剑桥大学著名的科技史学家李约瑟（Joseph Needham）博士在研究中国科学技术史的时候提出一个问题：“为什么近代科学，亦即经得起全世界考验、并得到合理的普遍赞扬的伽利略、哈维、维萨留斯、格斯纳、牛顿的传统是在地中海和大西洋沿岸，而不是在中国或亚洲其他任何地方发展起来呢？”这就是众所周知的“李约瑟之问”。对这个问题，学术界的研究方兴未艾。20世纪60年代之后，随着科学史领域逐渐超越传统的实证主义和辉格史观的解释，科学史的编撰发生了很大的变化，科学史的书写只有伟大作者、伟大著作、伟大发现的这种模式逐渐式微，其研究的视角开始把西方近代科学的兴起放到更为广阔的社会-文化的史境当中来理解科学家的思想、行动与知识构建，力图实现对西方近代科学兴起的图景的全景式理解。在近代早期的全景式史境当中，有一个重要的因素开始被研究者们所重新认识，那就是中世纪出现的、近代早期遍布欧洲的大学在近代西方科学兴起中所扮演的角色。国内学术界在对中世纪大学的研究中已经意识到大学对科学发展的贡献，近年来也有研究开始关注到大学跟科学革命之间的关系，但与科学史层出不穷的研究成果相比，大学史的研究还显得较为薄弱。
李约瑟提到：“近代科学是在17世纪欧洲兴起的那个运动中诞生的。”这个运动就是诸多学者笔下的“科学革命”（Scientific Revolution）。他们认为在经历了漫长的中世纪以后，17世纪西方的科学以一种突飞猛进的趋势呈现在世界的面前，涌现了一批科学巨人、贡献了数量众多的科学新发现、创造出了一系列新概念与理论，从而最终导致人类科学知识体系出现了根本的变革。
“科学革命”一词并非17世纪的概念，而是1943年由法国科学史家亚历山大·柯瓦雷（Alexandre Koyré）最先使用的，并进而在学术界流传开来。20世纪上半叶，科学革命的编史学更多是一种实证主义和辉格史的认识。在这样的认识之下，近代科学的发展是由机械骨架连接的科学活动的场景，这些骨架连接的是一个科学事件与另一个科学事件，从一个科学家到另一个科学家，从一个科学成就到另一个科学成就。在这个历史中，按照时间序列排列着众多的科学家，他们的实验活动和逻辑推理是科学活动的全部内容。他们不是时代的教育机构培养出来的，他们的思想是顿悟的结果。他们孤独地坚持真理，没有得到同时代人的理解，没有得到社会各种机构的支持，也许只有我们现代人才能理解这些孤独的科学巨人。艾伦·G.狄博斯 （AllenG.Debus）说：“按这种传统观念描绘的科学革命，可能与历史的真实并不完全契合，对科学革命的这种认识很可能是不真实的，因为它是人们带着有色眼镜，用今天的科学标准选择材料编织历史所勾勒出来的。”
20世纪下半叶以来，科学史的编史学传统发生了很大的变化，实证主义和辉格史的历史叙事受到了挑战。人们越来越认识到科学知识不再是真理、客观的代名词，而是文化和社会背景共同建构的产物。科学史不再是客观的、单线性的进步过程，而是具有相对性和情境性。科学的过程并非与世隔绝的产物，而是深入地受到社会-文化史境的影响。在科学的每个发展阶段，每个伟大的科学家都处在他那个时代的社会-文化历史情境之下，我们要用社会、文化、制度来完整地看待科学发展所需要的条件。科学史不仅仅是科学内史（科学智力史），也包括科学外史（科学社会史），只有将二者互相联系起来，才能实现我们对西方近代科学兴起图景的全景式理解。
从更大的社会-文化史背景去看待近代科学的发展，我们会看到，大学作为近代欧洲社会广泛存在的知识和文化传承机构，并非完全站在科学家培养、科学创新活动和科学思想产生的对立面，而是在近代科学发展过程中扮演了重要的角色。加入大学史的视角，我们可以看出历史上科学家是如何对某一门科学产生兴趣、科学创新的灵感从何而来、他们如何建构起科学知识与理论体系，以及这些科学知识与理论体系是如何传承下去并流传开来、从而改变学科发展进程的。
