焚书坑儒挫折了“百家争鸣”的生动局面，毛泽东也分析过先秦诸子“百家争鸣”走向衰落的原因。
1958年11月20日，毛泽东召集柯庆施、李井泉、王任重和陶鲁笳等四人，到他在武汉东湖畔的住所开座谈会。
在这次座谈会上，毛泽东详细地谈了自己对商纣王、秦始皇、曹操这三位历史人物的评价。
谈到秦始皇，毛泽东说：人们从书中得知，秦始皇有焚书坑儒的恶行，因此把他看作是大暴君、大坏人。焚书坑儒当然是坏事，它把蓬蓬勃勃发展起来的百家争鸣的生动局面给挫折了。但我们对什么事都应当有分析，秦始皇并不是不问什么书都焚，也不是不问什么儒都坑。
他焚的是“以古非今”的书，坑的是孟子一派的儒，其实只有460人。
孟子主张“法先王”，所以孟子一派的书是“以古非今”的。
而荀子一派则相反，主张“法后王”，推行法家一派的学说。
秦始皇是主张“法后王”，反对“法先王”的。所以，他并不坑荀子一派的儒，也不焚荀子一派的书。
秦始皇“以古非今者族”的主张值得赞赏，当然，我并不赞成秦始皇的滥杀人。当时，要由奴隶制国家转变为封建制国家，不实行专政是不行的。
但对孟子一派采取焚书坑儒的办法，太过火了。政治上要实行专政，文化上要提倡百家争鸣、百花齐放，我们现在就是这样。这一条秦始皇是办不到的。（陶鲁笳：《毛主席教我们当省委书记》，中央文献出版社1996年版，第104页）
毛泽东此次谈话的主旨，是为秦始皇翻案，是为秦始皇“焚书坑儒”的恶行辩护。
他认为秦始皇的焚书坑儒不是肆意妄为，而是有所限制：
并不是不问什么书都焚，也不是不问什么儒都坑；
焚的是“以古非今”的书，坑的是“法先王”孟子一派的儒；
目的是维护中央集权的封建专制国家。
这是毛泽东从政治上看问题的结论。
即使这样，毛泽东仍然深刻指出了“焚书坑儒”对“百家争鸣”的负面作用：
负面作用之一：
“焚书坑儒当然是坏事，它把蓬蓬勃勃发展起来的百家争鸣的生动局面给挫折了。”
请注意，人们将“焚书坑儒”定位为“恶行”，毛泽东将其定位为“当然是坏事”。
所谓“焚书坑儒”，是秦始皇统一六国后发生的两大事件，是秦始皇为巩固中央集权而实行的文化专制措施。
“焚书”事件发生于秦始皇三十四年（前213年）。始皇置酒咸阳宫，大宴群臣，儒学博士淳于越对于当面肉麻吹捧秦始皇的仆射周青臣不以为然，并就分封、郡县问题向秦始皇提出了不同意见。
丞相李斯抓住淳于越主张“师古”的言论大做文章，指斥读书人“不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”，如不加以严禁，必将使“主势降乎上，党与成乎下”，（《史记·秦始皇本纪》）因此建议秦始皇下令焚书。
秦始皇采纳了李斯提出的建议和办法，遂下令焚书：除《秦纪》、医、农、卜筮之书外，凡六国史书、民间收藏的《诗》《书》、诸子等书籍，一律限期三十天内交官府烧掉，逾期不交者，黥为城旦。此后若再有“偶说《诗》《书》者弃市”，以古非今者灭族。严禁私学，有愿习法令者，以吏为师。“焚书”事件使儒生们大为不满和诽议。
第二年，当秦始皇搜寻欺骗了他的方士侯生、卢生时，意外地发现咸阳的儒生对他进行所谓的“诽谤”，“或为妖言以乱黔首”。始皇大怒，“于是使御史悉察问诸生，诸生转相告引，乃自除。犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳。”（《史记·秦始皇本纪》）这就是历史上的“坑儒”事件。
儒家、道家、兵家都是以对《诗》《书》《易》《礼》的文化反思来建构自己的思想体系，关东六国的士子大都在思想上反对暴秦，所以烧《诗》《书》杀儒生的“焚书坑儒”事件，是以强权政治宣告文化上“百家争鸣”局面的被迫结束。
毛泽东在“百家争鸣”前面加上“蓬蓬勃勃”的形容词，又指出焚书坑儒“挫折了”这个局面，可见内心里他对“百家争鸣”局面的夭折是多么惋惜。
负面作用之二：
“对孟子一派采取焚书坑儒的办法，太过火了。”毛泽东指出史实，秦始皇“焚的是'以古非今’的书，坑的是孟子一派的儒”。
毛泽东说，“不赞成秦始皇的滥杀人”。虽然秦始皇巩固刚刚建立27起来的全国统一的、中央集权的封建国家，需要专制手段，但是毛泽东仍然认为对以孟子为代表的儒生儒书采取焚书坑儒的办法是“太过火了”。
从传统哲学上说“过犹不及”。用现代语言说，这是谴责秦始皇文化政策太“左”。以消灭思想载体的办法实现思想一统，是不可取的危险的文化政策。
负面作用之三：
“文化上要提倡百家争鸣，百花齐放”，
“这一条秦始皇是办不到的”。
毛泽东把政治问题与文化问题做了区分，他说“政治上要实行专政，文化上要提倡百家争鸣、百花齐放，我们现在就是这样”。
这是对比“我们”的政策与秦始皇政策，指出其不同点。“百家争鸣”，极权的、专制的秦始皇是不能办的，也是根本“办不到”的。毛泽东这些批判是深刻有力的，点到了问题的实质。
解读毛泽东谈论“百家争鸣”的思想观点时，在注意到毛泽东为秦始皇焚书坑儒辩护的一面时，千万不要忽略了毛泽东对焚书坑儒另一面的严厉谴责。
毛泽东后一种思想更为重要，对今后的文化建设更有意义。历史现象是复杂的，毛泽东的思维是辩证的。我们不能把毛泽东对焚书坑儒的辩证性评论，理解得片面了。
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