六经辨证的思想肇源于《黄帝内经》，细化于《伤寒杂病论》。诸多研究医圣张仲景学说之士，皆以为仲景以六经辨伤寒，以脏腑辨杂病，余以为伤寒中有着金匮，金匮中有着伤寒，不宜分割开来。千百年来，《伤寒杂病论》《金匮要略》一分为二（《伤寒论》《金匮要略》），各当一面，明显违背了仲景原意。如果可以这样分开，仲景为何要写《伤寒杂病论》“合十六卷”呢？研究伤寒者，只重视398条，研究金匮者，忽略伤寒条文，久而久之，仲景之学，终成绝学，奥义失传。
从定义上看，六经辨证即是将外感病发生、发展过程中所表现的不同证候，以阴阳为总纲，归纳为三阳病（太阳病、阳明病、少阳病）、三阴病（太阴病、少阴病、厥阴病）两大类，分别从邪正斗争关系、病变部位、病势进退缓急等方面阐述外感病各阶段的病变特点，并作为指导治疗的一种辨证方法。
《灵枢·海论》指出：“夫十二经脉者，内属于脏腑，外络于肢节。”但六经辨证又不能与经络辨证混淆，经络辨证是对经络本身的经气变动的一种辨证方法，而六经辨证则是研究外感疾病的传变规律的一种辨证方法。
东汉末年，天下大乱，伤寒迭起，枯骨满野，仲景家族三分之二死于伤寒，在这种背景下，他写出《伤寒杂病论》以救济苍生。仲景在研究伤寒与杂病的时候，明确地知道伤寒与杂病实乃同气连枝，也就是说，伤寒病的发生发展首先是人体感受六淫之中风寒之邪，然后从皮毛、肌腠，渐循经络，由表及里，进而传至脏腑的过程。因此，当病邪浅在肌表经络，它的病理变化则表现为表证；若寒邪入里化热，则转为里实热证；而在正虚阳衰的情况下，寒邪多易侵犯三阴经，出现一系列阳虚里寒的病理变化。我们再从六经病证的临床表现来看，都是以经络、脏腑病变为其病理基础，其中三阳病证以六腑的病变为基础，三阴病证以五脏的病变为基础。因此，六经辨证的应用，不限于外感热病，也用于内伤杂病，但其重点在于分析外感风寒所引起的一系列病理变化及其传变规律，因此，又不能完全等同于内伤杂病的脏腑辨证。所以，后世研究仲景之学，建议伤寒金匮合二为一，不可偏废。
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