例如，总公司签的合同，分公司或子公司是实际施工方。在营改增之后，工程核算或纳税申报时，采取了与营改增之前完全不同的方式。如果继续按照以往模式操作，必然会带来很大的风险，甚至会犯罪。
应该如何规避风险呢？
1、营改增以后，纳税风险集中到资质所在单位
营改增以后，在税务稽查和税务征管时，要求必须要“四流合一”。而施工企业的资质，是住建部提出的相关要求。
这两方面，在实际执行当中是有一定冲突的。因此，导致了整个工程行业存在一定的取舍矛盾。
受“资质准入”制度的限制，许多企业资质不够，无法承接业务，因此采取挂靠或联营模式承接工程项目。
营改增之前，这样操作问题不大；营改增之后，就会出现“四流不统一”的问题。
签订总承包合同的单位，与实际收票单位不一致，导致合同流、票流、资金流不统一，销项税主体与进项税主体不一致，无法抵扣增值税。
同时，被税务机关查到，还会犯“虚开增值税发票罪”。纳税风险就完全集中到资质所在单位。
2、资质共享经营模式
资质共享模式，分以下几种情况：
① 分公司代管项目
② 同级借用资质
③ 越级借用资质
④ 与集团外单位共享资质
营改增以后，这几种资质共享模式，都不能继续使用了。
因为签合同的不是分公司的纳税人，继续操作下序，就会产生施工主体与合同主体不一致，销项主体与进项主体不一致。
要解决这种问题，只有2种方案：
① 所有的采购合同、分包合同、租赁合同、服务合同等都已总承包的名义签订，进行集中管理。
② 或者将总承包合同转给子公司或挂靠单位、承包人。这样操作在税务上是没问题的，但是违反了建筑法的规定，属于“违法转包”。
3、营改增与组织架构分析
实际工程中，有许多子公司60%-70%的业务量来源于总公司，并且这种情况越来越严重。
现在大部分的企业，尤其是采用PPP融资模式下，承接大的工程项目，以总公司名义进行。这样操作，对子公司资质的保持，子公司的资质升级、融资能力，又都很大的积极影响。
因此，也会有部分大公司“顶风作案”，特别是央企，也要违反建筑法进行“违法转包”。
一般来说，分公司作为一个部门，纳入到这个法人单位中进行管理。
基本上，大量建筑集团总公司的管理模式，是采用内部管理树和外部法人树的模式。
外部法人树主要负责核算跟申报，也就是集团法人的利润收入；内部管理树，主要负责现场的施工管理与日常考核。
4、企业的组织变革与管理调整
① 设置总承包管理部，与实际承包人签订劳务关系，形成完整的增值税抵扣链条；
② 设置财务结算中心。无论是统收统支，统一结算，还是建立起统一支付的管控平台，进出款项都必须以总承包人名下的账户操作；
③ 对于子公司，考虑到法人的收入大量减少，内部的融资、发展都将受影响，需要进行资质的提升；
④ 劳务公司和设备租赁公司，是为整体企业服务的，建议采用一般计税，同时可以考虑将采购部分与之合并，可以抵扣一部分进项；
⑤ 对于混业部分，应当独立出来，独立计税，独立签合同；
5、风险集中在总部，如何规避？
营改增前后利润平衡成本抵扣率测算模型：
假设产值10000，毛利15%=1500
营业税：10000-10000*3%-1500=8200
增值税：10000/1.11-1500=7509
需取得进项税额：8200-7509=691
进项抵扣率：691/7509=9.2%
假设全部取17%进项票，成本抵扣率：进项抵扣率/进项增值税率=54.2%
实际上综合抵扣率达不到17%，加入平均抵扣率13%，进项需达到成本额的70%左右的抵扣率可实现收支平衡。
建筑企业增值税发票管理难点：
① 增值税以票抵税，建筑业发票管理量大、点多、线长、面广，发票管理要求更加严格；
② 增值税专用发票管理制度严格，流程复杂（增值税专票存档期5年，也就意味着发票虚开、虚抵的追诉期也是5年）；
③ 增值税纳税申报缴纳复杂，模式多样，专业要求高（增加预交申报，规定更加繁复）。
6、信息集中管控是风险规避唯一之道
营改增以后，对于公司总部来讲，面临4大难题：
① 税务稽查、四流合一，数据关联性强，但财务无法处理
② 涉税信息数据量大，手工无法处理
③ 项目地域分散，涉税信息按纳税人集中难度大
④ 增值税按月申报，涉税信息特别是发票信息的采集管理时效性要求高
因此，基于信息系统实现“四流合一”，信息集中管控是风险规避唯一之道。
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