马克思主义哲学除了作为世界观研究世界整体而外，也研究这个世界的某些局部，那么，研究哪些局部呢？或者说，应该把哪些局部的研究作为它的部门哲学纳入其体系中呢？无疑，作为首选的应该是对自然界的研究，即自然哲学。
自然哲学现已并入科学哲学（学位专业目录中的哲学学科之一）中，作为部门哲学，研究者甚多，也是应该研究的，但作为一个组成部分纳人马克思主义哲学的科学体系之中则是不必要的，因为世界观的大部分内容就是自然观的内容，谈了世界观之后又把自然观作为一个相对独立的组成部分来谈，就简单重复了。
自然观的对象是自然界，自然界的概念也有狭义与广义之分，广义的自然界包括人类社会及其一切附属物，实际就是整个世界、宇宙；狭义的自然界则将人类社会除外。但是人类社会永远附丽于自然界之上，不可能离开自然界存在，人类社会与自然界的区分永远是相对的。
自然界的普遍规律当然就包括作为一种自然存在的人类和人类社会，例如辩证发展的规律，无法区分作为自然规律的辩证法和作为宇宙规律的辩证法。因此，在哲学体系中，世界观与自然观合而为一，自然观包含在世界观之中，不再于世界观之外讲自然观。于是，人类社会就成为首选的部门，历史观成为首选的部门哲学。
人类社会在这广袤无垠的茫茫宇宙中是微不足道的，我们知道的人类社会至今只存在于小小的地球之上，它的作用基本上限于地球，对这个宇宙实在是微乎其微。但我们毕竟是从人的角度，而不是从宇宙的角度来讲哲学，历史观自然成为部门哲学的首选。
特别是由于唯物主义历史观的创立导致社会主义从空想到科学的转变，直接指导着社会主义革命运动，马克思和恩格斯便把历史观的科学体系的构建摆到了他们理论工作的首要地位。前苏联体系把历史观与世界观并列起来，把这个体系命名为辩证唯物主义和历史唯物主义，不是没有理由的。
第二个部门哲学应该是人学。人类由人组成，没有人就没有社会，因而以人类社会及其发展为研究对象的历史观常常谈到人，说唯物史观不谈人、没有人，不符合事实，但人在马克思主义哲学的原来体系中却没有成为部门哲学的对象，部门哲学中没有“人学”。
细胞是生物体的最小单位，细胞学成为重要的部门生物学，同理，人也是人类社会的最小单位，人学也应该成为一门重要的部门哲学。在革命年代，阶级、人民、群众的问题比较突出，但在和平建设年代，一般人的问题更加突出，如人与自然的关系问题、人际交往问题、人权问题等都涉及所有的人，把人学作为一门部门哲学来研究，不仅是理论建设的需要，也是时代发展的需要。
哲学研究的历史形成了哲学对象的三个层次，第一是世界整体，第二是在这个世界（自然界）的基础上产生的人类社会，但它并未离开世界整体，第三是在人类社会基础上产生的精神世界，即人的主观世界。
第一层次是世界观的对象，第二、三层次都是部门哲学的对象。我们只把第二层次的人类社会整体和人纳入哲学体系之中，历史观和人学成为哲学体系的组成部分，此外，当然还有很多部门哲学，如经济哲学、法哲学等等均未纳入，但其基本内容已蕴涵在历史观之中。
第三层次是人类社会的产物，也没有离开人类社会，它是许多部门哲学的研究对象。哪些第三层次部门哲学应纳入哲学体系之中，是一个有待深入研究的问题。
按理，精神或意识应该成为哲学体系的一个重要的部门哲学的对象，黑格尔的哲学全书的第三部分就叫精神论，前苏联体系也对意识进行过专门论述，但精神论今天要作为一门科学的部门哲学纳入哲学体系之中，条件似乎还不成熟。
有几门关于精神活动的部门哲学已有多年研究的历史，可以考虑是否纳入哲学体系之中，它们是心理学、逻辑学、认识论、思想方法论、伦理学、美学、价值论、科学哲学和宗教学。
