举个例子，税务检查时，发现前年有20万的成本费用发票缺失但却进行了扣除，要求企业60天期限内补开回发票，但企业未能于60天期限内补开回发票，无法提供因特殊原因无法补开的证明材料，于是，税务可以引用《企业所得税税前扣除凭证管理办法》即税务总局2018年28号公告第16条的规定，不准扣除这20万的成本费用。
28号公告相关政策是：
第十五条 汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得……并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证……
第十六条企业在规定的期限未能补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证……相应支出不得在发生年度税前扣除。
所以，税务机关可以顺理成章的要求补税。
因为“不得在发生年度扣除”，所以补税的计算方式是重新计算当年应纳税所得额，计算时调增此20万元，一般情况补税5万，但如果调增导致小微企业不能享受小微，则其补税额会增加许多。
注意，此时税务机关无需证明这20万成本费用是“不真实的”、“不相关的”、“不合理的”，仅仅因为没有发票，就可以要求补税，这就是基于前述2018年28号公告第十六的规定而来的。
当然，如果税务检查人员可以找到证据，证明这20万支出本身就是虚假的，或者没有商业合理性的，或者与取得收入无关的，则可以直接引用《企业所得税法》第八条规定不让扣除，甚至可以直接引用《征管法》六十三条按偷税查处！
只是，这种按偷税处理的方式，其前提是该20万成本费用确实是不真实的，加之检查工作量和取证难度都要大很多，没有引用2018年28号公告第十六的规定来得方便快捷。现实中，按28号公告处理的比较多。
那么，按2018年28号公告第十六的规定补税时，收不收滞纳金呢？
第一眼看这个问题很简单，既然“不得在发生年度扣除”，说明发生年度多扣除少交税，当然要补滞纳金啊。
但换成纳税人的视角，则是另一番风景：
当年扣除此20万元时，尚未被税务机关检查且告知缺票，所以不能确定“告知60天内不能补开回发票”，所以当年无法适用28号公告第十六条的不得扣除的规定，即，当年纳税金额是正确的，没有少缴税。
现在被税务检查且告知缺票，要求60天期限内补开回来，无法在期限内取回，才导致了“不得在发生年度扣除”的结论出现，所以，补税也只是基于这个逾期的事实才产生的，补税时间就在逾期的现在。企业应该将发生年度的所得税重新汇算，调增20万计算补税金额，及时补税哪有滞纳金。
再简化表述一下：补税是因为“期限内未补回发票”这一事实导致的，这一事实发生在什么时候，就该在什么时候补税。而不应该理解为应该在之前补税。
所补的税款虽然是按发生年度计算的，但其所属期却是“未能期限内补回发票”的当期。
横看成岭侧成峰，纳税并非儿戏，但为什么会有这么大的争议呢？
根本原因在于，税务总局2018年28公告发布的《企业所得税税前扣除凭证管理办法》，作为一个凭证管理的程序性文件，它不能干预企业所得税扣除的实体性规定。如果基层税务机关把这个《凭证管理办法》当成《企业所得税法》的纳税义务计算实体性规定来使用，当然就会导致层出不穷的争议与BUG。
依《企业所得税法》，除非是不真实、不相关、不合理，否则所有支出都可以扣除，这是实体性规定。
正常情况下，税务如果查实了不真实、不相关、不合理，则该成本至始不能扣除，所以应该加收滞纳金。
如果只针对缺发票而不管其是否真实等，则只是一个扣除的“程序问题”、“具体算法问题”，此时就只能于不能扣的程序被触发时产生补税义务了，及时补税就不能加收滞纳金。
再举个房地产行业的例子作对比：
房地产开发企业成本缺发票，税务总局对这个行业制定的成本扣除程序是这样的：
计税时扣除计税成本→缺票不能计入计税成本→何时取回发票于取回时计入当期计税成本并扣除。
所以，房地企业卖房子时如果成本缺票，当时就不能计入计税成本、当时就不能扣除，如果扣了，就会有滞纳金。
反之，对其它行业没有这个程序性规定，其它行业如果缺票，要待被税务查到且告知的60天期限内未取回发票，才“不得在发生年度扣除”，可见，不应该有滞纳金。
所以，当因为缺失发票、没有调增，被查期到60天期限内又没有取回，但税务又没有证明成本费用不真实相关合理时，被要求补税是凶多吉少的，但被加收滞纳金、甚至被按少缴税罚款，是可以探讨沟通、据理力争、破罐破摔、死马当活马医的。
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