大学（University）这个在中世纪兴起的高等教育机构并没有随着中世纪的结束而消失，反而不断发展壮大，到16～17世纪的时候，大学组织已经均匀分布于欧洲各个角落。既然科学革命的历史已经被科学史学界重新认识和改写，那么对大学角色的传统叙事同样值得我们去重新考察。
传统大学史的认识十分保守，其认为近代早期的大学与中世纪起源时期的大学相比，显得“僵化”与“颓废”。当文艺复兴、宗教改革、科学革命等影响人类社会发展的重大历史事件在欧洲大陆上轰轰烈烈展开的时候，大学却显得默默无闻，不再像中世纪大学那样充满活力，不再站在社会变革的前沿。在科学革命发生和发展的这段时期，传统的大学史研究认为当时的大学不仅没有为科学革命的发生起到什么积极的作用，甚至阻碍了科学革命的开展。布莱认为，大学墨守成规和思想僵化，是现代科学进步缓慢的主要原因。当近代科学在大学之外兴起的时候，大学是保守的机构，是陈旧知识的堡垒。教授们以单调的方式讲授着亚里士多德，而那个时候他们应该讲授哥白尼和伽利略。创新性的教学和研究是在大学之外进行的。学生来到大学只不过是为了获得神学或者法律学位，使他们能够进入教会或者政府部门。在大学期间，他们的时间大多花费在娱乐、争吵以及追求城镇中的女性身上。
这种对大学负面的认识首先源自科学革命时代的科学家们对大学的评价。在16～17世纪，有名的科学家都或多或少对当时的大学进行过批评。布鲁诺（Giordano Bruno）曾经希望在牛津大学谋求一份教职，但干了没多久就因为剽袭被牛津大学逐出校门。在《圣灰宴》一书中，他攻击牛津大学的学者是“昏昏沉沉的和学究的肥家伙们。他的对手是不讲文明和不懂礼貌的粗人，一只只有学历的雏鸡”。培根在他的《新工具》（New Organon）中说：“在学校、学园、学院和类似注定要成为学者住所和培养学术的地方的习惯和制度中，一切均和科学的发展背道而驰……因为这些地方，人们的研究禁锢在某些作家的著作中，如果任何人对他的看法持有异议的话，他就会受到排斥并作为一个暴乱分子和革新者而接受审判。”17世纪40年代，清教徒改革家约翰·霍尔抨击牛津大学和剑桥大学：“在哪里我们和机械化学有过联系？……在哪里对实验进行过检验和推理？……在哪里我们持续阅读过关于生物活体或尸体解剖的有关材料，或者亲眼见证任何草药的疗效？”身为医生和炼金术士的约翰·韦伯斯特（John Webster）在他的书中批判大学是“散漫而徒劳无益臆测”的经院哲学大本营，他建议学生应该多花时间研究自然，“把手放在煤炭和熔炉上”。化学哲学家赫尔蒙特悔恨大学时光是蹉跎生命。
为伟大科学家写传记的作者秉承了科学家们的认识。牛顿的传记作者韦斯特福尔（R.S. Westfall）认为斯图亚特王朝后期剑桥大学状况更糟糕：“已濒临知识荒漠的地步”，“在剑桥大学里我找不出任何科研的团体”，“我甚至不能确定存在任何知识团体”。他总结说，在近代早期大学的活动中，“不仅欧洲的大学没有成为科学活动的中心，自然科学不得不在大学之外建立自己的活动中心，而且大学成为了反对现代科学建立的新自然观念的主要反对者”。
伟大的科学家及其传记作者们的认识在很大程度上影响了后来的研究者对大学的判断。玛莎·奥恩斯坦（Martha Ornstein）在1913年研究科学协会作用的时候提到：“除了医学院，大学在17世纪对科学的贡献几乎微乎其微。”默顿在《17世纪英格兰的科学、技术与社会》一书中贯穿着这样的暗示：大学的智识生活如同一潭死水，或至少妨碍了科学的发展和进步。爱德华·多尼尔（Edward Dolnick）套用历史学家丹尼尔·布尔斯廷（Daniel Boorstin）的话说，几百年来欧洲最伟大的大学秉持的使命，“不在发现新的事物，而在传递固有遗产”。20世纪英国著名大学史研究专家阿什比（Eric Ashby）下了这样的论断：“科学革命的历史几乎完全与大学无关……任何情况下，欧洲的大学都不能被认为是科学革命的发起者。”
