洪武十四年（1381年），在明太祖朱元璋对元梁王把匝剌瓦尔密数次招抚不成后，他开始部署武力攻占，在朱元璋的部署中，明军兵分两路合击，由傅友德、蓝玉、沐英会师湖广西进；郭英、胡海洋率军从四川南下。
在明军云南之战中，元军节节败退，洪武十五年年初（1382年），元朝末代梁王把匝剌瓦尔密自杀身亡。元梁王死后，沐英、蓝玉、傅友德分兵扫荡各地，不久全滇正式官宣平定，这件事在历史上称之为“明军平滇”，之后不久，沐英被明太祖安排世镇云南，自此明王朝开始对云南大片区域实行有效统治。
明军攻入云南在当时有极其重大的意义。历代以来，中央政权对云南的统治一直处于不稳定统治的状态。从汉武帝经略云南到明太祖平滇的一千多年里，中央大部分对云贵一带发动战争是为了获得名义上的归属或者是说宗主权，甚至于在这段时间内，还出现了诸如南诏国、大理国等割据政权。
明黔宁王沐英像
汉习楼船，唐标铁柱，宋挥玉斧，元跨革囊。这短短的十六个字概括了数千年来中央政权对云南的历史，从战国时楚国设立黔中郡，又派大将庄蹻入滇开始，开始了对云南的经略，之后的汉、唐都对云南有想法，但一个没能深入统治，一个因为吐蕃的威胁支离出了一个南诏国，到北宋时，宋军甚至连大渡河都没过就和云南握手言和了。
到明王朝时中央王朝才算能对云贵高原大部分地区进行有效统治，从楚国设置黔中郡开始到明朝初年，也有一千多年了，而导致这个现象的原因，有很多方面。
君王的不重视
《续资治通鉴·宋纪》里记载了这么一件事：
“王全斌既平蜀，欲乘势取云南，以图献。帝鉴唐天宝之祸，起于南诏，以玉斧画大渡河以西曰:此外非吾有也!”
这也是宋挥玉斧的由来。云南，在赵匡胤眼里不过是难以统治的化外之地罢了，而在中国古代，持赵匡胤相同看法的君主并不在少数。
两汉时，中央王朝虽然对云南的统治并不深入，但至少有郡治实行辐射统治，《后汉书·地理志》记载：
永昌郡“户二十三万一千八百九十七，口百八十九万七千三百四十四。”
甚至到了西晋泰始六年（公元270年），分益州的建宁、云南、兴古交州的永昌共四郡改设宁州。宁州统括今天大部分的云南地区。
《晋书·地理志》、《宋书》、《南齐书》等都还有记载宁州的几个郡，但在之后却几乎绝于史书，由于向来中央对云贵的统治不深入以及放任自流，在那时基本上南朝已经选择放弃了云南和贵州大部分地区。
西晋宁州图
自成一体的地缘
云贵高原的地形很独特，且高原上方群山纵横，起落极大，因为地壳断裂而陷落成的山间构造盆地，最初积水成湖，后淤积成平原，这在云贵地区被称为坝子，这样的地势给了云南独立而又优越的农业条件，这是割据的基础。
而且，云南的地形天然形状就相对突出，从云南往北到四川，北面是峰峰相连的横断山脉，从西北进入云南的道路崎岖不平，很难进入，而往南到越南老挝、往西到缅甸，也都有很明显的地理阻隔。
即便是相对平坦的云南—广西、云南—贵州等通道，又多是少数民族的聚集地，与中原政权形成了一道完美的缓冲，这种现象到明代中后期仍然没有改变。
与李化龙合力剿平播州杨应龙叛乱，彻底消灭了盘踞播州八百余年的杨氏土司的贵州巡抚郭子章在《黔记》中说：
“盖贵州乃古罗施鬼国,地皆蛮夷,山多箐广,流水涵渟,土无货殖,通计民屯仅十四万石,为天下第一贫瘠之处,官戎岁给仰于湖广、四川二省、盖本非都会之地……我朝因云南而从此借一线之路,以通往来。”
