序 言
众所周知，我国土地增值税计税方式非常特殊，采取的是超率累计税率。结合我国土地价格只升不跌的市场行情，我国的土地增值税税负确实是比较重的。这种情形下，在早期以较低价格取得了土地使用权的企业可谓是喜忧参半。自己的地价是翻了好几翻，然而高昂的税负使自己对卖地变现望而却步。有的企业家就会咨询律师，问能不能把税负降低。经常能得到的回答是不卖地卖股权，把公司直接转让给对方就可以少交税了。那么，事实上真的如此吗？
一、以转让股权方式转让土地使用权是否须缴纳土地增值税
实际上，就股权转让引起的土地权利变更是否须缴纳土地增值税这个问题，国家税务局早在2000年时就有了相关规定。
《关于以股权转让名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号文）：“鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”这也就是我们企业重组特殊性税务处理中非常有名的687号文。
该批复中认为，土地使用权转让是股权转让的应有之义。税务局这样的解释显然是引发了诸多法律上的争议。首先，转让土地使用权与转让股权根本是两个概念，标的都不一样如何一概而论；其次，转让股权与转让土地使用权的主体都不一样，前者是股东，后者是公司本身，结合公司法上公司具有独立法人人格，国税局此批复确实存在相当大的法律漏洞。
实际上，这样的规定具有相当高的实践价值。因为现实中，股权本身并无实际价值，决定股权转让价值的是股权背后的资产，可以是土地使用权、知识产权这样的无形资产，也可以是机械设备等固定资产。而相当多的公司尤其是房地产公司，土地使用权就是其股权价值的全部。如果不做这样的规定，就必然会造成国家税收的流失。
当然，也正是因为有法律上的硬伤，687号文并未使得全国税务机关形成统一口径，加之687号文严格来说只具有指引效力而不是强制效力，其他地方税务局在遇到相似的情况时可以选择参照执行也完全可以选择不参照执行。并且这个批复也未形成明确的界定标准，这给复杂的商事活动预留了很大的一片空白。
结合实际操作中的经验来看，转让或受让部分股权通常不会被认为是权属转移不征收相关土地税费。在（国税函[2002]771号）的批复中，宁波中百股份有限公司因北京首创集团受让其26.62%的股权而更名为宁波首创科技股份有限公司的行为就被认作土地权属未发生转移，不征收相关税费。
因此，是否会被征收相关税费要把握好尺度，如果企业转让50%以上甚至是100%股权的，就很可能被税务机关认定成表面上是转移股权、实际上是转移土地使用权，从而被征收土地增值税、契税等。我们广大企业在处理相关问题时一是要有系统科学的交易规划，二是要尽可能的了解到当地主管税务机关的处理意见。单纯的认为股权转让就一定能降低税负显然是不正确的，律师在给出相关法律建议之前也需要做好相应尽职调查。
二、以转让股权方式转让土地使用权该如何办理登记手续
相较于税务机关，国土资源部门的规定就更加杂乱了，但是仔细研究之后会发现，国土部门在处理这类问题时，与税务机关存在有诸多一致之处。如《国土资源部办公厅关于股权转让涉及土地使用权变更有关问题的批复》（国土资厅函[2004]224号）：“太古可口可乐香港有限公司将其全资拥有的独资企业——太古饮品（东莞）有限公司全部转让给可口可乐（中国）投资有限公司，属于企业资产的整体出售。其中包含土地使用权的转移。因此，该行为属于土地使用权转让，应按土地使用权转让的规定办理变更登记。”这就与687号文的内涵一致。
在浙江省国土资源厅《关于企业名称、法定代表人变更以及股东转让出资或股份是否涉及土地使用权转让有关问题的批复》（浙土资函[2005]186号文）中，国土部门认为这属于《公司法》调整的范畴，不属于土地使用权的转让，登记部门仅需对企业名称、法定代表人等登记事项办理变更登记即可，无需对出资或股份转让行为办理变更手续。《杭州市土地使用权变更登记若干规定》（土资籍[2006]4号文）第九条第二款则强调了“房地产项目用地单位因股权转让引起的土地使用权人更名的，应当办理土地转让手续后，再办理土地转移登记。”这两个文件结合起来看其实就是一个一般与特殊的关系，原则上我们企业进行股权变更是与土地权属变更无涉的，但是现实中确实存在股权仅是表面的标的，交易双方的真实目的就是土地使用权的情况。杭州的登记部门是将房地产项目用地单位独立开来，而税收实践中就是更加细化的结合股权转让比例等实际情况对交易目的进行认定，二者在内在精神上还是一致的。
由于登记机关在职能的设计上并没有主动监管审查的能力，《土地登记办法》中也只是规定土地权利人名称变化时需要办理名称变更登记，也就是公司本身名字改变才要变更登记，股东或法代的更换并不需要。在土地登记实践中，土地权利人股权或法定代表人发生变化，不需要办理土地变更登记。但在公司合并分立，有股东以土地作价入股时则又要办理变更登记，这里就这些特殊情形就不再引申开来了。
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