从乳腺癌术后病理中可以看出肿瘤具体分类名称、肿瘤大小、各切缘是否切除干净、淋巴结转移部位和数目以及血管淋巴管内和其他组织中有无侵润等。
此外，病理报告中尚包括免疫组织化学内容，与患者预后息息相关，指导治疗和预后：
免疫组化标记中与预后有关的标记大致可分为三类：①类固醇激素受体：如雌激素受体、孕激素受体等，它们与乳腺癌的关系已获公认，性激素受体阳性者内分泌治疗效果较好，预后也较好。相似的结果也见于子宫内膜癌和卵巢癌。②肿瘤基因标记：如癌基因c-erB-2，c-myc，P53蛋白等，在肿瘤中高度表达者，患者预后较差；而nm23蛋白高度表达者，肿瘤转移率较低，预后较好。③细胞增殖性标记：如表皮生长因子受体（EGFR）、增殖细胞核抗原（PCNA）、Ki-67等，表达指数越高，表明其增殖越活跃，恶性度增高，预后不良，其中以恶性淋巴瘤、乳腺癌较为明显。而且在乳腺癌的研究中发现Ki-67、PCNA、EGFR阳性者，淋巴结转移率高，并与激素受体的表达呈负相关。
具体分类如下：
ER
雌激素受体，阳性提示预后比阴性患者要好，加号越多越好。
PR
孕激素受体，阳性提示预后比阴性患者要好。
为何ER、PR阳性预后好呢？这是因为正常乳腺上皮细胞内存在ER、PR，当细胞发生癌变时，ER和PR出现部分和全部缺失。如果ER和（或）PR阳性，则该乳腺癌细胞的生长和增殖仍然受内分泌的调控，称为激素依赖性乳腺癌；如果ER和（或）PR阴性，则该乳腺癌细胞的生长和增殖不再受内分泌的调控，称为非激素依赖性乳腺癌。
两者同时阳性预后最好，如一个阳性一个阴性中，雌激素阳性要好于孕激素阳性。两者都是阴性预后不好。阳性者可以术后或术前使用内分泌治疗。
Her-2（CerbB-2）
HER-2与乳腺癌预后的关系是把双刃剑。具体原因如下：人类表皮生长因子受体2，是一种原癌基因，在正常乳腺组织中呈低表达，在乳腺癌组织中表达率可增高。其表达与乳腺癌分级、淋巴结转移和临床分期呈正相关，过度表达即出现加号表明患者预后不好，表达率越高，预后可能也就越差。同时也提示患者易出现腋窝淋巴结转移和上述两种激素受体缺乏。
但Fish检测两个加号以上者有进行生物靶向治疗（即使用曲妥珠单抗）的可能。
三阴性乳腺癌即ER、PR、Her-2（CerbB-2）都为阴性，预后相对较差，缺乏药物治疗。具体原因请参看1，2，3条。
E-Cadherin
E-钙粘附蛋白是钙粘附蛋白分子家族中跨膜蛋白亚型的一种，集中表达在粘着连接，对维持上皮细胞的完整性、极性、形态和组织结构起重要作用。它的高表达表明预后良好。
Ki-67index
是反应细胞增殖的一种增殖抗原，它的表达与乳腺癌发生、发展有关，是一个不良预后因素。数值越高预后越不好。
P53
是一种肿瘤抑制基因，它的突变预示预后不良。P53突变率高的乳腺癌细胞增殖活力强、分化差、恶性度高、侵袭性强和淋巴结转移率高。
CK5/6
一种细胞角蛋白，组织学分级越高及肿瘤分期越高其表达率越高，总的讲阳性预后差。
EGFR
表皮生长因子受体，组织学分级越高及肿瘤分期越高其表达率越高，总的讲也是阳性提示临床预后差。
VEGF
血管内皮生长因子，高表达提示预后差。
TOP-II
DNA拓扑异构酶II，高表达提示肿瘤增殖和恶性度较高。
PCNA
增殖细胞核抗原，阳性预后不好。
P170
是一种多药耐药基因，它的过度表达不利于治疗。
nm23
是一种与恶性肿瘤转移相关的基因，基因表达水平降低为乳腺癌淋巴转移的高危因素。
Her-1
和前面的Her-2类似，阳性不好。
DNA倍体
非整倍体预示肿瘤发生。
CD44V6
是一种蛋白，高表达提示预后较差。
Ck14、Ck17和CK7
与前面的Ck5/6有类似参考标准。
Bcl-2
是一种抑凋亡基因，它的阳性表达提示肿瘤分级程度高，淋巴结转移少。
PS2
在预测内分泌治疗反应方面，PS2比ER测定可能更有用，PS2的表达是乳腺癌内分泌治疗反应的最好指标。
P63
P63基因本身是一个抑癌基因，P63在乳腺癌的发生、发展过程中起着重要的作用；检测可为乳腺癌的早期诊断、及时治疗及预后判断提供必要的理论依据。
Calponin
在乳腺正常组、增生组、不典型增生组中，几乎所有的肌上皮细胞表达P63、α-SMA和Calponin，而所有的腺上皮细胞3种抗体均为阴性；有助于判断浸润癌、原位癌及不典型增生。
SMA（smooth muscle actin）
平滑肌肌动蛋白是可靠的标记抗体。从乳腺正常组织、良性病变到原位癌，早期浸润和浸润性癌，它的消失是一逐渐发展的过程。
Cyclin D1
Cyclin D1的高表达可能在人乳腺癌的发生、发展中起重要作用。在乳腺癌中高表达的临床意义是：Cyclin D1的表达与肿瘤大小、TNM分期及腋淋巴结转移相关。
COX-2（cyclooxygenase-2）
乳腺癌组织中存在COX-2的表达。COX-2可能是临床评价病人预后、识别术后复发的高危险性病人很有实用价值的指标。
34βE12
是一种细胞角蛋白，它的表达与乳腺癌的肿瘤恶性生物学指标相关，乳腺癌组织中34βE12阴性表达提示预后不佳，可用于乳腺癌恶性程度和预后的判断。
P120膜
在乳腺癌组织中呈异常表达，并与E-cadherin表达相关，在乳腺癌发生、发展中可能起着重要作用；P120膜与浸润性小叶癌的发生和发展更为密切。
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