洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋以冯胜为征虏大将军，傅友德、蓝玉为左右副将军，率领20万骁勇善战的明军征讨盘踞在辽东地区的北元太尉纳哈出部。在明军摧枯拉朽的攻势下，纳哈出扛不住了，随后冯胜又打出了政治牌，派人前去招抚纳哈出，经过仔细盘算，纳哈出带领20余万部众归降大明，明军兵不血刃攻取辽东地区，成功切断了北元与高丽的联系。加上此前的傅友德西征行动，明军夺取了河西走廊，切断了北元与西域的联系。如此一来，大明帝国完成了对北元东、南、西三个方向的战略合围，大明与北元的终极一战，势不可免。
同年九月，朱元璋决定趁北元新败之际，一揽子解决北元问题，朱元璋任命明军新锐将领蓝玉为征虏大将军，唐胜宗、郭英为左、右副将军，统率15万明军征讨北元，目标就是北元宗室（忽必烈一系的黄金家族成员），誓要一战定乾坤。
明军大举来袭的消息让北元方面着实吓了一跳，看明军的架势那是要来玩命了，北元大汗脱古思帖木儿看形势不对，心想既然惹不起还躲不起吗，况且手里就这么点家底，跟明军拼命不值得。于是采取躲避战术，即不与明军交战，只是派出少数骑兵利用灵活机动熟悉地形的优势和明军在草原上兜圈子。为了安全起见，脱古思帖木儿还把大营和主力驻扎在捕鱼儿海（今贝尔湖附近）一带。这里远离明军，是北元的大后方，又有沙漠阻隔，北元可以利用沙漠阻隔以逸待劳，而且此前明军包括历朝历代的汉人军队从未涉足过这里，对明军而已，捕鱼儿海是他们攻击极限中的极限。
脱古思帖木儿对自己的安排很是满意，他畅想着明军在草原上兜完圈子后一定会精疲力尽，继而撤退，到时候自己再尾随追击明军，运气好得话还可以复制一场岭北之战的胜利。但命运的天平这一次没有眷顾黄金家族，而向大明倾斜。
洪武二十一年（1388年）四月，蓝玉摆脱了北元游骑袭扰，并从俘虏口中获悉北元主力的位置和捕鱼儿海的具体情况。蓝玉召集军中诸将会商下一步安排，军中皆言大军远征在外半年，后勤保障困难，捕鱼儿海距离遥远，一旦情报有误，大军将陷不测之地。但蓝玉则力排众议，认为这是聚歼北元主力的天赐良机，一旦错过将酿成大祸。随后，蓝玉下达了向捕鱼儿海进军的作战命令，明军将士更是人不卸甲、马不离鞍，兼程而进。
明军行军至北元在捕鱼儿海大营80里处，突刮沙尘暴，漫天的沙尘遮蔽了视线，蓝玉利用沙尘暴的掩护，率军突袭北元大营。由于实在想不到明军会来的这么快，更没想到明军会在这该死的天气进攻，明军的突袭彻底打乱了北元的部署，慌乱中，数千蒙古骑士成为明军的刀下亡魂，余者皆向明军请降。明军俘虏北元军队七万七千余人，缴获战马四万七千匹，以及其它物资无算。
捕鱼儿海之战使得北元主力遭到了毁灭性打击，大批皇室成员被明军俘虏，其中北元大汗脱古思帖木儿的后妃及次子地保奴、公主以及各类达官贵人总共有3000人皆成明军的阶下囚。只有脱古思贴木儿及其长子天保奴等少数人逃过一劫。但不久后，脱古思贴木儿及其子天保奴在逃亡途中被阿里不哥（元朝开国皇帝忽必烈的弟弟，当年因为与忽必烈竞争蒙元帝国最高权力失败被杀）的后裔也速迭儿所杀。至此北元彻底灭亡，黄金家族的辉煌时代一去不复返。
捕鱼儿海之战后，蒙古草原上分裂成瓦剌、鞑靼、兀良哈三部，他们都不再尊黄金家族为宗主，为了草原的霸权开始了互相攻击，曾经雄霸天下的蒙古帝国再也不复存在。
