此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。胡濙访得建文帝离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（1423），建文帝死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。
内战：1399年8月—1402年7月
在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有10万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有丰富的资源，并且已经废除了几个封建藩国。但是，这种简单的比较会把人引入歧途。燕王的强大表现在这样几个方面：他自己有领导能力；他的军队素质高——包括来自兀良哈诸卫的蒙古骑兵大队人马；他的战略高超；他又有不可动摇的必胜的决心。反之，皇帝的军队因指挥上无决断和协同作战不好而大受损害；同时朝廷又分散精力去搞那些甚非急务的政府改组工作，这当然也影响了战局。②
从1399年末到1401年中叶是战争的开始阶段，它主要限制在北京（北平）府的附近州县和山东济南附近的据点。战争正式开始于8月末，那时建文帝派遣耿炳文（约1339—1404年）这位退休的高级军官为大将军去平定叛乱。9月11日，耿炳文想把叛军限制在北京附近，便在北京西南的真定部署了13万人的大军，但在两个星期之后便受了重创，被打败了。①于是已故的将军李文忠（1139—1184年）之长子李景隆接过了指挥权；但是，他也同样无能。10月中旬，燕王离开他的封地去寻求新兵；李景隆便乘他不在北京的机会率领讨伐军从南京地区开往北京。他在11月12日合围北京，但是燕王马上回师并击败了李景隆；因为李景隆的士卒大多数是南方人，不耐北方的苦寒，因此他被迫在三个星期以后退兵到山东西北的德州。②
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