一般而言，涉嫌违规的增值税专用发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。增值税专用发票进项税额并非可以全额抵扣，是否可以抵扣需视情而论。增值税一般纳税人在增值税会计核算和纳税申报环节普遍存在着发票开具内容不规范，原始资料不齐全，扣税凭证不合法等一系列问题，从而使得抵扣进项税额的不确定性增大，增值税相关税务风险由此产生。凡属于上述涉嫌违规的发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由税务管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。因此，增值税一般纳税人还需密切关注增值税相关政策法规，熟悉有关增值税一般纳税人进项税额抵扣税收政策，准确把握增值税抵扣的限制性条件要求，具体操作还需结合当地税收政策，视情处理进项税额抵扣事宜，谨慎操作增值税纳税申报。笔者经归纳分析确认，涉嫌违规的增值税专用发票，六种情形可以采取补救措施抵扣其进项税额。
◢异常专用发票：尚未申报抵扣经核实符合规定的，允许纳税人继续申报抵扣
●税收风险分析评估中，主管税务机关发现增值税一般纳税人存在购进、销售货物（服务）品名明显背离，虚假填列纳税申报表特定项目以规避税务机关审核比对等异常情形的，应及时约谈纳税人。因电话、地址等税务登记信息虚假无法联系或两次约谈不到的，纳税人主动联系主管税务机关之前，主管税务机关可通过增值税发票系统升级版暂停该纳税人开具发票，并将其取得和开具的增值税发票列入异常增值税扣税凭证范围，录入增值税抵扣凭证审核检查系统。
●《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证抵扣问题的通知》第二条规定，主管税务机关应对纳税人取得的异常凭证进行调查核实。尚未申报抵扣的异常凭证，暂不允许抵扣，经主管税务机关核实后，符合现行增值税进项税抵扣规定的，应当允许纳税人继续申报抵扣。已经申报抵扣的异常凭证，经主管税务机关核实后，凡不符合现行增值税进项税抵扣规定的，一律作进项税转出。
◢失控专用发票：通过协查确认销售方已纳税，依据书面证明及协查回复抵扣进项税
失控增值税专用发票是指防伪税控企业丢失被盗金税卡中未开具的专用发票以及被列为非正常户的防伪税控企业未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票。增值税一般纳税人取得失控专用发票，其进项税额不允许抵扣。
如果经税务机关按非正常户登记失控专用发票后，一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，其主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。经查属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证抵扣进项税额。
《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函[2008]607号）规定，购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。根据上述规定，对于取得失控专用发票，需由企业主管税务机关通过协查，确认销售方已经申报纳税并取得销售方主管税务机关出具的书面证明及协查回复后，才可抵扣进项税额。
◢虚开专用发票：善意取得的重新开具专用发票，准许其抵扣进项税款
●纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，是指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。《关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）中明确规定，必须同时满足以下条件，才可认定为善意取得虚开的增值税专用发票；1、购货方与销售方存在真实交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；2、没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。为保护纳税人的合法权益，对于善意取得增值税专用发票的纳税人，不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
●同时符合三种情形的，不属于虚开增值税专用发票
《关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》国家税务总局公告2014年第39号明确，纳税人通过虚增增值税进项税额偷逃税款，但对外开具增值税专用发票同时符合以下情形的，不属于对外虚开增值税专用发票：一、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务；二、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；三、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具的。受票方纳税人取得的符合上述情形的增值税专用发票，可以作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。
●重新取得合法有效发票,准许其抵扣进项税款
《关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》国税函[2007]1240号第一条明确，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。
◢遗失专用发票：已认证相符凭记账联复印件及《已报税证明单》抵扣，未认证凭记账联复印件及《证明单》抵扣留存备查
●增值税专用发票丢失，是在增值税一般纳税人经营过程中经常发生的。在丢失了增值税专用发票后，首先应分清丢失发票的责任。如是购买方的责任，需要求对方出具丢失发票的说明或主管税务机关对其未按规定保管发票行为的处罚证明，然后分下列情况处理。
●增值税一般纳税人将取得的专用发票“抵扣联”丢失的，其进项税额不允许抵扣。但如果丢失前已认证相符，可用“发票联”复印件作为“抵扣联”留存备查;如果丢失前未认证的，可用“发票联”到主管税务机关认证，将“发票联”复印件留存备查。增值税一般纳税人将取得的专用发票的“发票联”和“抵扣联”全部丢失的，其进项税额不允许抵扣。
●丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，经税务机关审核同意可作进项税额抵扣凭证。
《关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》国家税务总局公告2014年第19号,明确了简化丢失专用发票的处理流程：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
◢逾期专用发票：因客观原因造成扣税凭证逾期，可按规定申请办理逾期抵扣手续
增值税一般纳税人取得增值税专用发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。纳税人未在规定期限内认证申报抵扣进项税的，其进项税额不得抵扣。考虑到实际执行中的特殊问题，国家税务总局规定有两种情况可以继续抵扣进项税额。《关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告国家税务总局公告》2011年第78号规定：
●增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣；实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人以及实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人，取得的增值税扣税凭证稽核比对结果相符但未按规定期限申报抵扣，属于发生真实交易且符合本公告第二条规定的客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。
●增值税扣税凭证未认证或未采集上报信息，且逾期即超期申报扣税凭证的，根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）规定，增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
●客观原因包括以下五种类型：
1.因自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣；
2.有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续；
3.税务机关信息系统、网络故障，导致纳税人未能及时取得认证结果通知书或稽核结果通知书，未能及时办理申报抵扣；
4.由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致未能按期申报抵扣；
5.国家税务总局规定的其他情形。
●增值税一般纳税人发生符合规定未按期申报抵扣的增值税扣税凭证，可按照《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣管理办法》的规定，申请办理抵扣手续。
◢涉嫌违规发票：税务机关责任及技术性错误造成的，允许抵扣增值税进项税额
《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号）规定，防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票分无法认证、认证不符、密文有误、重复认证、认证时失控、认证后失控和纳税人识别号认证不符（发票所列购买方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）等类型。属于无法认证、纳税人识别号认证不符和认证不符的发票代码号码认证不符（密文与明文相比较，发票代码或号码不符）的发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销售方重新开具。属于重复认证、密文有误和认证不符（不包括发票代码号码认证不符）、认证时失控和认证后失控的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
《关于修订增值税专用发票使用规定》（国税发〔2006〕156号）进一步明确了上述规定。增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分比对不符、缺联和作废等类型。凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由税务管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
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