发现了验证相关通路，比如NF-kappa-B信号通路以及TNF信号通路。同时通过KEGG富集分析，发现21个miRNA–lncRNA可能参与肿瘤发生，代谢相关通路。

最后梳理一下文章的套路：作者通过基因芯片分析四类组织（正常胃粘膜，萎缩胃粘膜，胃癌组织，癌旁组织）基因表达谱（包括lncRNA，microRNA,以及mRNA），然后通过生物信息技术分析这些非编码RNA在肿瘤生成过程中的可能作用机制，最后得出结论：由正常胃粘膜转变为萎缩胃粘膜甚至是胃癌这个肿瘤发生过程中，lncRNA以及microRNA可能起到重要作用，揭示一个由非编码RNA介导的遗传信息传递方式和表达调控网络，注释和阐明基因可能参与的信号通路。