然而，科学革命真的与大学毫无关联吗？随着科学史界对科学革命的重新认识，大学史新的研究成果不断出现，促使我们去重新评价大学在近代早期科学发展过程中所起的作用。罗伊·波特在《欧洲大学史》（第二卷）中阐释了这样的观点：“如果大学不是科学的绿洲，那么它也不完全是科学的沙漠。”虽然传统的解释并不完全是错误的，但极大地低估了大学在近代科学兴起所需要的社会和知识背景中发挥的巨大作用。
20世纪英国科学家伯纳尔（J. Bernal）在其著作中称：“尽管科学在教育中占有一定地位，但17、18世纪科学的巨大发展并不是因为大学在教育中所拥有的这一地位。就科学知识而言，19世纪中期之前所有的伟大科学家都是自学成才的……科学在古老的大学里并没有立足之地。”科学革命时期那些做出了杰出贡献的科学家真的是“自学成才”的吗？当我们去重新考察科学巨人与他们所处时代的大学之间的关系的时候，我们会得出与伯纳尔不同的答案。
首先，大学是绝大多数科学巨人接受基础教育的场所。除了帕斯卡、波义耳与笛卡尔这三位科学家，近代早期的科学家们都接受过大学教育的系统训练。哥白尼是欧洲大学体系训练出来的典型学者，他1473年生于波兰，18岁到波兰旧都的克拉科夫大学学习医学，在那里产生了对天文学和数学的浓厚兴趣。23岁时，哥白尼来到意大利，先后在博洛尼亚大学和帕多瓦大学攻读法律、医学和神学，1503年获得教会法博士学位。博洛尼亚大学的天文学家德·诺瓦拉(De Novara)对哥白尼影响极大，正是从他那里，哥白尼学到了天文观测技术以及希腊的天文学理论，对希腊自然哲学著作的钻研给了他批判托勒密理论的勇气。哥白尼日心说的强烈支持者约翰尼斯·开普勒，也是在图宾根大学的一位教师迈克尔·马斯特林（Michael Maestlin）的指导之下，才学习到了有关哥白尼天文学的思想。在其著作《宇宙的秘密》一书的导言中，开普勒说道：“基于马斯特林的演讲内容和他自己的思考，就数学角度而言，他逐渐列出了一张哥白尼体系较之托勒密体系优越的清单。”
伽利略，1564年生于意大利的比萨，1581年入比萨大学学习医学。1583年，由于听了几次关于欧几里德几何学的演讲，伽利略很快对数学着了迷。1589年，伽利略获得了比萨大学数学教授职位。1591年，他得到了帕多瓦大学的数学教授职位，他在这个职位上工作了18年。虽然他在大学中任职的薪酬不高，但生活比较稳定，为他后来的科学发现创造了条件。帕多瓦大学那个时候没有神学院，也没有专业的神学家，只有哲学家、逻辑学家、医生、法学家，是探索变革亚里士多德思想的温床。
维萨留斯出生于比利时布鲁塞尔的一个医生世家。1531年，维萨留斯进入巴黎大学医学院学习。由于在课堂上与教授们就盖伦学说的对错发生了争执，巴黎大学在1535年维萨留斯毕业时没有授予他学位。他离开巴黎之后，1536年在鲁汶大学教了一年书，1537年他去了意大利的帕多瓦大学。帕多瓦大学了解到维萨留斯在解剖学方面的独到工作，破例授予他医学博士学位，并聘请他担任解剖学教授。半个多世纪之后，同样是在帕多瓦大学，哈维跟随当时一些最伟大的解剖学家学习，特别是吉罗拉莫·法布里奇奥·阿奎彭登特，后者描述自己在静脉中发现了“瓣膜”。哈维后来说，此发现促使他开始思考一个更大的血液循环系统。