心理学原来与哲学关系十分密切，实际上是一门重要的部门哲学，类似上面谈到的精神意识论。但19世纪以来，心理学逐渐偏重于研究心理现象的生理机制、社会心理问题和部门心理学问题，有大量研究人员，形成了一个完全独立于哲学之外、庞大的学科门类。心理学中包含的哲学内容当然可以成为一个部门哲学，名曰心理哲学，条件成熟时可能纳入哲学体系之中。
逻辑学同哲学的关系也是非常密切的，但哲学家们对逻辑的理解多种多样。逻辑学就其原来的字意讲，意为规律学或宇宙规律学，后来从中演化出思维规律学，又从思维规律学演化出思维形式规律学。
黑格尔的逻辑学包括思维规律（涉及思维内容，即对外部世界的概括）与思维形式规律（与思维内容无关）。前一部分实即世界观，其内容已在哲学体系之中；后一部分演化为形式逻辑和现代逻辑，已成为一个内容庞大、实用价值很高的学科群，没有必要纳入哲学体系之中。
现代科学哲学包括三个主要组成部分，即自然哲学、关于自然科学一般理论和科学方法论。自然哲学已包含在世界观之中，科学方法论的内容可以包含在方法论中，这样，科学哲学的大部分内容已经纳入哲学体系之中，没有必要再单独成为哲学体系的一个组成部分。
宗教学近年来在我国发展迅速，也已成为一个颇具规模的学科群，它虽然属于哲学门类，也无必要纳入哲学体系之中。
认识论不应与世界观相混同，但就其与世界观的密切关系和重要性而言，都应作为一个重要的部门哲学纳入哲学体系之中。
伦理学与审美问题是哲学史上的热门话题，发展到今天伦理学与美学均已成为颇具规模的部门哲学，那么，有没有必要纳入哲学体系中呢？这个问题应结合价值论一起来考虑。价值论是19世纪以来慢慢形成的一门部门哲学。
马克思主义创始人谈过价值问题，如人的价值、商品的价值、道德价值、欣赏价值等，但他们没有一般价值理论，即价值论。由于价值论是在西方哲学中发展起来的，在前苏联被一概视为唯心主义的或资产阶级的而被排斥于马克思主义哲学之外。
其实马克思主义创始人虽然没有系统的价值论，但价值论思想还是很丰富的，我国学者已以马克思主义为指导研究价值论多年，价值论理应作为一个部门哲学纳入哲学体系之中。伦理学和美学，作为特殊的价值论，当然就没有必要纳入了。
方法论常常成为马克思主义哲学的另一称呼，如说哲学是马克思主义思想方法论，辩证唯物主义是马克思主义的世界观和方法论。这两种理解都不确切。方法论是理论，不就是方法。辩证唯物主义是世界观，是理论，当其原理被运用来指导实践和认识时就是方法或思想方法，所以辩证唯物主义是世界观和方法，不是方法论。
唯物辩证法是辩证唯物主义世界观的组成部分，所以唯物辩证法是世界观，也是方法，不是方法论。哲学体系中应该纳入一个部门哲学，它研究方法的本质、分类、来源、意义以及如何保证正确地使用方法等问题，它就是方法论。
我国学位专业目录中的哲学是一级学科，即一个学科门类，它拥有八个二级学科，即八个学科，其中中国哲学和外国哲学是按地域来规定的，并不是严格意义的学科，其余六个二级学科都有统一的对象，可以说是真正的学科。其中五门，即逻辑学、伦理学、美学、宗教学，都是部门哲学。只有马克思主义哲学是包括整体哲学（世界观）的哲学体系。
马克思主义哲学的科学体系应由世界观和若干部门哲学构成，已成为二级学科的五门部门哲学按照上面的分析均没有必要纳入哲学体系之中，但另外五门，即历史观、人学、认识论、价值论和方法论则应纳入哲学体系之中，这样我们的哲学体系便由一整五部的结构构成，由作为整体哲学的世界观和作为部门哲学的历史观、人学、认识论、价值论和方法论构成。这五门部门哲学又可分为两个层次，历史观与人学属社会层次，认识论、价值论和方法论属社会意识层次。
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