在这里放一张云南不加建筑物标注的地形图，就能发现这种现象尤为明显。
云贵高原地形图，地理阻隔几乎是云南省界
地理上的阻隔带来了文化上的阻隔，自南朝放弃云贵地区以后，自元军入滇已经有了七百年。从南诏到大理的数百年里，云贵一带已经孕育了区别于汉地独有的文化，这给明初的治理与统合带来了不小的难度，好在百年不到的元朝虽然没对文化方面产生太大撼动，却先一步对大理的行政机构改革，为明朝彻底结束云南游离于中央的状态打好了基础。
蒙古灭大理国时，或是出于统治的无奈，一向习惯下狠手的蒙古人却一改以往的作风，保留大理王族段氏对于云南的统治。
在云南建省之后，赛典赤用三十多年的时间，清除云南各部残余，想要真正建立起有效的统治，将军事单位万户府、千户所改置路、州、县等行政单位。
“为路三十七、府二，属府三，属州五十四，属县四十七”
在这个基础上，元朝迁移契丹人、色目人迁移到云南居住，同时派遣宗室梁王镇守昆明，后来元朝还以云南为基础同蒲甘王朝作战。
但由于当地势力太过复杂，也只能与当地土司和光同尘。元政府统治下的云南，虽有行省之名，但实际上国家的触手并没能伸到云南的基层，云南的基层统治还是以土司为主。
昆明滇池
在元朝手里接手云南的明太祖朱元璋，显然对先前政府对于云南近乎羁糜的统治并不满意。不得不说，朱元璋的眼光是相当毒辣的，要彻底将云南纳入统治，要做到以下几点：
一.是要打散原本段氏在云南的根基和统治。
二.则是要将云南独立的文化不人道的消灭掉。
三.在云南核心统治区以外设置屏障。
段氏统治根基的摧毁
在平定云南之前，明太祖朱元璋首先命令傅友德、沐英等人在平定云南战役中拒绝段氏割据的要求，在元梁王自杀以后，傅友德也的确是这么做。
“大明龙飞淮甸，混一区宇，陋汉唐之小智，卑宋元之浅图，大兵所至，神龙助阵，天地应符。汝段氏接武蒙氏，运已绝于元代，宽延至今，我师已歼梁王，报汝世仇，不降何待？”
——《明史》
同时在攻下云南之后大军留守，同时布置部分兵力作为长期镇戍力量，分散云南各地，改变元朝对于云南的辐射统治，统治建立基层组织取代部分原有的基层组织。可以避免像唐高宗设立熊津都督府后很快丢失的情况。于是，明太祖下了这么一道诏令：
“谕友德等，以云南既平，留江西、浙江、湖广、河南、四川都司兵守之，控制要害，考元时所留兵数并计岁用及税粮徭役之法与凡事，便宜以闻。”
这道诏令沿袭了明军一贯对于新占领地的做法，以平定云南军中的地方卫所军留镇，加上元朝残留的军力辅助，分控各大城市及军事要塞。此时明朝的卫所制度已经成型，都司和卫所独立于行政机构，作为军事机构从基层起独立存在，不作民籍管理但都司兼管民事。
此时江西、浙江、湖广、河南、四川都司兵成建制的搬运到了云南，形成了新的地方组织，不同于元代统治集中于昆明，但几乎所有路、府、州、县的官员，基本都由原来的民族首领担任。在朱元璋的组合拳下，段氏被彻底打散，都司兵大规模渗透云南地方，同时各州府县设置流官，云南大片地区开始被中央实际统治。
明代云南布政司（不含“三宣六慰”）
移民实滇，沐英暴力消灭文化
主导平定云南的傅友德在战役结束以后，发现云南地区图籍失考、残兵不存，这种情况下，他向皇帝朱元璋建议要加强中央对云南的统治，仍然是要设置卫所，屯留重兵驻扎。
朱元璋在经过深思熟虑之后，他给在云南的沐英下了一道诏书：
