在不同的文化传承当中，神话传说跟人类发展往往有着密切联系，中国人自称为炎黄子孙，夏朝建立时，中国人就已经在黄河定居，而在日本神话起源当中，日本岛屿和诸神，是伊邪那岐命和伊邪那美结合所生。
其中之一神为天照大神，也就是现任天皇认可的始祖，在《古事记》记载中，第一代为神武天皇，公元前660年前建国，但日本第一代天皇至13代天皇，只有在《古事记》有记载，在其余的文献当中找不到任何记载，这13位天皇应该是为了从神过渡为人而虚构出来的人物，因此日本人的起源依旧未定。
如今说法最多的就是徐福东渡，徐福东渡最早见于司马迁的《史记》，徐福被称为“齐人”“方士”精通航海，公元前219年，秦始皇在泰山封禅刻石，结束后又一路赶往了渤海，抵达芝罘岛，秦始皇见到了一些若隐若现的山川。
徐福就上书说，海中有蓬莱、方丈、赢洲三座仙山，有仙人居住，可以求得长生不老药，在《史记·封禅书》说：“天下名山八，而三在蛮夷，五在中国”，“三”就是指着三神山，此时的中国有中原、中土的意思。
徐福第一次出海受阻，第二次出海不仅仅带着三千童男童女，《史记·淮南衡山列传》还有：仙人索取“百工之事”遂“资之五谷种种百工而行”的记载，这次徐福带走了五谷杂粮、工匠、古籍、中草药等等。
但是徐福一去不复返，目前在史学界普遍认为，徐福确实有可能东渡日本，日本弥生时代（秦汉时期）之前是没有文字的，以陶器文化为主，但日本发现的弥生遗址中出土了大量的铜剑、铜鉾、铜铎。
这些铜器制作的工艺都来自中国，这说明秦汉时期已经有中国人东渡日本了，在日本还有“避秦男女渡三千，海外蓬沄别有天。镜玺永传笠缝殿，倘疑世系出神仙”一诗，并注有日本传国重器三：“曰剑、曰镜、曰玺，皆秦制也”的记载。
徐福带去了五谷杂粮拯救日本列岛饥饿的人，稻米的传入，结束了日本的渔猎生活，又治疗了患病的人，因此日本尊徐福为“农神”“医神”，在《日本国史略》也是有提到“孝灵天皇七十二年，秦人徐福来”。
徐福达到日本之后，没有找到长生不老药，就在日本居住了下来，为了避免被秦始皇追杀，后人改姓为“秦”“佃”、“福田”、“羽田”、“福台”、“福山”等姓，而巧合的是，在徐福家乡连云港的云台山脉，这些姓氏跟山脉又有着奇特的渊源。
目前日本和歌山县新宫市也还有秦姓的日本人，在家中门口楼上还刻着“秦”字，这些人或许还真是徐福的后代，但在徐福来之前，日本人似乎就已经存在了，在《山海经》或是周朝文献《海内北经》当中也有：“盖国在钜燕南，倭北。倭属燕”的记述。
《山海经》的多篇记述也是写了中国人向着海外迁移的，而在日本北海道生活着一群阿伊努人，他们被日本人称为虾夷，这些人大概是最古老的日本人了，在基因检测当中他们被认为是弥生人的直系后代。
日本来源大概是弥生人、渡来人的后裔，不过大部分的日本人都是两者结合产生的后代。
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