培根13岁就破格进入剑桥大学圣三一学院（Trinity College）学习法律；牛顿19岁作为减费生进入剑桥大学圣三一学院学习，没满27岁就成为剑桥大学数学教授，在剑桥大学工作长达35年之久。约翰·舒斯特认为，牛顿是欧洲典型的被灌输以机械论哲学知识的第一代学生。尽管牛顿在剑桥所受的教育内容基本上仍然是经院哲学和亚里士多德哲学，但他一入学就接触到了机械论哲学。牛顿和其他的同代人在大学里接触到了机械论哲学，因为在当时的剑桥大学，任何一位明智的见多识广的导师或者讲师都熟悉诸如伽利略、笛卡尔、霍布斯和波义耳等学者的作品和出版物。
在近代早期，大学教育与科学声望之间的联系表现得尤为明显。据《科学传记词典》记载，在1450～1650年之间出生的87%的欧洲科学家都接受过大学教育（1450～1550年和1551～1650年这两个时期，数量差不多是相同的，分别是89%和87%。）。这一群体中很大比例的人不仅接受过大学教育，而且还在大学中拥有职位：1450～1650年整个比例是45%（1450～1550年比例是51%，1551～1650年比例是42%）。这是整个欧洲的情况。而在意大利，“不存在没有经过大学培养的自学成才的科学家。”彼得·伯克说：“近代早期大多数的知识阶层和近代的知识阶层一样，并非完全的自由漂浮，而是依附于大学之类的机构。”
其次，在近代科学发展早期，绝大部分伟大的科学家在大学里以教学为职业。在16、17世纪期间，大学为科学家们提供了基本的生活保障——为他们发放薪水（虽然薪水不太高）和提供相对稳定的职位。这一时期，牛津和剑桥大学设立了很多新的教授职位，包括自然哲学、数学、几何学、天文学、物理学、解剖学、植物学等等学科的教授职位。大学还为科学家思想的传播和发展创造了条件——通过教学吸引到了众多青年学生，成为其新思想的继承人。牛顿在剑桥大学学习期间从其老师巴罗那里获得了很多灵感，是巴罗把牛顿引向了近代自然科学的研究领域。1669年，牛顿的老师巴罗辞去了卢卡斯讲座教授的职位，把这个职位留给了不满27岁的牛顿。“在这个职位上，牛顿很有安全感，因为只有犯下像通奸罪、信奉异教、谋杀等严重的罪行，他才会被解除职务。”
再次，大学还为近代科学研究提供了个人所不能获得的资源。经过了几百年的积累，欧洲各个大学的图书馆已经拥有了丰富的馆藏。近代早期，书籍仍旧是奢侈品，科学家个人必须依赖大学图书馆。那个时代，剑桥大学圣三一学院图书馆的藏书超过3000本，除了传统的经院哲学书籍之外，笛卡尔和伽利略的书籍也可以见到。此外，大学还有丰富的自然历史收藏品（植物和化石）、医学上的解剖设备以及昂贵的科学仪器，例如望远镜、显微镜等等。欧洲许多大学还建立了用于教学与研究的植物园，第一批植物园于16世纪40年代出现在意大利的比萨大学和帕多瓦大学，1568年出现在博洛尼亚大学，随之建立的还有药用植物学的教席。服务于医学教学与研究的解剖学实验室也相继在各个大学中建立，最早是在帕多瓦大学（1594年），后来在莱顿大学（1596年）、博洛尼亚大学（1637年）也建立起来。虽然近代早期大学并没有明确的规章制度鼓励集体性的科学探索，但大学在客观上提供了有组织的科学研究场所，也提供了科学思想交流的场所——学生、教授、访问学者汇聚于此并交流思想。
我们今天使用的“科学”一词始创于19世纪。16～17世纪并没有“科学”，有的是被称为“自然哲学”的东西，是描述与解释整个世界体系的学问。这样一种自然哲学的学问，是从12世纪开始就在欧洲各地的中世纪大学得以学习、研讨和传播的内容，是从对亚里士多德思想的接受开始的，并且最终走向了对亚里士多德思想的质疑与反驳。16～17世纪首先发生巨大变革的知识领域是天文学、医学和数学。这些率先在科学革命进程中取得重大进展的领域，恰恰是大学传统课程中的重要组成部分。那么，近代科学理论的创新与大学学科的相关性仅仅只是历史的巧合吗？