“云南虽平，然诸蛮之心尚存疑贰，大军一回，恐彼相扇为祸。尔其留镇之，抚绥平定，尚召尔还。”
明太祖朱元璋为了将云南错综复杂的势力彻底收服，推行中央制度各项制度，加强中央统治，他决定延长将领的驻守时间。留下沐英主导云南各项事务，同时傅友德、蓝玉等也暂时留下处理平滇的诸多事宜，次年还朝。
当时的云南，实际上有着相对独立的文化，在南诏、大理六百年的统治时间里，以汉字的偏旁部首创立了方块文字僰文，有着大量的典籍，论及与中央的渊源，远不及“诗书典章俱与内陆同”的安南。
虽然暴力摧毁文化在今天并不提倡，但在当时确实是最有效也是最快的办法。为了让云南完全纳入中央统治，在三人共同在云南期间，明军发起了大规模的文化毁灭行动，将南诏、大理数百年来用僰文写成的史书、典籍尽数搜集毁灭，将云南地区发展为独立政权的文化条件彻底扼杀。
而傅友德、蓝玉班师以后，沐英镇守云南的考察期内，沐英治理云南的成果可以说相当喜人，除了剿灭了数次土司叛乱以外，沐英在朱元璋的授意下主持了迁徙人口、建设军屯等工作，数百万人从南直隶（今江苏、安徽）、浙江、江西、湖广等地进入云南，这一举措改变了云南的人口比例。
从此之后，云南少数民族虽然众多，但汉人始终是多数，再加上对于文化上的消灭，汉文化在少数民族中也日渐成为主流。
同时明朝政府调整了对云南的管理方案，将云南险要之地划归其他省份管理，今天的昭通市和曲靖市大部地区划给四川来管理。此后的云南，再无割据的能力。
最后的保障：云南外徼
在沐英的不懈努力下，这些举措顺利实施，成功改变了云南地区的民族比例，完善了明朝在云南的镇戍体系。
但以太祖朱元璋的性格，比然想要事事有保障。这样一来，以云南内陆设府、州、县，实行以流官为主，在边远地区则建立宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司、“御夷”府州等，由土司管辖相结合的统治方式正式确立。
元代云南账面疆域广阔，但实则大多数地方以羁糜为主。明代在这方面并不满足，除了要实治云南核心地带以外，从明太祖到明太宗期间，明朝在元代云南的基础上又设立了大古剌、底马撒、底勿剌等三个宣慰司，“三宣六慰”成型，明朝疆域账面上包括了今日的缅甸。
明初“三宣六慰”图
以“三宣六慰”形成的云南外徼，是明代云南核心地带以外的羁縻统治地区。明朝洪武年间，在云南承宣布政使司下除了正式府州，还设有南甸、干崖、麓川平缅三个宣抚司
明朝洪武年间，在云南承宣布政使司下除了正式府州，还设有南甸、干崖、麓川平缅三个宣抚司，及木邦、孟养、缅甸、八百大甸、车里、老挝六个宣慰司。 永乐年间又设有底兀剌、大古刺、底马撒三个宣慰司 。这就是所谓“三宣六慰”。
这些地区是由土司完全统治的，但至少名义上归属明朝管辖，在有明一代，也有很多对于“三宣六慰”土司的调动记录，土兵也要接收朝廷的调遣，同时要承担朝廷的“征役差发”和“贡赋”的多种职责，账面上和名义上归属明朝并没有问题。
云南外徼建立以后，在很长一段时间都是承担拱卫明朝西南的职能，谈及生变和兵祸，也是嘉靖年以后的事。而随着云南外徼的完备，明朝在云南的统治完全牢固，云南成为了我国不可分割的重要部分，延续到了今天。
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