公元1368 年，朱元璋在南京即皇帝位，建元洪武,正式建立明朝。中经永乐十九年（1421年）成祖迁都北京，直至1644年崇祯帝于煤山白缢而死，明朝灭亡。前后共历16帝，统治长达270余年。
明朝的军事领导体制，是在加强封建皇权的前提下形成和发展起来的。表现在中央机构上，废除了将原来最高军事职能集中于一个大都督府的制度，设立五军都督府以分领其事，互相牵制，而听命于皇帝。此外，为达到以部制府，以文制武的目的特地将原先军政与军旅的职权分离开来。由直接对皇帝负责的兵部，掌管日常军政事务。都督府除保留一部分领兵作战的职权之外，一切皆奉命行事而已。出征作战，军队临时调集，事毕各归戍所，军士与统军将帅并无直接的、长期的隶属关系。这种将不专军、军不私将的制度，保证了皇帝对军队的绝对控制。
在大规模军事行动中，虽以武臣统帅，但必用文臣参赞军务。正统以后，文臣地位日高，出征时由文臣任总督或提督军务，谋划一切。武臣唯命是从，只负领军作战的任务，大规模军事行动结束时，将帅归府，军土回营，印绶还给朝廷。万历年间，甚至连威震边塞、功名显赫的戚继光，李成梁等人，在主持朝政的张居正面前，也只得卑躬屈膝，自称门下，叩头跪禀。
在明朝实际掌握军政的领导机构是兵部，兵部设尚书一名（正二品），左、右侍郎各一名（正三品）。下设四个职能机构：武选、职方、车驾、武库等清吏司。每司置郎中一名（正五品），员外郎一名（从五品），主事二名（从五品）。凡有战事，兵部奉皇帝旨意调兵，任命将官。各地军职衙门大小官员的选授、升调、袭替、功赏，均由兵部审查，具本上奏，然后奉旨下达实施。兵部直接对皇帝负责，握有调兵之权。史称:“兵部有出兵之令而无统兵之权，五军有统兵之权而无出兵之令，合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”。
明朝为了巩固自己的统治，强化封建专制主义中央集权，加强边防和海防，镇压人民的反抗，一直维持着一支庞大的军队，通过这种文臣武将犬牙相错﹑相互制约的关系，来加强封建皇权对地方军事领导机构以及庞大军队的直接统治和有效的控制。
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