屋大维灭掉安东尼和埃及艳后之后，继续东征西讨，并把罗马共和国变成了罗马帝国。帝国如日中天，横跨亚非欧三个大洲，地中海也变成了罗马帝国的内海。埃及人也乖乖地给罗马大哥上贡。
然而日中则昃，月盈则亏。罗马帝国建立数百年，逐渐腐朽。内部，人民起义、诸侯争霸、部队政变、军阀混战，最后帝国在公元395年彻底分为东西两部分，埃及地区属于东罗马帝国（后来又称拜占庭帝国）。外部，日耳曼人一波接一波地从中欧、东欧向罗马帝国境内冲击，打得帝国满地找牙，大批日耳曼人进入帝国境内，割据一方。再加上匈人帝国的推波助澜，昔日威震欧亚的罗马帝国已经是摇摇欲坠。到476年，日耳曼人彻底灭亡西罗马帝国。
东罗马帝国皇帝查士丁尼虽然在6世纪前期一度“中兴”，但很快花光了钱财，被迫回缩。在东罗马帝国统治下，埃及是一头最纯粹的奶牛，惨遭横征暴敛，敲骨吸髓。
这一段时间，埃及信奉的是基督教。
基督教于公元前1世纪晚期发源于西亚巴勒斯坦地区，是犹太人耶稣在犹太教基础上改革建立的宗教。最初基督教遭到罗马帝国的镇压，可是依然顶风扩展，后来逐渐的，罗马帝国大批公民、官员、贵族乃至皇帝本人都渐渐成了信徒，基督教不但取得合法地位，更成为罗马的主流宗教。
公元4世纪，基督教在罗马建立了五大教区，设立五个大主教，分别以罗马（管辖西欧教区，后来该区发展为天主教地）、君士坦丁堡（管辖东欧教区）、耶路撒冷（管辖西亚教区）、亚历山大城（管辖埃及教区）和安托利亚（管理小亚细亚教区）为核心。
（埃及大主教在他的葬礼上）
在埃及南边，今天埃塞俄比亚北部，建立了一个闪族人（阿拉伯人和犹太人）和黑人的混血国度阿克苏姆。到阿克苏姆国王艾扎纳（320-350年在位）时，基督教从埃及传到阿克苏姆，艾扎纳国王皈依基督教，并把这种宗教定为国教。于是，阿克苏姆成为世界上第一个纯粹的基督教国家。相反，在罗马帝国虽然基督教已成为主流，但还要等到392年才确立基督教的国教地位，比阿克苏姆晚了半个世纪。
小贴士：奴隶带来的基督教
4世纪初，两个基督徒商人兄弟弗鲁门修斯和埃德修斯在红海遇上海难，兄弟俩挣扎上岸，被人口贩子卖到阿克苏姆皇宫成了奴隶。兄弟俩因为有文化，弟弟负责给国王斟酒，哥哥弗鲁门修斯给当时还是王储的艾扎纳教书，趁机耳濡目染，让艾扎纳接受了基督教。艾扎纳继位登基后，派他的老师弗鲁门修斯出使埃及，请总主教派一名主教来。总主教直接任命弗鲁门修斯为阿克苏姆主教。从此，教会在埃塞俄比亚传承一千多年。由于历史悠久，资历深厚，埃塞俄比亚教会形成自己的一套独特的礼仪和理论，既不属于西罗马天主教，也与君士坦丁堡的东正教有所区别，称为“埃塞俄比亚正教”。历史上穆斯林和天主教国家都曾入侵并试图摧毁埃塞俄比亚正教，但如今正教依然是埃塞俄比亚信徒最多的一派。
除了阿克苏姆之外，在埃及和阿克苏姆之间的努比亚（苏丹东北）地区，也有三个黑人小国奴巴、马库拉、阿尔瓦信奉基督教。这些黑人的基督教国家，都奉埃及的大主教为老大。
到公元6世纪，东罗马帝国（拜占庭）还在源源不断从埃及捞取大量的钱财。可是这样的好日子长不了。阿拉伯帝国很快将把他们从非洲轰走。