从具体的学科内容来说，医学是最没有异议的学科，自大学在中世纪的欧洲出现的那个时代起，医学就是最为传统的科目。近代医学的发展从未离开过大学，所有医学的进展都是在大学中取得的。天文学与数学虽然只是隐藏在中世纪大学文学部“七种自由学科（seven liberal arts）”当中的两个具体学科，其早期的发展具有很强的实用性，但在发展演变的过程中，它们逐渐趋向于成为一个整体，都以数学为基础，逐渐与实用知识脱离开来，变成理论化与抽象化的知识体系。自由学科中的“四艺”（quadrivium，即算术、几何、天文、音乐），其核心内容恰恰就是数理知识。科学革命时期最先取得理论突破的学科都是在中世纪自由学科的基础上发展而来的。只有那些经过中世纪大学系统研习和积累的学科才在近代大放异彩，天文学、数学、物理学等等正是在中世纪大学自由学科不断理论化的过程中逐渐分离出来的。
从大学的研究和学习方式上来说，对亚里士多德学说的批评、反驳和修正，正是近代科学理论体系出现的重要途径。传统的观念认为，近代早期的大学仍然坚守着中世纪大学对亚里士多德理论的学习。所以，当过度崇拜某种知识而将其奉为不容置疑的真理时，原本能够向前发展的知识就会变得僵化和停滞。亚里士多德的逻辑学知识一直被树立为权威形象，其自然哲学和形而上学的思想在文学部教师的强烈抗争下也逐渐被教会接受而成为正统思想，这在中世纪社会是伟大的进步。但是当亚里士多德成为不可撼动的权威后，其思想就开始与经院哲学一道束缚人们的思维。这也是为什么17世纪以后几乎所有的学者都以亚里士多德理论为批驳的靶子的原因。
从另一个角度来看，对亚里士多德的批判正是以对亚里士多德的吸收为前提的。科学革命一个最伟大的转变就是对亚里士多德学派关键理论所进行的一系列反驳。亚里士多德的学说中也有不少错误的结论和思想，这是对现代科学发展的不利因素。近代早期大学对亚里士多德的批判和挑战，正好客观上起到了把科学从亚里士多德物理学的桎梏中解放出来的作用，为其他学者的创造消除了羁绊，为近代科学的出现铺平了道路。到了17世纪下半期，大学的教学虽然仍然遵循传统经院哲学的路径，但实际上有关亚里士多德形而上学思想的教学内容越来越少，而有关新科学的教学内容越来越多。大学教科书的参考书目中更多出现了哥白尼、开普勒和伽利略的作品。大学的自然哲学教学甚至导致长期建立起来的经院秩序在整个欧洲的解体。17世纪后期的大学对于笛卡尔哲学的接纳，以及18世纪大学对于牛顿自然哲学体系的接纳，充分显示了他们对于变革的接受能力。“旧瓶装新酒”，科学革命的新酒装到经院哲学的旧瓶子当中去了。譬如，16世纪60年代，在德国的维腾堡大学，修读自然科学的学生们广受哥白尼观点的熏陶，该大学的硕士生不但会在课本中见到哥白尼的行星模型及评价，而且还被公开地鼓励研读《天体运行论》。哥白尼去世以后，对其思想的研究、教学和尝试性批判在大多数大学仍然没有停止，一直到1616年，持续了将近四分之三个世纪。
相反，17世纪的科学革命中，那些处于大学学科之外的探索并不太成功。例如，大多数历史学家都否认化学领域曾经经历一场根本性的革命。直到17世纪后期，由于偶然的原因，化学被列为一门大学课程，并主要由一些炼丹家和药剂师之类的人讲授。到18世纪后期，拉瓦锡才推翻了错误的燃素说，提出了燃烧的氧化学说。他的工作被戏称为“迟延的化学科学革命”。属于“七艺”范畴的学科，是大学里教得最多、研究最多、争论也最多的学科，在理性和形而上学的交流中，更容易获得革命性的突破。而主要在大学外进行研究的应用性、描述性、经验性较强的学科，由于无法获得清晰的概念、无法建立自身的理论体系，因此在那个时代也就无法经历一场类似“哥白尼式的革命”或“牛顿式的革命”。
