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还愁什么?前期工作就这么设计!


小郭最近很郁闷,芯片没的做,只有点免疫组化的数据,发觉某基因在膀胱癌迁移侵袭中高表达。就这么点内容,要写点基金的内容出来,咋办?

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还能咋办,只能去找师姐了……

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小郭:师姐~~

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莫愁:叫我作甚?

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小郭:师姐救我,我没做芯片,咋写课题啊……感觉啥都没有啊……

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莫愁:呃,神师兄上次的Seminar你没仔细听啊?教你个和他那篇文章异曲同工的办法吧!

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这首先需要的是熟练运用Oncomine,好像我们已经说了不是第一次Oncomine的用法了。大家也回去自己摸索一下的哦。Oncomine有一个比较常用的方法,就是选择肿瘤进展历史分析。

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我拿膀胱癌举个例子,首先进入Oncomine之后,选择Cancer Vs. Cancer下的Bladder Cancer Histology Analysis

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一共有十个芯片数据,每个芯片中都有两个可选项:Bladder Urothelial Carcinoma Type: Infiltrating Bladder Urothelial(浸润性)和Bladder Urothelial CarcinomaType: Superficial Bladder Cancer(浅表性)。

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勾选所有的浸润性数据,进行比较(按一下compare),得出高表达(Over Expression)和低表达(Under Expression)的基因。

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把这些基因记录到Excel表格里。找出的差异基因是可以之间点选并进入到NCBI页面的。点进去之后,在基因信息中会显示Gene ID的。

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将这些Gene ID进行PathwayGO分析,可以大概了解膀胱癌迁移过程中有明显变化的通路究竟有哪些了。

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结合你手头的在转移灶中高表达或低表达的未知基因,就能大概的把你手头的这个未知基因扯上明星分子和明星通路。

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再设计一些qPCR实验的话,可以得到一些课题所需要的前期结果。但具体的机制还是需要你进一步在这个基础上摸索。这一步是为了给你找到你的未知功能基因与明星分子找出所谓的“关联性”,说白了就是让一个穷屌丝跟白富美扯上关系。这样就能把题目定位在“膀胱癌转移相关通路研究”了。大概明白这个意思了么?

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