对于痰标本培养确定分离菌是否为可能的感染菌最简单和最直接的证据就是痰标本涂片，首先感染菌会导致白细胞大量增加，其次由于感染早期（细菌/真菌）启动非特异性免疫因子中中性粒细胞是最主要的免疫细胞，吞噬和包裹现象是反映细菌与机体免疫系统的相关性的最重要的信号，观察这一现象有助于区别是感染还是定植。
痰标本涂片确实是区分感染与定植的好办法，问题在于目前很多医院微生物实验室未必做这项工作。我们跟细菌室沟通了，送痰标本培养时要送涂片，如涂片显示上皮细胞为主，考虑污染，需重新送标本，如白细胞为主，标本合格率高，培养准确率高。但细菌室往往不会把不合格标本退回去，只要标本来了就培养，临床对结果有疑问也没办法。
结合“标本涂片、培养及临床表现”，才能判定是定植还是致病菌。
如痰标本标本：痰标本中分离出的90%以上是条件致病菌,是否致病取决于：
1:患者的血象,体温,胸痛,肺部啰音等感染症状；
2:痰标本涂片镜检见到大量白细胞吞噬或伴行非上呼吸道正常菌群；
3:痰标本涂片见到的细菌,培养大量生长。
痰标本涂片是培养的基础，经涂片检查明确是污染的标本再作培养，没有临床意义。
一般认为：在痰标本采集、储存、送检都较为规范的情况下，培养和涂片同时见到同样的细菌且有细胞内吞噬（炎性包裹）现象或细菌涂片中每一油镜视野细菌数大于20个或占所有细菌的50%以上的优势菌可能为病原菌。区分定植或病原菌较为客观的方法是若应用针对性抗菌药物之后临床症状减轻（缓解），同时感染部位目标性细菌数减少则为病原菌，仅有数量减少而临床症状没有改变则最大可能为定植菌。
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