托比·胡弗认为，“科学革命是西方大学及其课程研究的独特结构的产物。”他引用保罗·诺尔（Paul Knoll）的话说，早期“中世纪的大学并非场所；它们是生存状态、论文交汇点，其实体并不依赖于有形地点，而在于特权、辩论和个人。”欧洲古老的大学传统培养出来的学者所进行的研究及学术辩论造就了天文学革命和权威变革，并解决了那个时代最重要的形而上学问题。爱德华·格兰特说，“无论17世纪的大学是什么状况，这些令人敬佩的机构已经完成了它们的基础性工作。它们已经塑造了西欧的思想生活，其影响无处不在。”
在科学家们的努力之下，科学活动逐渐在17世纪变成了一件时髦的事情，它得到越来越多王公贵族、社会名流的关注。在他们的资助之下，一批促进科学研究的机构相继建立起来。最早的科学社团创立于意大利，17世纪成立了数十个。1560年意大利人波尔塔（1535－1615）创立“自然秘密研究会”；1657年佛罗伦萨成立“齐曼托（Cimento, 实验）协会”；1663年“以促进自然知识为宗旨”的英国皇家学会成立；1666年巴黎科学院经路易十四批准成立，国家提供经费和津贴；1700年柏林科学院在莱布尼兹（1646－1716）的努力下正式成立……奥地利数学家玛尔塔·奥恩斯坦（Martha Ornstein）在其著作《科学社团在17世纪的角色》中指出：“为了渗透到人们的思想生活中，科学需要的有组织的支持并非来自大学，而是来自它为自己创造的那些合作活动形式——科学社团。”
不可否认的是，17世纪的大学确实出现了科学家大量流失的现象。哥白尼离开了哥本哈根大学，获得丹麦国王的资助创建自己的科研机构；伽利略在赢得声誉以后离开帕多瓦大学，成为了佛罗伦萨的宫廷数学家；牛顿放弃了剑桥大学教授的职位而出任伦敦铸币厂的首席工程师。对当时的科学家们来说，新的科学研究机构是比原来他们所在的大学更为理想的进行实验科学的场所，能够使他们从枯燥的教学工作、宗教审查或者参加圣职授任仪式这样的活动中解脱出来，而拥有更多的时间和精力从事科学研究活动。对科学自身的发展来说，学会性的科研机构成为科研活动的推进器和科学信息交流中心，它们凭借科学出版物成为国际性的科学知识传播和知识产权登记的渠道。但是，有一门学科的教学和发展一直是完全以大学为中心的，那就是医学。自中世纪以来，欧洲内科医生的教育一直是在大学里进行的，并且大多数解剖学、生理学和医学理论方面的重大进展均是在大学环境里发生的。
科学社团的出现顺应了时代的需要，使科学家们找到了最适合他们进行思想交流与活动的舞台。但这是否意味着传统的大学已经无足轻重、可以退出历史的舞台了？18世纪萨瓦的哲学家和神学家热尔迪（Hyacinthe-Sigismond Gerdil）提到了这样一种观点：“科学协会的精神和大学的精神之间实际上并没有真正的对立，只不过是强调不同的方面而已。大学的目的是为了向学生传播科学知识；科学协会的目的是为了更好地探究和发展科学知识”。虽然科学社团在科学的制度与社会方面取得了很大的进步，但大学仍然是科学家们首选的教育场所，也是某些学科首选的研究场所。虽然大学必须向学生们传授与主流文化相一致的知识，但这并没有阻止科学在某些学科获得根本的进展。医学这个学科就是最典型的例子。笛卡尔的学说似乎生来就是一种与大学界对抗的学说，但它的成功传播也应该归功于众多大学人士的信奉。他们借助一些著作、论述、学位论文、开设的课程等，创立了一个具有巨大影响的学派，竟然最后颠覆了亚里士多德的自然哲学在整个欧洲大学里一直拥有的无可争辩的统治地位。笛卡尔学说之所以在欧洲许多国家传播如此成功，以至于成为18世纪学生研究自然现象唯一的理论依据，可以说，大学的知识传承与人才培养职能功不可没。
