在研究lncRNA时，我们都会先用高通量的平台筛选差异lncRNA。找到了一个lncRNA后，接下来的工作是要做它的功能机制。lncRNA的功能机制研究，无外乎上游转录调控研究和下游调控机制研究。那么，茫茫“人海”中，怎么样在做实验之前先预测下有哪些可能的上下游调控分子呢？RegRNA 2.0，就是一个可以用来实现上下游调控分子预测的工具。
RegRNA 2.0，an integrated web server for identifying functional RNA motifs and sites（http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/index.html），是一个由台湾同胞开发的，专门用来进行RNA功能性的motif预测网站。该网站预测内容包含转录motif，mRNA降解原件，RNA-RNA结合，翻译预测等功能。在这里，我们主要就lncRNA研究时需要的上下游调控分子预测进行介绍。
（1）lncRNA上游转录调控分子预测
lncRNA研究，也是遵循“从哪里来？”，“到去哪里去？”两个问题。第一个问题呢，RegRNA可以通过转录motif分析实现。因为要分析可能结合到lncRNA启动子区的转录因子，我们需要先在UCSC等网站把某个lncRNA启动子区2 Kb左右的序列找到，
第一步，输入序列，以fasta格式：
第二步，选择分析模块，选择“TRANSFACTFBS”，点击“submit”进行分析：
分析完毕，就可以看到总的map概述：
从上图，可以看到，该2000 nt的序列中，在不同的位置，存在着不同的转录结合motif，从下面的列表可以看到具体可以结合的调控分子：
当然了，这些基因，有些是转录因子，有些是其他的调控分子，点击右边的放大镜，就可以看到具体的信息：
因此，通过这一部分的分析，我们就可以知道，有哪些我们感兴趣的转录因子或者其他的调控分子与该lncRNA相关。
（2） lncRNA下游机制预测
在进行lncRNA下游功能机制研究时，ceRNA调控机制是最常见的，另外一个是最近才火起来的lncRNA编码蛋白多肽功能机制。因此，RegRNA可进行这两个方面的功能预测。分析之前，我们需要把lncRNA的序列信息在UCSC等网站下载下来，然后进行分析，操作也和前面一样：
第一步，输入序列，以fasta格式：
第二步，选择“Ribosome Binding Site”，“Open Reading Frame Prediction”，“miRNA Target Sites”，三个模块，点击“Submit”进行分析：
分析完毕，就可以看到总的map概述：
从上面可以看到，该lncRNA有三个开放阅读框，但是没有核糖体结合位点，同时，存在3个miRNA结合位置。第一部分和第二部分的结果，基本可以确定该lncRNA不能翻译多肽：
第三部分的结果可以看到，有三个miRNA可以和该lncRNA结合，可能存在ceRNA调控机制：
点击右边的放大镜，就可以看到具体的信息：
因此，通过该部分的功能预测，我们就可以知道某个lncRNA是否有编码多肽的潜能（满足开放阅读框，核糖体结合位点），是否可以通过miRNA发挥ceRNA机制作用。
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