自然只有一个，关于自然的科学必然只有一个；人体只有一个，关于人体的科学必然也只有一个。因此，不管现在中医和西医怎样矛盾，但最终都要汇通如一，成为统一的医学体系。现在的问题是，这种汇通如一是以中医为主，还是西医为主？
在探讨这个问题之前，我们先要了解中西医的区别：
中西医分别是建立在两个完全不同的科学体系之上的，西医根源于西方科学，这是一个用少数几种基本粒子的不同组合来解释世界的理论体系，科学家们认为，只要还原出那几个基本粒子，自然规律就找到了，西方科学就是在这种还原论思想上发展起来的，与此相对应，西医也是在对人体基本结构的不断还原基础上发展起来的。
中医根源于东方科学，这是一个用统一的一种物质有序和无序变换的规律来解释自然界一切的科学体系。即然万物归一，自然规律肯定不是东西，而只可能是一个无形无象、无所不在的原理，它是用还原论方法得不到的，要正确地认识它，唯有通过哲学的思辨，中医就建立在这种思辨体系之上。
西方科学至今也没有发现终极的自然规律，研究基本粒子，发现最终都转化为了同一种更基本的东西——能量；研究生物结构，发现最终都是同样的基因和DNA，甚至都是由同样的原子组成的。现在的科学家，基本上都根源量子力学延伸出的不确定原理否定必然性规律的存在，当然西医学上也否定决定人的自然规律的存在，所谓的西医不过是人体基本结构的一种总结。
东方科学早在几千年前就发现终极的自然规律，用中医的语言，它就是统一物质（气）有序（阴）和无序（阳）变换的规律；用哲学的语言，它就是整体决定局部；用系统科学的语言，每一个物质系统都是在反抗外在世界变化中存在的，可外在世界的力量是不可抗拒的，物质系统要想存在与发展，就必须在与外在世界变化的对立中不断寻求与它在变化上的统一。
西医认识人体的方法论就是还原分析，中医认识人体的方法论就是系统间的类比。中西医的区别只有两点，一个是对人与自然关系的认识，一个是驿整体与局部关系的认识。西医基于观察不到就不存在的理由否定了这些关系，最终把疾病的原因单调地归于局部的细胞病变之上。而中医恰恰是建立在对这两种关系的把握之上的，认识到了人与自然的关系，就得出了疾病的外因是人与自然的矛盾激化，认识到了整体与局部的关系，就得出了疾病的内因是不平衡引起的整体管理失控。
对病因的认识不同，当然医学体系也就矛盾重重了。西医治病，用的是外力，用外力杀死病变细胞就是西医的全部。而中医治病，用的是整体的力量，各种治疗方法都不过是恢复整体管理的一种手段，因为按照整体决定局部的大自然规律，只要恢复了整体的管理，病变细胞就会在整体力量的控制下改邪归正，而中医本质上就是一门恢复整体管理的学问。
说句实话，中医从来不排斥西医，只是认为西医迷信精密仪器，不承认观察不到的关系。只要西医能够正确认识这两种关系，中西医就汇通如一了。因为认识到这两种关系，西医就能够认识到它对病因认识上的错误，当然也能够认识到治疗方法论的错误，进而认识到中医对病因认识的科学性和治疗方法的科学性。
现在的问题是，精密仪器观察不到就一定不存在吗？当然不是，就拿人与自然的关系来说，既然自然变化能够引起地球上的海水潮汐效应，难道就不会引起人体组织液的潮汐效应吗？大量事实也证明，人的死亡时间往往和潮汐效应有着密切的对应性。同理，整体与局部之间没有关系吗？当然不是，生物之所以能够称之为生物，就是因为生物当中有着一种特殊的普遍联系方式，即依赖自由氢质子在水分子链上的快速递进，通过包络在无机离子周围有序水层的周期组织与离散传递信息。人体各组织之间就是靠这种普遍联系方式有机地统一起来的。
显然，西医对病因的认识是错的，治疗的方法论也是错的。而中医对病因的认识更科学，治疗的方法论也更科学，中西医汇通如一，必然也是中医包容西医为基础的。即以中医理论为基础，采用西医先进的科学手段，使两者统一为一个医学体系。
事实上，从东西方科学的前提假设上也可以认识到，东方科学必然会包容西方科学，因为西方科学的前提假设与自然的事实不符。比如，它假定了空间的空无一物和对称，可越来越多的科学家相信空间不空，它连续着不对称运动的混沌物质；它还假定了少数几种基本粒子的存在，可事实上，质能转换现象已经无可置疑地说明，万物归一，根本不存在基本粒子。前提假设错了，当然建立在这个假设之上的西方科学也就站不住脚了。
与西方科学不同，东方科学是建立在气一元论假设之上的，它一是相信物质在空间中的连续性，二是相信物质彻底的统一性，也正是如此，它才会从一开始就走向系统论科学，中医就是建立在这个系统论科学之上的。
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