有证据表明，许多杰出的大学教授常常也是新的科学社团的创建者。科学社团是某些对科学感兴趣的个人所构成的群体建立的，正是这些人的大学教育经历将他们联系在一起。例如英国皇家学会的41个创建者当中，22个是牛津的毕业生，5个是剑桥的毕业生，10个曾在这两所大学中都学习过。据亨特（Hunter）统计，更通常的情况是，17世纪晚期，《科学传记辞典》当中提到的65个英国出生的杰出科学家中，至少75%的人在牛津和剑桥大学接受教育，另外6%的人是其他大学的毕业生。科学学术团体的建立，并没有从整体上威胁到大学的地位。更多的时候，两者之间是互为补充的关系，科学社团激励了科学的创新，而大学将科学创新的成果传递给更多的年轻人，保证科学创新的延续性。新的科学团体和科研机构可能在17、18世纪更好地满足了科学研究的需要，但到了19世纪，当德国大学将科学研究职能正式引入到大学制度当中去的时候，这些17、18世纪建立的科学团体便黯然失色。
科学史领域已经取得了许多新的研究成果，改变了学界对于科学革命的传统看法，这促使大学史研究者重新认识近代早期大学角色的传统叙事。大学这个在中世纪出现并且近代早期已遍布欧洲各角落的教育机构，是近代早期社会-文化历史语境中的重要组织与制度。传统史学认为，大学墨守成规和思想僵化是现代科学进步缓慢的主要原因，这样的观点应该得以纠正。近代西方科学的进步，并非游离于大学组织之外的理性科学巨人与大学之中顽固保守分子之间斗争的结果，而是与已有的大学组织存在密切的关系。近代早期遍布欧洲的大学在西方科学的兴起过程中扮演了重要的角色。
欧洲的大学，在经历了中世纪的制度创新以后，大刀阔斧的改革确实在近代早期已不复存在。近代早期的大学运行，更多依赖传统与惯例。虽然大学的组织体系看起来惰性重重，课程内容与教学方法仍然较多延续着中世纪的传统，但这并没有妨碍科学家的培养，并没有阻止科学在某些学科获得根本的进展。科学家们大都接受过大学教育，并且从其教师的教学中受到启发，而近代早期大学又为他们未来的生存提供了职位和稳定的薪水、图书馆、昂贵的实验器材，通过大学的教学工作，为他们吸引到了众多青年学生，成为其新思想的继承人。他们共同的受教育经历也给他们创造了组建科学社团的契机。新兴科学社团与大学之间并非竞争而是互补的关系，科学社团虽然为科学的创新提供了便利的条件，但却是大学将科学社团的创新成果与思想传递给了更多的年轻人，使得科学的创造能够得以更好传承与发展。
从中世纪开始，欧洲大学在知识传统上的多元化色彩，造就了不同地域的大学对科学的发展有着截然不同的贡献。法国的大学的确相对更加保守一些，但在意大利，科学研究主要就是在大学里进行的。近代科学理论的创新与大学的传统课程之间有着极大的相关性，率先在科学革命进程中取得重大进展的领域，恰恰是大学传统课程中的重要组成部分。对亚里士多德的批判正是以对亚里士多德的吸收为前提的。在近代早期的大学中，即使是在同一个学者身上，科学思想与非科学思想并不是简单并列或者彼此无关地存在着的，而是一个相互支持、相互确证的有机整体。在大学中，旧的亚里士多德传统与新的数理和机械论哲学并非截然对抗互不相容，在大学的师生们对二者共同的教学、辩论和研究的过程中，大学逐渐走向了新实验方法的探寻、新宇宙观的形成和新科学的建立。而大学组织独特的法人制度，为科学知识的传承与创造提供了中立的空间，使科学家们的科学行为得以在最大程度上免于宗教和政治审查干扰，为近代科学持续不断的创造力提供了充分的保护。
探寻大学在近代西方科学兴起过程中所起的作用，有助于在大学史与科学史的研究之间架起一道桥梁，不但为新科学史的编写提供了更丰富的背景与素材，也为大学史研究提供了新的视角与诠释。
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