公元208年，曹操下令将孔融处死。当官兵上门抓捕时，孔融的一对儿女正在下棋，看着父亲被抓，却依旧淡定下棋，不为所动。官兵奇怪道：“你们的父亲都要被抓走处死了，你们怎么还有心思下棋？”
 
这时，孔融的儿子回答道：“哪里巢穴都要毁了，卵却不破的呢？”这就是至今流传的著名成语：“覆巢之下焉有完卵”。
 
此次曹操下令处死孔融，诛杀其全家。但他这双儿女，女儿7岁，儿子9岁，因为年龄尚小，原本没有被列入抓捕名单。孔融被抓走后，两个孩子被人收养照顾，
 
收养之人看着这对失去家人的兄妹很可怜，就做肉汤给他们喝。男孩因为口渴，接过肉汤就大口喝了起来。妹妹见到哥哥的样子，不屑道：“今天的祸事，估计我们俩也活不了多久了？你还有心思品尝肉汤！”
 
哥哥听到妹妹的话，肉汤也喝不下去了，兄妹俩放声大哭起来。没多久，便有人将这两个孩子在抓捕孔融时的反应以及被人收养后的事情，告诉了曹操。
 
曹操听后，为之一惊。曹操为人一向疑心心狠，他没想到孔融的两个孩子还那么小就已经懂得这些道理了，如果将这两个孩子留下来，将来岂不是要替他们父亲报仇。为了避免再起事端，于是下令将两个孩子抓起来杀掉。
 
等官兵前来抓捕时，妹妹对哥哥说：“哥哥，如果死后能够见到我们的父母兄弟，我是死而无憾的。”说完，这个7岁的女孩便抬头挺胸，神情淡定得等待行刑，随后两个孩子都被诛杀了，周围之人无不动容。
 
孔融之死，用现在的话来说就是不作死就不会死。因为性格刚直，虽然孔融是接受曹操的征召入朝为官，可却从不把曹操放在眼里，认为自己是大汉朝的官，效忠的是汉献帝。
 
虽然明白曹操在文治武功等方面的才能都强自己数倍，可孔融认为曹操这种挟天子以令诸侯的行为就是心术不正，在忠心汉室方面根本没办法和自己比，自己也不屑与之为伍。
 
因为这种心态，孔融对曹操也是一百个看不上，对于曹操的功绩，他不但不认同，还经常上表，用犀利的言辞讽刺他。
 
曹操率军攻下邺城后，曹丕娶了袁熙的妻子甄宓，孔融听说后，就给曹操上表，说道：“当初武王伐纣后，将妲己赏给了周公。”曹操也是熟读史书之人，却没看明白孔融这句话的意思。
 
后来问及孔融这句话的出处，孔融不屑道：“你的儿子不是娶了袁熙的妻子甄宓吗？我就是以现在的事情，想当然地认为当年周武王也是这样做的？”曹操听后，十分不悦，可最终忍住没发作。
 
后来，因为连年征战，粮食欠收，老百姓的吃饭和军队打仗的粮草给养都成了问题。于是曹操一方面实行屯田政策，一方面上表禁酒，酒是粮食精，现在人吃饭都成问题，哪还有多余的粮食酿酒呢？
 
按理说，曹操的举措很得当，也符合当下的实际情况，可孔融就是看不顺眼，站出来表示反对，甚至还上表道：“丞相不是擅长治理国家吗？以前老百姓有酒喝，可如今你要让天下百姓喝不上酒了，你就是这样治理国家的吗？”
 
孔融在表章中言辞傲慢无礼，言语间都是讽刺的意味，而且，就为了禁酒这件事，孔融就上表了很多次。曹操惜才是出了名的，可再惜才，碰到孔融这样，有事没事就找茬的下属，开始还能包容，可时间长了，必定就忍不了了。
 
而孔融的这些言论，实质上就是对曹操的人身攻击，对朝政大局却没有影响，尽管如此，那曹操对孔融也是烦透了，也恨透了。
 
当时朝廷御史大夫郗虑和孔融有矛盾，两人曾经在汉献帝面前，互相攻击，吵得不可开交。后来郗虑看出曹操也很反感孔融，于是就以蔑视国法为由，弹劾孔融，奏请罢免他的官职。
 
曹操看到也有人和自己一样反感孔融，心里暗自高兴，不过他没有罢免孔融，用降职的方式对他施以警告。可对着曹操对孔融积怨已深，最终郗虑再次弹劾孔融。
 
曹操就借机指使一名叫路粹的官员写了一篇《路粹奏孔融书》，状告孔融“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，从而将孔融抓捕下狱。不久后将孔融处死，诛杀其全家。
 
孔融的死多半是自己的原因造成的，俗话说老虎的屁股摸不得，可孔融身为下属，却一再挑衅曹操这只猛虎。纵然曹操惜才，也有容人之量，可他毕竟也是人。
 
曹操作为实际上的掌权者，不管是出于面子，还是为了以儆效尤，孔融这般如此狂傲，不知分寸的挑衅，也注定了曹操是势必不能留他性命的。