至正二十八年（1368年）七月，明将徐达等率军攻占大都，孛儿只斤·妥懽帖睦尔（即元惠宗，明朝谥号元顺帝）北奔上都。此北元的内廷保持的相当完整，什么左丞相、右丞相、知院、兵部尚书、中丞、御史大夫等等一个不少，中央集权的统治体制保持的很好，还可以协调作战。除元惠宗坐镇蒙古故地以外，山西、甘肃的扩廓帖木儿；辽东的纳哈出；云南的把匝剌瓦尔密，都在各自的管辖之地策应着大元皇帝的军事行动。此外，北元与高丽、畏兀儿仍旧保持着政治上、经济上的联系。也就是说，保持着相当的外交功能，北元朝廷作为一个中央集权的统治机构其政治制度等统治还在发挥作用，北元作为一个政权还在进行对草原牧业和中原农业两种生产方式的统治。
然而，随着军事上一系列的失败，北元朝廷彻底退出了对中原农业区的统治，不但不再掌握农业区及其上的人民，也丧失了大量的中央任命的官员。洪武二十年，辽阳行省左丞相纳哈出被迫投降，大将冯胜在向朱元璋报告的文书中列出一大长串跟随投降的北元官员，其中包括“王九、国公郡王四、太尉国公五、行省丞相一、司徒平章十三、左丞右丞三十一、参知政院三十二、各院副使同知副枢八十一、佥院院判二百八十”——实在是太多了，总计各级官员近2000人。第二年，蓝玉率军袭击北元朝廷于捕鱼儿海，杀其太尉蛮子，击败太保哈剌章，追俘詹事院同知脱因帖木儿、吴王朵儿只等将相官校三千人。
捕鱼儿海的失败使黄金家族——忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，很多蒙古部落宣布脱离它而独立。布里牙特·乌格齐于1402年杀元昭宗爱猷识理达腊的儿子尼古埒苏克齐汗孛儿只斤·额勒伯克。至此，汉人眼中的北元政权事实上已经灭亡，而蒙古人眼中的大蒙古国依然存在，继续进行着他在草原的统治，并进入了权臣时代。
自成吉思汗以来的传统，非黄金家族的成员是不可能成为蒙古大汗的。尽管黄金家族成员有着至高无上的威望，但是并不是所有黄金家族成员都是一时之人杰，可以掌控大局的。而多年在中原的统治，中央政府的存在，也确实让很多非黄金家族成员脱颖而出，这些权臣很好地利用了中央政府的各项制度，通过中央政府掌握权力和地位，而将黄金家族的大汗变成自己的傀儡。如权臣阿鲁台、也先、孛来等都自称都元帅、太师、右丞相来总揽大权。由于中央政府的权威和调配资源的能力，虽然有不少不服管理的诸侯王爷，其中不乏黄金家族的成员，但是他们根本没有足够力量去对抗这些权臣，充分体现了从中原遗留下来的统治方式的先进性。
然而，形势比制度强，生产关系总是生产力的体现。蒙古草原游牧的生产方式，一步步促使大蒙古国中央集权的统治方式的瓦解。既然进入了草原，就必然采取游牧的生产方式，就不可能保持定居的生活方式。元朝大量的军队和机构进入草原，很快就形成了游牧集团，进一步发展就成为了游牧的部落。比如由云需府形成了永谢布部；为皇室放牧的阿速人和康里人形成阿速部和喀喇沁部；为成吉思汗守灵的大斡尔朵思形成鄂尔多斯部。军队和机构的领导演变成为了游牧集团首领，再进一步成为部落的首领、贵族。这些人除了是部落的首领、贵族外，还往往顶着一个大蒙古国给予的官名，像平章、知院什么的。但是这仅仅是一个称号，和实际权力没有关系。他的权力来源于部落，而非中央政府的任命。但是有了这个官职，他就有资格参与中央的政治决策和权力斗争了。
由于权力来源于部落，因此部落的首领自然是要和部落一起进行游牧，而非呆在中央进行行政管理。由于各级官员游牧居地分散，因此中央政府的日常管理职能就形同虚设。大蒙古国的政治运作很快返古，在蒙元时期被称作“库里勒台”的大聚会成为了大蒙古国政权运作、处理政务的主要形式。而这种盟会也和通常的朝会不同，成为蒙古贵族争权夺利、相互残杀的场所。正如蒙古谚语所说：“那颜死在盟会上，狗儿死在围猎中”。
16世纪初，达延汗重新统一漠南蒙古。为了重现黄金家族的荣光，达延汗很可能废除了以太师为代表的中央集权政府官职，彻底斩断了权臣通过这一官职系统篡权的可能。也彻底斩断了非黄金家族成员的英才成为部落首领、贵族的可能，从此他们只能成为黄金家族那些汗、台吉们的阿拉巴图（纳贡赋者）。连中央政府名义上对国家行使政治权力的功能都被消解了。取而代之的是蒙古传统的济农制，达延汗建左右翼六万户，分封自己的儿子们作为这些部落的贵族首领。草原彻底回到了游牧分裂状态，中原统治留下的痕迹似乎只剩下非血亲组合的部落成分了。
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