由于各种复杂的原因，多年来，各地普遍存在一些存量违法用地，也称历史遗留问题，而且量大面广。没有合法用地手续，还能长期占有使用，也有的私下转让，看似占了便宜，但不能办理土地抵押，不能正常进入土地二级市场，尤其是允许集体经营性集体用地入市后，没有合法用地手续的，会被排斥在公开市场之外。
对违法用地的处理，主要有三种方式，一是拆，二是补，三是挂。之所以存在大量历史形成的违法用地，主要是各地出于各种原因，一直没拆除（或没收），也没补办用地手续，有的可能罚了点款，就那么占着用着，但一直在账上挂着。
对如何处理存量违法用地，国家给出的主要政策和办法：一是通过补办用地手续和确权登记合法化；二是对在农村乱占耕地建房专项整治中摸底排查、登记上账的存量违法用地问题，提出试点先行，分类分步，稳妥处置，没要求各地对存量问题开展大规模、大范围集中整治，当前主要工作重点是管住新增，遏制增量。
在如何补办用地手续和办理确权登记方面，针对不同时期，国家已出台了一些政策规定，各地也有一些具体政策。
01
综合考虑相关文件要求
02
不能翻新翻建
唐山市路北区韩城镇对翻修车间用地监管不力问题。2022年5月，河北佰烨芳晟工程建筑有限公司因车间房顶损坏进行翻修，2022年6月被国家卫片监测发现，其翻修车间违法占用唐山市路北区韩城镇后城河村耕地1.05亩。韩城镇对由于翻新翻建等形成的新增违法用地相关政策规定宣传不到位，未采取有效措施及时制止，目前尚未消除违法状态。
安平县西两洼乡对翻建车间用地监管不力问题。2021年12月，金扬烟花爆竹有限公司厂房因原车间损坏进行翻建，2022年5月被国家卫片监测发现，其翻建车间违法占用安平县西两洼乡南两洼村集体土地6.79亩（其中耕地1.79亩）。西两洼乡对由于翻新翻建等形成的新增违法用地相关政策规定宣传不到位，未采取有效措施及时制止，目前尚未消除违法状态。
03
“三调”是建设用地？
现在有一种较为普遍的现象，就是有的过去占的是耕地，但在土地调查中被认定为建设用地，特别是在“二调”和最新的“三调”中被调查认定为建设用地，这样就代表“合法”了吗？答案是否定的。
“二调”和“三调”属于土地现状调查，行话叫：所见即所得。也就是说，调查时现状是什么地类，就调查为什么地类，种了庄稼，就是耕地，盖了房子，就是建设用地。这样调查认定的“建设用地”就分成了两种，一种是有合法来源的，一种是没有合法来源的。没有合法来源的建设用地，是指没有经过征收转用和审批登记，但在土地调查中按现状用途变更的建设用地。（推荐阅读：“二调”和“三调”都是建设用地，能翻建吗？）
对“三调”是建设用地，但没有合法来源的，如果由于新建、翻建、扩建等被国家卫片监测发现，在认定地类时，要向前追溯，一般追到“二调”时的地类。如果“二调”是耕地，那就按耕地认定和处罚；如果“二调”是建设用地，不再考虑是否有合法来源，就按建设用地认定和处罚。还是一种情形，如果“二调”是建设用地，但“三调”被调查认定为耕地，那就按耕地认定和处罚。（推荐阅读：如何认定无权源建设用地地类）
01
补办用地手续问题
原国土资源部印发的《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见(试行)》(国土资发〔2016〕147号)（备注：此件有效期5年，已失效）。
2022年8月2日，自然资源部印发《关于积极做好用地用海要素保障的通知》（点击查看）提出：建设项目使用城镇低效用地的，可以继续按照《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见（试行）》（国土资发〔2016〕147号）有关规定执行。（推荐阅读：这个文件还有效：《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见》）。这个文件提出：
用地行为发生在1986年12月31日之前的：由市、县人民政府土地行政部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权后，由市县人民政府办理土地确权登记发证手续。
用地行为发生在1987年1月1日至1998年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，依照1988年修订的《土地管理法》有关规定，落实处理(处罚)措施后按土地现状办理征收手续。
用地行为发生在1999年1月1日至2009年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，按照1998年修订的《土地管理法》有关规定，缴纳耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费，落实处理(处罚)措施后办理土地转用征收手续。
02
集体建设用地使用权问题
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1987年《土地管理法》实施前：使用集体土地兴办乡（镇）村公益事业和公共设施，经所在乡（镇）人民政府审核后，可依法确定使用单位集体建设用地使用权。乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，至今仍继续使用的，经所在农民集体同意，报乡（镇）人民政府审核后，依法确定使用单位集体建设用地使用权。
1987年《土地管理法》实施后：乡（镇）村公益事业和公共设施用地、乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，应当依据县级以上人民政府批准文件，确定使用单位集体建设用地使用权。
03
宅基地超面积问题
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，无论是否超过其后当地规定面积标准，均按实际使用面积予以确权登记。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《土地管理法》实施时止：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过当地规定面积标准的，超过面积按国家和地方有关规定处理的结果予以确权登记。
1987年《土地管理法》实施后：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过批准面积建设的，不予确权登记。符合规划经依法处理予以保留的，在补办相关用地手续后，只登记批准部分，超出部分在登记簿和证书中注记。
历史上接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的：按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权登记。
04
非本村成员宅基地问题
01
没有土地权属来源怎么办
02
没有规划手续怎么办
对合法宅基地上房屋没有符合规划或建设相关材料的，地方已出台相关规定，按其规定办理。未出台相关规定，位于原城市、镇规划区内的，出具规划意见后办理登记。
位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施前建设的，在办理登记时可不提交符合规划或建设的相关材料；位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施后建设的，由集体经济组织或者村民委员会公告15天无异议或者异议不成立，经乡（镇）人民政府审核后，按照审核结果办理登记。
目前一些地方仍然存在大量多年形成的违法用地，整改难度非常大，主要还是：建的时候没人管，给了政策也不用，仗着关系无所谓，真要拆除就急眼。
来源：自然微论坛
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