东晋安帝隆安二年九月辛卯（初二），朝廷授予会稽王司马道子黄钺，任命会稽王长子司马元显为征讨都督，又派遣卫将军王珣、右将军谢琰带兵讨伐王恭，派遣谯王司马尚之带兵讨伐庾楷。
己亥（初十），东晋谯王司马尚之的部队在牛渚将庚楷打得大败，庾楷单人匹马投奔桓玄。会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，司马尚之的弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，并让他们各自掌控部队，以作为自己的援手。乙巳（十六日），桓玄的部队在白石将朝廷的部队打得大败。桓玄乘胜会同杨佺期开进到了横江。司马尚之退兵逃走，司马恢之所统领的水军全军覆没。丙午（十七日），司马道子搬到中堂去住，司马元显驻守石头。己酉（二十日），王珣的军队退到京师北郊、谢琰则率部在宣阳门屯下重兵以防意外。
虽然叛军暂时取得了优势，然而他们内部却出了问题。王恭历来依仗自己的才华和地位傲视凌辱同僚，在逼杀王国宝得手之后，他更自以为他的声威没人敢违逆。王恭一方面依仗刘牢之，把他作为自己的爪牙，另一方面又仅仅把他当做自己部曲将领对待。刘牢之是一个很有能力的将领，他对自己的才能也很自负，因为自己立下大功却得不到肯定而感到深深的羞辱和气愤。司马元显了解到这个情况后，便派遣庐江太守高素去游说刘牢之背叛王恭，许诺事成之后把王恭的职位、封号全部转授给他。高素把司马道子的亲笔信交给了刘牢之，向他陈说了祸福利害。
刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭过去曾受先帝的大恩，又是皇上的亲舅舅，但是他不能羽翼王室，反而多次向京师发难，我真无法想象王恭的野心有多大。他的阴谋一旦实现，他还能甘心继续处在皇上和相王之下吗？我打算遵奉朝廷的意旨，以顺讨逆，你看如何？（王恭昔受先帝大恩，今为帝舅，不能翼戴王室，数举兵向京师，吾不能审恭之志，事捷之日，必能为天子相王之下乎？吾欲奉国威灵，以顺讨逆，何如？）”刘敬宣说：“现在的朝政虽然没有周成王、周康王当政时那么完美，但是也没有周幽王、周厉王那样的昏庸残暴。然而王恭却依仗军威，粗暴地蔑视、凌辱王室。父亲您和他在感情上既不是骨肉关系，在道义上也不是君臣关系，虽然曾共事一段时间，但脾气秉性爱好也并不很合谐、投机。您今天去讨伐他，于情义没有什么问题。（朝廷虽无成、康之美，亦无幽、厉之恶；而恭恃其兵威，暴蔑王室。大人亲非骨肉，义非君臣，虽共事少时，意好不协，今日讨之，于情义何有！）”
王恭的参军何澹之知道了刘牢之的想法，并向王恭告了密。然而，王恭知道何澹之历来和刘牢之不和，所以没有相信何澹之的话，认为何澹之有诬陷的嫌疑。于是王恭备办下酒席，宴请刘牢之，当着众人的面，拜刘牢之为义兄，又把自己的精锐部队和一切好的装备，全部配备给刘牢之，让他率领帐下督颜延作为前锋，以此来向刘牢之表明心迹，试图笼络刘牢之。但刘牢之摒弃王恭的决心已下，他一到竹里，就下令斩了颜延并宣布向朝廷投诚。刘牢之派他的儿子刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之率军回击王恭。
这时王恭正在城外阅兵，刘敬宣驱使骑兵拦腰进攻他的队伍，王恭的军队全部溃败。王恭想要回城，高雅之已关闭了城门。王恭单枪匹马逃奔曲阿。王恭是一个书生，平时不怎么习惯骑马，在逃跑过程中把大腿内侧都磨破了。曲阿人殷确是王恭过去的下属，他用船载着王恭，打算前去投奔桓玄。他们刚到长塘湖就被人告密抓住并押送京师，最后在倪塘斩首。王恭临死时，还在从容不迫的梳理着自己的胡须，神色像平时那样自然。他对监督施刑的人说：“我的弱点就是轻率地相信别人，才让我到了今天这个地步。不过我的本意又哪里是不忠于朝廷呢！我只是希望百代之后的人们能知道有过我王恭这个人啊。（我暗于信人，所以至此，原其本心，岂不忠于社稷邪！但令百世之下知有王恭耳。）”王恭和他的儿子兄弟、同伙因叛乱全部被处以死刑。东晋朝廷也按约定任命刘牢之为都督兖州、青州、冀州、幽州、并州、徐州、扬州晋陵诸军事，替代了王恭。
曾文正公曾说：“天下古今之慵人，皆以一‘惰’字致败；天下古今之才人，皆以一‘傲’字致败。”王恭作为当时有名的儒雅之士，不能以才下人，而是以才傲人，不尊重同僚下属，因而身边的得力干将背叛了他。
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