阿拉伯人发源于阿拉伯半岛，很早就曾到非洲，有的长途贩运做生意，有的放牧牛马和骆驼。长期以来，阿拉伯人一盘散沙，各部族经常自相残杀，掀不起大浪。然而到公元7世纪初，阿拉伯出了一位叫穆罕默德的牛人。他自称“先知”，在基督教教义的基础上创造了一个新的宗教——伊斯兰教。当时的伊斯兰教是非常先进的。它不像犹太教那么排他，只要愿意信仰真主，不论种族血统都可以成为兄弟手足。它不需要基督教那么多复杂的理论和礼仪流程，只要你遵守斋戒制度，每天祷告，就可以算虔诚的伊斯兰教徒（穆斯林）。在教团内部，要求相互关心，富裕的穆斯林应该拿出一定比率的收入来帮助贫穷的穆斯林（相反，早期基督教会恨不得把穷人最后一个铜板都榨干）。《可兰经》中还说了，基督徒和犹太人都可以成为穆斯林的兄弟，这包容性也很难得。再加上伊斯兰教搞全民教育，所有人无论贫富，迪都到清真寺诵读可兰经，同时也就学习读书写字。
靠着这个宗教，穆罕默德把阿拉伯人团结在一起，凝聚成强大的力量。630年，穆罕默德统一了阿拉伯半岛。随后，阿拉伯人旋风般向东西方同时扩张，打得拜占庭和波斯两大帝国嗷嗷惨叫，很快占领了中亚和西亚的大片领土。
640年，阿拉伯兵临埃及。埃及自从屋大维干掉安东尼和埃及艳后，这会儿已经被罗马人统治600多年了。拜占庭军队舍不得放弃这块肥得流油的土地，拼命抵抗。可是因为拜占庭长期以来对埃及敲骨吸髓、横征暴敛，对本地人歧视压迫，埃及人早已是怨声载道。阿拉伯大军一来，埃及人纷纷当了带路党。到642年，拜占庭政府就被轰出了埃及。
从此，埃及开始了伊斯兰化的过程。
阿拉伯人还准备继续朝南征服更多土地，谁知这次却遇见了料想不到的对手。埃及南边努比亚（苏丹）地区的几个黑人基督教国家，什么奴巴王国、马库拉王国纷纷组织起来抵抗阿拉伯军。阿拉伯人还想打打看，结果被黑哥们万箭齐发，射得哎哟连天。这也不奇怪，拜占庭官兵在埃及只顾着捞钱，早已失去人心，而黑兄弟们可是为了保卫自己的家园和信仰而战。
阿拉伯人见黑哥们不好惹，便停止南进，和黑哥们签署协议。你信你的基督教，我信我的伊斯兰教，大家作邻居，互不干扰，友好通商。在这几个小黑国家的背后，则是最早把基督教纳入官方的阿克苏姆王国（后来经过动乱换了一茬统治者，改名阿比西尼亚即埃塞俄比亚）。阿拉伯人同样不愿招惹这些家伙，反而派出大批商队和他们做生意，顺带也玩点宗教渗透的游戏。
阿拉伯人南下碰壁，于是转戈朝西，杀奔北非而去。经过几十年的推进，阿拉伯人占领了整个北非，还越过直布罗陀海峡占领了西班牙。至此，阿拉伯人建立了一个地跨欧、亚、非，从印度河直到大西洋的庞大帝国。
埃及人在阿拉伯统治下，照样担任“奶牛”，负责给帝国出钱出粮。不过埃及人觉得还凑合，因为比起之前拜占庭帝国的横征暴敛，阿拉伯的税真不算重。而且，如果你肯皈依伊斯兰教，还可以减免大部分税收！阿拉伯人又做了一些水利工程，恢复了埃及的生产。这样一来，埃及人口不断增加。
阿拉伯人更厉害的，还在于教育。如前所说，成为了穆斯林之后，无论贫富，去清真寺读《可兰经》，就可以学习阿拉伯语言，练习读书写字。换言之，当时穆斯林的“教育力度”和“教育水平”都远远超过非穆斯林。于是在埃及，伊斯兰教文化扩散开来，逐渐穆斯林占了人口的多数。
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