1949年上海解放后，上海市军事管制委员会接管上海市立吴淞水产专科学校。1951年学校更名为上海水产专科学校，教学管理机构也相应发生一些变化，增设辅导室、生产实习指导室和3个实验室。此时教务处管辖注册组、课务组、教学检查组、体育组、辅导组、图书馆、生产实习指导室、化学实验室、生物实验室、渔捞航海室、渔具实验室和制造工厂。1952年开始学习苏联高校办学经验，大学教学科研的基层单位由学院改为系，系按学科划分．在系下设专业或课程教研组(室)，教研组为由一门或由数门性质相近课程的任课教师共同组成的最基本的教学组织，是教学科研的基层组织。
上海水产学院成立后，随着学校教育事业的发展，校级教学管理组织和各系教学组织均有较大的发展变化。1952年学校第一次院务会议上讨论《上海水产学院院章》。根据拟定的学院院章。学校采取院长负责制，主持学院的教学、科研工作，下属教务处设正、副教务长。全院设置海洋渔业、养殖生物、水产加工3个系和海洋渔业研究室，以及图书馆、体育组、政治课和基础课等教学科研单位，这些教学科研组织根据院长授权，在教务处直接管辖下进行工作，学校还设有9个系属教学小组。1954年学校将教学小组改为教研组，设有捕捞、航海、水产加工、水产养殖、水生生物、化学、数理、机械、政治、俄文、体育11个教研组。
1955年制订的《上海水产学院各级机构的任务与职责》明确：教务处负责学院的教学与研究工作，下设教务科(包括出版组)、注册科，各系、研究室、图书馆仍受教务处的领导。1957年经院长办公会议决定，将教务处下设的职能机构调整成教务科、学生科、生产实习科、教材供应科4个科。同年12月又决定将教务处所属的4个科撤并成教学科和教材供应科。随着学校教学规模和师资人数的扩大，1958年全校教研组从1956年的15个发展到20个。到1966年全校教研组有进一步发展，达到27个。1972年学校迁厦门后，行政管理及办事机构设置为：院办公室、政治处、教务处、总务处等，在基层
教学组织管理上先后设五系一部两室，即海洋渔业系、水产加工系、水产养殖系、渔业机械化系、造船系和基础部、马列主义教研室及鱼类研究室，基础部下有数学、物理、力学、外语、体育和渔业经济教研室。学校1979年从厦门迁回上海办学后，设置水产养殖、海洋渔业、水产加工、渔业机械4个系。1982年根据学校教育发展及专业设置，将原渔业机械化系与海洋渔业系合并成海洋渔业系。1984年在渔业经济教研室的基础上．成立渔业经济与管理系。
1985年学校教学管理体制经改革调整，学生管理(学生科)、实验室管理(设备科)、研究生教育(研究生科)等部分职能从教务处分离。校级教学管理机构除教务处外，还设立研究生办公室、实验设备管理办公室等、全校系(部)调整发展为四系(水产养殖系、海洋渔业系、水产加工系和渔业经济与管理系)、一部(基础部)、两室(马列主义教研室、德育教研室)。
从20世纪80年代后期开始，为适应学校管理体制和教学改革的需要，全校教学管理机构陆续进行调整。1988年海洋渔业系更名为渔业工程系，水产加工系更名为食品科学技术系．在马列主义教研室
基础上成立社会科学部。1989年全校设置水产养殖、渔业工程、食品科学技术、渔业经济管理、基础部、社会科学部四系二部，教务处下属管理部门调整为教务科、教材科、职教科、电教室。
1993年7月经农业部批准，全校教学管理机构进行较大调整。教务处和学生处合并成立教学办公室，原来的水产养殖、渔业工程、食品科学技术等三系改为学院．全校设置渔业学院、食品学院、工程技术学院、成人教育学院、经济贸易系、外语系、基础部和社科部等四院二系二部。同年秋，海洋渔业专业和渔业资源与渔政管理专业划归渔业学院；冷冻冷藏工程专业划归工程技术学院。
1995年经济贸易系与外语教研室合并，成立国际经济贸易学院，海洋渔业专业和渔业资源与渔政管理专业划归工程技术学院，冷冻冷藏工程专业划归食品学院。当年学校教学办公室在体制改革中撤
销后，恢复设置教务处，下设办公室、教学研究室、教务科和考试中心。原教务处下属的电教室划归新成立的校信息中心。
为加强学校计算机学科建设和人才培养，1996年学校与联想计算机集团签订联合办学协议，成立联想计算机学院。1997年在原社科部、基础部、德育教研室以及经贸学院的英语系、日语系基础上成立人文与基础科学学院。同年国际经济贸易学院更名为经济贸易学院。1998年学校终止与联想集团公司的联合办学后．原联想计算机学院更名为计算机学院。
1999年学校与上海水产集团、上海水产学校联合成立高等职业技术学院。2000年学校在原工程技术学院的基础上，依托学科办学特色和学科优势．组建成立海洋学院。这是上海第一家以培养海洋高级人才、发展海洋科技为主的专业学院。届时学校院(系)设置发展为渔业、海洋、食品、经济贸易、计算机、人文与基础科学、成人教育、高等职业技术8个学院。2001年学校在上海南汇科教园区设立学海路校区。为探索两校区办学条件下的教学管理运行机制和管理模式，在学海路校区曾实施“121工程”三级教学管理体制改革试点，即实行一年级学生统一由人文与基础学院管理，二、三年级进入专业学院主要学习专业基础课程和专业课程，四年级进入学院研究室、实验室。主要参加实践教学训练。
为借鉴国外先进的办学经验，学校积极推进中外合作办学。2001年与澳大利亚塔斯马尼亚大学合办信息管理与信息系统(环境信息系统)专业的申请．获得上海市教委批准。2002年与塔斯马尼亚大学、上海爱达投资管理公司联合成立上海水产大学爱恩学院，作为中外合作办学的实体。
2003年学校决定将人文与基础科学学院的数学、物理教研室和原计算机学院合并，组建信息学院，同时将人文与基础学院更名为人文学院。为适应教育国际化的发展。学校于2005年组建成立国际文化交流学院。
2006年学校院(系)又有较大调整，英语系、日语系、大学英语教学部从人文学院分离出，组建成立外国语学院；在原海洋学院机电工程系和工程基础系的基础上，组建成立工程学院。同年原经济贸易学院更名为经济管理学院。通过这些调整发展，当年学校形成生命、海洋、食品、经管、信息、工程、人文、外语、高职、成教、爱恩、国际文化交流12个学院；学校教务处下设机构调整为行政管理办公室、教学运行管理办公室、注册中心、考试管理办公室、实践教学管理办公室、教学研究与质量管理办公室。随着学校学科专业和办学规模的发展，学校基层教学组织有新的发展。到2006年全校各学院基层教学组织达50个。根据各学院学科专业设置及师资配备，这些基层教学组织设置及其名称有所不同，有的按学科专业或课程设置教研室，有的按学科专业设置系。2006年各学院基层教学组织情况：生命科学与技术学院、海洋科学学院、食品学院、工程学院、信息学院、经济管理学院、人文学院、外国语学院
2008年学校搬迁到沪城环路校区．结合教学管理新型体系的建设和远郊办学的特点．在学生事务中心设立教务、学生、招生就业、财务等部门为一体的面向学生的一站式服务。教务处下设机构调整改名为综合行政办公室、教学运行、教学考试、教学实践、教学评估和教学研究中心5个中心。到2010年学校初步确立远郊条件下新校区本科教学新秩序和教学运行新模式。
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