对身体的益处来说，每种菌和每种菌的益处不同，作用机理也不相同。本答案中挑选几个比较常用的菌来说明。
1、养乐多，养乐多中用的是一株干酪乳杆菌，名为代田株。
该菌株是由日本医学博士代田稔在1937年发现的，用这株菌制成了乳酸菌饮料“养乐多，成立了养乐多公司，至今已近有70多年的历史，目前在日本，有10%的民众服用该菌株的制品。该菌株通过了美国食品药品管理局有关食品安全性的GRAS审核，获得了美国FDA“GRAS物质”认证。公开发表的实验数据证明该菌株具有良好的益生作用。
经过强化培养的“干酪乳杆菌代田株”具有能够抵抗胃液、胆汁等强力杀菌作用的消化液作用，并以活性状态到达人体的肠道内。其作用在于：活着到达小肠增加有益菌，减少有害菌；减少肠内有害物质，防止肠内腐败；预防食物中毒菌的感染；提高肠道活性，调节肠内生态平衡；改善便秘和腹泻症状；促进新陈代谢，增进身体健康
2、BB-12动物双歧杆，源自科汉森。目前蒙牛冠益乳在使用。
源自科汉森收集的乳品发酵剂，被美国FDA认为“GRAS”，于2005年获得中国卫生部新资源证书，2011年11月中国卫生部正式批准用于婴幼儿食品。它具有出色的耐酸和耐胆汁功能，优良的肠道黏附能力，是目前临床研究最多的益生菌，研究涵盖早产儿到老年人的所有人群。研究表明BB-12对婴幼儿和孕妇具有特殊功效，对普通人群也有改善肠道功能、调节免疫等功效。
3、优益C中在用的是副干酪乳杆菌
蒙牛携手丹麦著名菌种公司科汉森，引入活性超强的副干酪乳杆菌-活力C菌，推出活性乳酸菌饮料-优益C。
具体的益生菌分类可以看我这个回答养乐多里含的益生菌和一般酸奶里的益生菌有什么区别？
下面是益生菌的利弊分析：
目前所用的一些益生菌是从婴儿的粪便中提取的所以基本上没有多少坏处，还有一些是从动物的体内提取的，比如BB-12是从猪的肠道中提取的，看到这你是不是有所震惊呢，但是你放心BB-12是论文验证及研究最多的益生菌，它的可靠性是该领域人事都认同的。人体的肠道是很多种菌在一块共生的状态，当益生菌多的时候有害菌就少了，有害菌多的时候益生菌就少了，所以正常情况下补充一些益生菌还是有好处的。还有一些益生菌是到达肠道后死亡释放出一些RNA刺激体内的免疫细胞起作用提高免疫力的等等。
但是益生菌完全没有害处吗，或者说没有禁忌吗，首先在欧洲益生菌不能用作药品来进行疾病的治疗，只能作为食品这是为什么，曾经在欧洲是可以用作疾病治疗的药品的，西班牙曾有3名存在严重免疫缺陷的患者，因接受益生菌制品用于治疗腹泻而死亡。因此欧洲目前禁止益生菌作为药品用于治疗疾病。
所以免疫缺陷、免疫功能低下、婴幼儿、早產儿、孕妇、极度虚弱者、癌症病患，在使用益生菌时要特别留意感染的风险，益生菌很可能留在血液中，进而引起败血症、心内膜炎等疾病。
但是我们喝的这些宣称益生菌的饮料真有能达到益处的益生菌数量吗?请看国标，QB1554《乳酸菌饮料》和GB16321《乳酸菌饮料卫生标准》，对乳酸菌数量作出规定：出厂3天内产品乳酸菌含量必须高于1×106CFU/ml，超过3天益生菌数量就会减少，所以目前新的标准即将出台，将会对保质期内的益生菌数量做个标准。
结论：目前的研究表明，一般健康人及不严重疾病的人服用及喝益生菌饮料还是不会产依赖即使多喝也无妨，但是患有严重疾病及免疫缺陷的人尽量不要服用。
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